Созванный в 1598 г. Земский собор призвал на царство Бориса Годунова. С призванием Годунова в России воцарилась новая династия.
1 сентября 1598 г. Борис Годунов венчался на царство в Успенском соборе Московского кремля. Начало его царствования было исключительно благоприятным. В 1598 г. царь лично возглавил поход против крымского хана Казы-Гирея и сумел добиться успеха – вторжение крымцев было предотвращено.
В течение первого года царствования Бориса правительство не взимало податей, а в течение двух лет – пошлин с купцов. Царь проводил политику, направленную на укрепление положения служилого дворянства. Служилым людям выплатили двойное годовое жалованье. Закрепощение крестьян России было в основном завершено также в интересах средних и мелких землевладельцев. Из центральной России запрещен был выход крестьян. Крепостное право в широком смысле касалось не только крестьян, но и дворянства. Последнее также было закреплено на государственной и военной службе, и только службой оправдывались сословные дворянские привилегии. Если дворянин переставал служить, он лишался и своих преимуществ.
Царь Борис Федорович первым из российских государей повел борьбу с пьянством, закрывая «царевы кабаки». Он искоренял лихоимство, и разбои, проводил своего рода социальную политику – помогал нищим, миловал заключенных, возвращал из ссылок опальных. Борис Годунов отличался широтой взглядов. Понимая необходимость заимствования иностранного опыта, царь приглашал из-за границы ученых, мастеров, докторов и других специалистов. Чтобы облегчить им интеграцию в русскую жизнь, он проявлял веротерпимость и даже позволил лютеранам построить кирху в Москве. При царе существовала ливонская гвардия. Иностранные обычаи, в том числе бритье бороды, проникали ко двору.
Борис Годунов продолжал строительство городов (в его царствование были заложены Верхотурье, Томск и др.). Он заботился о просвещении, посылал юношей для обучения за границу, вынашивал планы создания университета и сети школ.
Первые сведения о «чудесном спасении» царевича Димитрия относятся к 1600 г. Царь Борис, видя измену и заговоры, заставил боярство вспомнить о временах Ивана Грозного. Так, разгрому подвергся род Романовых, которых царь, ввиду их родства с домом Рюриковичей, воспринимал как главных возможных соперников своей династии.
Борис Годунов не сумел решить многие социально-экономические проблемы. В 1601 г. Россию поразил страшный неурожай. Озимые были залиты «безмерными водами», а потом ранние заморозки привели к гибели яровых. Цены на хлеб резко возросли, начался голод, к 1603 г. достигший невероятных размеров. Ряд землевладельцев удерживали запасы хлеба, ожидая повышения цен. Борис распорядился открыть царские житницы и начать раздачу хлеба, конфисковывал хлеб у помещиков, но этих мер было недостаточно. Началось повальное бегство крестьян в «дикое поле»-южные районы, имели место случаи людоедства. Нарастала социальная напряженность. Серьезным предзнаменованием смуты стало восстание крестьян, холопов и казаков под предводительством атамана Хлопка Косолапа в 1601–1603 гг., охватившее многие уезды Центра, Запада и Юга страны. Восставшие нанесли несколько поражений царским войскам и подошли к Москве, но были разгромлены «многой ратью» под командованием воеводы Ивана Басманова (сам Басманов погиб в этом сражении).
В это же время в Польше началась подготовка к походу на Москву под лозунгом восстановления прав на русский престол «законного царя» Димитрия. Как установило следствие еще во времена царя Бориса, объявившийся при дворе князя А. Вишневецкого самозванец на самом деле был галичским дворянином Григорием Отрепьевым, одно время служившим у бояр Романовых в Москве, а потом принявшим монашеский постриг в кремлевском Чудовом монастыре. Польские магнаты – сторонники войны с Россией увидели в нем подходящего исполнителя своих завоевательных планов.
15 марта 1604 г. Лжедмитрий был представлен в польской столице Кракове королю Сигизмунду III, который оказал ему финансовую помощь и разрешил привлекать в набираемое самозванцем войско добровольцев из числа польско-литовских шляхтичей. В обмен на это Лжедмитрий обещал в случае успеха предприятия отдать Речи Посполитой Смоленскую и Северскую земли, поддержать претензии Сигизмунда III на шведский престол, насаждать в России католичество и в перспективе способствовать политическому подчинению России польской короне. Будущей русской царицей и своего рода гарантом исполнения обещанного должна была стать выданная за самозванца замуж дочь сандомирского воеводы Марина Мнишек.