Хитрая Марфа хотела в это время выйти замуж за какого-то Литовского вельможу и вместе с ним от имени Казимира управлять своим Отечеством.
Однако вредные для России намерения этой честолюбивой женщины не исполнились, и хотя послы ее уже отправились к Казимиру, но великий князь вовремя пришел с войском к Новгороду, и один из его лучших полководцев, князь Холмский, одержал на берегах реки Шелони победу над мятежниками: около 12 000 их было убито на месте, а остальные разбежались в разные стороны.
Вступив в Новгород, Иоанн поступил с преступниками по всей строгости законов. Главные изменники, в том числе и старший сын Марфы, были казнены. С ней же Иоанн поступил со всей снисходительностью великодушного государя: оставил ее как слабую женщину без наказания. Прочие Новгородцы внесли за свою вину 15 500 рублей, или около 80 пудов серебра, и благодаря милости Иоанна, еще остались со своими прежними законами, со своими правами, с некоторой свободой; великий князь оставил за собой только верховный суд в тех случаях, когда его наместники будут в чем-либо не согласны с Новгородскими судьями. Защищая свои владения то от хана Ахмата, то от Польского и Литовского короля Казимира, он еще не мог иметь столько сил и войска, чтобы полностью уничтожить Новгородскую вольность, и благоразумно отложил это трудное дело еще на некоторое время.
В 1472 году с Иоанном произошло событие, которое заставило все Европейские государства с любопытством посмотреть на неизвестную им и отдаленную Россию. Этим событием была свадьба великого князя. И по правде сказать, не столько жених, сколько невеста сделала эту свадьбу примечательной для Европы. Это и неудивительно. Тогда Россия была не та, что теперь. Сегодня Русскую царицу называют царицей полсвета, а тогда ее супруг был еще подданным Татар! Это отдаляло чужеземных принцев от родства с Русскими князьями и заставляло наших государей жениться на княжнах удельных княжеств, а потом на своих подданных (такая традиция сохранялась до времен Петра Великого). Но для Иоанна III, в судьбе которого с самых ранних лет было заметно какое-то необыкновенное величие, было предназначено и в этом случае нечто особенное. Вскоре после кончины его первой супруги, Тверской княжны Марии Борисовны, папа Павел II предложил Иоанну через своего посла, какого-то Грека, руку Греческой царевны Софии, дочери Фомы Палеолога, брата последнего императора, при котором Греция была завоевана Турецким султаном Магометом II. После разорения Отечества несчастное семейство Греческих царей жило в Риме, где пользовалось всеобщим уважением и покровительством папы. Папа имел особую причину благодетельствовать этому знаменитому семейству: боясь, что жестокость и ужасная сила Магомета II разорит и его владения, он полагал, что будущий супруг царевны Софии, получив вместе с ее рукой право на Константинопольский престол, захочет освободить Грецию от власти Турок и тем избавит Италию от страшных соседей.
В 1472 г. по случаю брака с племянницей Греческого императора Константина Палеолога Софией князь Иоанн III принял Греческий герб — двуглавого орла и наименование государя, великого князя и самодержца всей России.
Эта причина заставила папу искать жениха для царевны среди знаменитых Европейских государей, и он выбрал Иоанна — самого близкого к Грекам по закону. Вероятно, Польские и Литовские послы и Греческое духовенство, жившее после разорения империи в Риме, рассказывали папе о том, какая слава ожидает Россию благодаря великим достоинствам ее молодого государя.