В 1631 году скончался митрополит Иов Борецкий. Место его занял Исаия Копинский, бывший в то время архиепископом смоленским и черниговским. Посланные за границу молодые люди стали возвращаться на родину, но тут записанные в братство православные духовные, дворяне и казацкие старшины с гетманом Петрижицким от лица всего войска запорожского обратились к Петру Могиле с просьбою не заводить особого училища в братстве, а обратить свои пожертвования на существовавшее уже братское училище на Подоле. Просьба эта была вполне разумна: не следовало разрывать сил, полезнее было соединять их. Могила согласился. В декабре 1631 года члены братства составили акт, в котором Петр Могила назывался старшим братом, блюстителем и пожизненным опекуном киевского братства. В марте 1632 года гетман Петрижицкий от лица полковников и всего войска запорожского, обещал в случае нужды защищать оружием церковь, монастырь, школы и богадельню братства; а киевские дворяне, в лице выбранных из среды своей старост, обещали заботиться о содержании училища.
В апреле 1632 года скончался король Сигизмунд III. По польским обычаям, по смерти короля, собирался сначала сейм, называемый «конвокационным», на котором делался обзор предыдущего царствования и подавались разные мнения об улучшении порядка; потом собирался сейм «элекцийный» уже для избрания нового короля. Остатки православного дворянства сплотились тогда около Петра Могилы с целью истребовать законным путем от Речи Посполитой возвращения прав и безопасности православной церкви. Главными дейсгвующими лицами с православной стороны в это время были: Адам Кисель, Лаврентий Древинский и Воронич. При их содействии, митрополит Исаия и все духовенство уполномочили exaть на сейм Петра Могилу. Православные требовали уничтожения всяких актов и привилегий, запрещавших православным строить церкви и допускавших вести против них процессы по религиозным делам с наложением секвестрации на их имения, домогались возвращения православным всех запечатанных церквей, всех епархий, требовали безусловного права заводить коллегии, типографии, возвращения отобранных униатами церковных имений и строгого наказания тем, которые будут наносить оскорбления и насилия православным людям. Вместе с просьбою дворян и духовных подали на сейм просьбу казаки в более резких выражениях, чем дворяне и духовные. «В царствование покойного короля, — писали они, — мы терпели неслыханные оскорбления… Униаты отстранили от городских должностей добродетельных мещан нашей веры и засмутили сельский народ; дети остаются некрещеными, взрослые сожительствуют без брачного обряда, умирающие отходят на тот свет без причащения. Пусть уния будет уничтожена; тогда мы со всем русским народом будем полагать живот за целость любезного отечества. Если, сохрани Боже, и далее не будет иначе, мы должны будем искать других мер удовлетворения». Такой резкий тон сильно раздражил панов, которые вовсе не хотели давать казакам права вмешиваться в государственные дела. «Они называют себя членами тела Речи Посполитой, — говорили паны, — но они такие члены, как ногти и волосы, которые обрезывают». Но голос шляхетства не мог быть оставлен без внимания. При посредстве королевича Владислава составлен был мемориал, в котором предполагалось отдать православным киевскую митрополию, кроме Софийского собора и Выдубицкого монастыря и всех митрополичьих имений, предоставить им сверх того Львовское епископство, Печерский и Жидичевский монастыри с их имениями, дать по нескольку церквей в некоторых городах, дозволять братствам распоряжаться школами, мещанам занимать городские должности и пр. Дальнейшее решение дела о свободе православного исповедания отложено было до «элекцийного» сейма. Но и на элекцийном сейме казацкие послы вновь появились с резкими требованиями. По поводу этих домогательств начались сильные и горячие прения о вере между панами. Ревностные католики не хотели утверждать даже того мемориала, на который согласился «конвокационный» сейм. Кисель и Древинский пространно и сильно защищали права греческой религии. Православные не были довольны самым мемориалом и хотели еще более широкого. Петр Могила был душою их совещаний и, наконец, вместе с православными дворянами, он лично обратился к новоизбранному королю Владиславу. Так как Польша в это время находилась в неприязненных отношениях с Москвою, то Владислав понимал, что расположение казаков и русского народа было чрезвычайно важно для короля и всей Польши; да и вообще Владислав был сторонник свободы совести. Он дал православным «диплом», которым предоставлял им более прав и выгод, чем те, какие были написаны в мемориале, составленном на конвокационном сейме. Предоставлена была полная свобода переходить как из православия в унию, так и из унии в православие. Митрополит киевский мог по-прежнему посвящаться от константинопольского патриарха. Отдавалась православным немедленно луцкая епархия; а перемышльскую положено отдать после смерти тогдашнего униатского епископа; учреждалась новая епархия во Мстиславле; снимались всякие запрещения, стеснения, запрещалось делать оскорбления православным людям. Православные дворяне, бывшие на сейме, тогда же порешили удалить от митрополии Исаию Копинского, как человека уже престарелого и болезненного, и избрали вместе с бывшими там духовными в митрополиты Петра Могилу. Король утвердил этот выбор и дал Петру Могиле привилегию на преобразование киевского братского училища в коллегию. Посланный в Константинополь ректор киевских школ, Исаия Трофимович, испросил для Петра Могилы патриаршее благословение, и тогда волошский епископ во Львове рукоположил Петра Могилу в митрополиты.
По известиям одного современника, православного, но ополяченного шляхтича Ерлича, Петр Могила, прибывши в Киев в 1633 г., обращался грубо и жестоко со своим предместником Исаиею Копинским: дряхлого и хворого старика схватили в Златоверхо-Михайловском монастыре в одной волосянице, положили на лошадь, словно мешок, и отправили в Печерский монастырь, где он скоро и скончался в нужде. По известию того же Ерлича, Петр Могила был человек жадный и жестокий, истязал бичами монахов Михайловского монастыря, допытываясь, где у них спрятаны деньги; одного печерского монаха Никодима обвинил в наклонности к унии и отослал к казакам, которые приковали его к пушке и продержали таким образом шестнадцать недель. Эти известия не могут быть признаны вполне достоверными. В 1635 году в городском овруцком суде происходил процесс между иноками Михайловского Златоверхого монастыря и Исаиею Копинским. Иноки жаловались, что Исаия Копинский в 1631 году, — опираясь на то, будто все монахи Михайловского монастыря избрали его игуменом, — выгнал, при содействии казацкого гетмана Гарбузы, игумена Филофея Кизаревича и оставался в монастыре до 10 августа 1635 года, а в этот день, уехавши из монастыря, взял с собою документы на монастырские имения и захватил также разные вещи из ризницы. Это показание противоречит известию Ерлича, относящего это событие к 1633 году, так как из показания монахов видно, что Исаия оставался в Михайловском монастыре гораздо долее 1633 года. Существует протестация самого Исаия Копинского, который показывает, будто он уехал из монастыря потому, что Могила притеснял монастырь, делал разорение монастырским местностям и после удаления его, Исаии, неправильно отдал монастырь во власть Филофея Кизаревича, окрестивши его игуменом. Но протестация Исаии заключает в себе неверность. Не Могила, после удаления Исаии из Михайловского монастыря, окрестил игуменом этого монастыря Филофея Кизаревича. Кизаревич был избран михайловским игуменом еще прежде, чем Исаия овладел монастырем в 1631 году. Это несомненно из актов того времени, на которых Кизаревич подписывался игуменом Михайловского монастыря. Оказывается, что в самом монастыре было две партии, из которых одна хотела дать игуменство Кизаревичу, другая — Копинскому, и Могила, как кажется, благоприятствовал первому. После протестации, поданной Исаиею, Могила февраля 1637 года пригласил Исаию в Луцк и там, в присутствии многочисленнюго духовенства, примирился с ним. Исаия дал Петру Могиле «квит», т.е. отказался от своего иска. Но вслед за тем Исаия, через своего поверенного, возобновил свой иск, заявивши, что Петр Могила насилием принудил дать ему квит. Жалоба дошла до короля. Исаия внес в градские владимирские книги королевское письмо к волынскому воеводе о назначении комиссии для разбирательства спора между Петром Могилою и Исаиею. Из этого письма видно, что к королю поступила жалоба, будто Петр Могила не только ограбил церковное и частное достояние Копинского, но и самого Исаию бил до крови и подвергал тяжелому заключению. Так как производство дела этой комиссии до нас не дошло, то и нет возможности для истории произнести приговор по этому делу. Но у Ерлича встречается еще одно известие о Могиле, также несправедливое. Ерлич говорит, будто Могила, желая завести школу в Печерском монастыре, выгнал монахов Троицкого больничного монастыря, чтобы отдать под школу занимаемое ими место. Из актов же того времени видно, что Могила, будучи еще архимандритом, назначил под предполагаемую школу место с садом и огородом по одну сторону главных ворот, на которых находилась больничная церковь, между тем как госпиталь с больничными монахами находился на другой стороне от ворот. Таким образом, не было никакой необходимости Могиле выгонять монахов для постройки школы. Притом же, сам Могила заботился о госпитале и содержал его на свой счет.