Таким образом казаки разделились на два рода: городовых, или украинских, и запорожских, или сечевых. Первые, по месту своего жительства, должны были над собою признавать польские власти; вторые были совершенно независимы. Между теми и другими была тесная связь; очень многие из городовых казаков проводили несколько лет в Сечи и вменяли это себе в особую доблесть и славу. Польские паны своими поступками содействовали расширению казачества, не предвидя гибельного влияния, какое оно, при тогдашних условиях, носило в себе для строя польского общества. Один из знатнейших польских панов, Самуил Зборовский, был казацким предводителем. Паны приглашали казаков в своих походах; так Мнишки и Вишневецкие с их помощью водили в Московское государство самозванцев. Польские короли не раз пользовались их услугами. Еще Сигизмунд-Август изъял украинских казаков из-под власти старост и поставил над ними особого «старшого». При Стефане Батории заведены были реестры, или списки, куда записывались казаки; и только вписанные в эти реестры должны были называться казаками. Старшой над казаками, назначенный королем, назывался гетманом. Вероятно, в это же время последовало разделение казаков на полки (которое, собственно, известно нам в несколько позднее время). Полков было шесть: Черкасский, Каневский, Белоцерковский, Корсунский, Чигиринский, Переяславский (последний на левой стороне Днепра); каждый полк находился под начальством полковника и его помощника есаула; полк делился на десять сотен. Каждая сотня была под начальством сотника и его помощника сотенного есаула. Гетману или старшому дан был для местопребывания город Трехтемиров. При гетмане были чины: есаул, судья, писарь, составлявшие генеральную старшину. Всех реестровых казаков было только шесть тысяч. Они пользовались свободным правом владения своими землями, не несли никаких податей и повинностей и получали жалованья по червонцу на каждого простого казака и по тулупу. Кроме этих реестровых казаков, польское правительство долго не хотело знать никаких других казаков. По закону только реестровые были казаками. Но такой взгляд шел вразрез с народным стремлением. В южной Руси, напротив, все хотели быть казаками, т.е. вольными людьми; все искали путей и средств обратиться в казаков. Одним из таких путей была Запорожская Сеча. Жители, бывшие по закону панскими холопами в имениях наследственных или коронных, бегали на Запорожье, возвращаясь оттуда, не хотели уже служить своим панам, называли себя казаками и, как вольные люди, считали своею собственностью ту землю, на которой жили и которую обрабатывали, тогда как владелец признавал эту землю своею. Владельцы и их управители ловили таких беглецов и казнили смертью, но не всегда можно было это исполнить. Многие землевладельцы заводили тогда слободы и приглашали к себе всякого, давая льготы. В такие слободы убегали те, которых преследовали на их прежнем жительстве. Между самими владельцами возникали за это ссоры, часто происходили наезды друг на друга. Иногда и сами паны приглашали к себе своевольных чужих холопов, называли их казаками и с их помощью бесчинствовали против своей же братии. Такие казаки, при первом неудовольствии, готовы были поступать со своими новыми панами, как с прежними. Реестровые казаки мало имели охоты замыкать свое сословие и охотно принимали в него новых братий, так что количество реестровых было на деле гораздо больше, чем на бумаге. Иногда такие польские подданные, назвавши себя казаками, не пытались ни вступать в реестр, ни примыкать к панам, а собирались вооруженными толпами и выбирали себе предводителя, которого называли гетманом. Так поступали в особенности те, которые бывали на Сечи, воевали против турок и татар и приобретали себе там — как выражались тогда — «рыцарскую славу». Эти так называемые «своевольные купы» (шайки) уже в конце XVI века стали страшны для Польши и возбуждали против себя строгие постановления сейма. На деле эти постановления не исполнялись, тем более, что и польский король, и польские паны, объявивши шайки самозванных казаков противозаконными скопищами, сами употребляли их в войнах с Москвой, Швецией и Турцией. Таким образом, кроме казаков городовых, записываемых в реестры, и казаков сичевых, беспрестанно то пополняемых беглецами из Украины, то убавляемых уходившими назад в Украину, было еще множество казаков своевольных, состоявших из панских хлопов, выбиравших себе гетманов. Правительство делало пересмотры реестрам; из них исключались лишние казаки; эти лишние носили название «выписчиков»; но выключенные из реестра продолжали называть себя казаками.
Понятно, что при таких условиях южнорусского общества того времени у польского правительства, а главное, у польских панов, явилось среди простого народа много врагов; эти враги становились тем ожесточеннее и опаснее, чем сильнее выказывалось с польской стороны стремление удержать наплыв народа в казачество. Польское право предавало хлопа в безусловное распоряжение его пана. Понятно, что такое положение не могло быть приятным нигде; но там, где народу не было никакой возможности вырваться из неволи, он терпел, из поколения в поколение привыкал к своей участи до такой степени, что перестал помышлять о лучшей. В Украине было не то. Здесь для народа было много искушений к приобретению свободы. Перед глазами у него было вольное сословие, составленное из его же братий; по соседству с ним были днепровские острова, куда можно было убежать от тяжелой власти; наконец, близость татар и опасность татарских набегов приучали украинского жителя к оружию; сами паны не могли запретить своим украинским хлопам носить оружие. Таким образом в народе южнорусском поддерживался бодрый воинственный дух, несовместный с рабским состоянием, на которое осуждал его польский общественный строй. Между тем, как способы панского управления в Украине, так и свойство отношений, в какие поставлен был высший класс к низшему, никак не мирили русского хлопа с паном и не располагали его к добровольной зависимости.
Стремление народа к оказаченью, или, так называемое поляками, «украинское своевольство», начало принимать религиозный оттенок и получать в собственных глазах русского народа нравственное освящение. Уже восстания Наливайка и Лободы прикрывались до некоторой степени защитою религии. Вслед за введением унии последовало быстрое отступление русского высшего класса от своей религии, а вместе с тем и от своей народности. Русские паны стали для русского народа вполне чужими и власть их получила вид как бы иноземного и иноверного порабощения. Мещане и хлопы только от страха, а не по убеждению, принимали унию и, пока не свыклись с нею в течение многих поколений, долго были готовы отпасть от нее. В Украине, где народ был бодрее и менее подвергался рабскому страху, уния трудно пускала свои корни. Реестровые казаки не принимали ее вовсе, потому что не боялись панов; знакомство с войною делало их отважными. Самовольные казаки еще более возненавидели унию, как один из признаков панского насилия над собою. Таким образом, православная религия сделалась для русского народа знаменем свободы и противодействия панскому гнету.