Историк В. О. Ключевский писал, что людская молва наделила царя Бориса характером, в котором уживались добро и зло, вероломство и раскаяние, жестокость и милосердие. По его мнению, Годунов «правил умно и осторожно, крепко заботился о бедных и нищих, расточал им милости, но жестоко преследовал злых людей и такими мерами приобрёл огромную популярность».
Царь Борис предпринял ряд мер с целью получить доверие народа и таким образом укрепить личную власть. Сельское население освободили от податей на один год. Служилым людям выдали двойное жалованье. Купцам разрешили два года торговать беспошлинно. Дополнительные льготы получили нов-городские купцы и посадские люди. Народы, платившие в казну ясак, были на год освобождены от неё.
Царь Борис Годунов и дети. Художник А. Кившенко
Борис Годунов, как никто из прежних московских царей, отличался благосклонностью к иностранцам. Многих из них он пригласил на службу, даровал привилегии иноземным куцам, освободив их от различных податей и повинностей. Царь даже помышлял создать в России университет западного образца. Подобные действия Бориса вызывали недовольство населения и церкви.
Суеверный Борис Годунов опасался всякого рода «порчей». В связи с этим он обязал всех подданных принести на кресте клятву, чтобы «царя, царицу и детей их никаким колдовским замыслом не испортить». Во всех домах должны были читать особую молитву за здоровье царя и царского семейства. В народе ходили слухи, что царь чего-то боится, поскольку этого «при прежних государях не бывало».
Борис Годунов настороженно относился к знатным и влиятельным в обществе людям, подозревая их в различных кознях, например в колдовской порче, повлёкшей за собой болезнь царя. Так, он то удалял князя В. И. Шуйского от двора, то вновь приближал. Обвинения в колдовстве послужили поводом и для гонений на бояр Романовых, которых по доносу дворовых людей выслали из столицы. Фёдора Никитича Романова насильно постригли в монахи под именем Филарет. Романовы были самыми близкими родственниками прежней династии.
Воеводу Богдана Яковлевича Бельского, одного из претендентов на трон, отправили на Северский Донец строить новую крепость – Борисов. Он успешно справился с поручением. По свидетельству иностранцев, Годунову донесли, будто «Бельский величал себя царём Борисовским». Воеводу схватили и подвергли публичному наказанию – палач вырывал у опального боярина из бороды клок за клоком, что для тех времён было позором и бесчестием. Затем Бельского отправили в ссылку. Борис Годунов всячески расправлялся с возможными соперниками.
Царь поощрял доносительство и ложные свидетельства. Он награждал доносчиков поместьями и чинами. Зависть и злоба, ложное доносительство процветали в стране. Годунов терял популярность.
Народные волнения. Лето 1601 г. выдалось дождливым – на территории от Пскова до Нижнего Новгорода дожди шли более десяти недель, и хлеб на полях созреть не успел. В конце лета начались заморозки с обильными снегопадами. Попытки крестьян спасти урожай оказались тщетными. На следующий год, по сведениям летописца, мороз побил хлеб «на цвету», лето 1603 г., напротив, выдалось невиданно сухим и жарким.
Несколько неурожайных лет вызвали в стране голод. По свидетельству очевидцев, дело доходило до людоедства. В северных районах страны от голода и болезней вымерло более половины населения, на юге – треть.
Цены на хлеб выросли в 25 раз. Разорённые и оголодавшие крестьяне искали спасения в столице. Правительство оказывало им помощь, раздавая хлеб и деньги, но на всех средств не хватало. Голод усиливался.
С целью облегчить положение сельского населения Борис Годунов восстановил сроком на один год право перехода крестьян в Юрьев день от одних землевладельцев к другим. Однако это положение действовало только на землях провинциальных дворян и не распространялось на хозяйства, принадлежавшие боярам, столичному дворянству, дьякам и духовенству.
Многие люди, спасаясь от голодной смерти, промышляли разбоем, сбиваясь в многочисленные шайки. Их вожаками были, как правило, «боевые холопы», которые ранее составляли слой привилегированных слуг, нёсших вместе со своими господами военную службу. Они знали военное дело и обладали навыками командиров. Отряды, возглавляемые «боевыми холопами», действовали во многих уездах страны и представляли опасность для властей.
В 1603 г. под Москвой появился отряд Хло́пка. Царь отправил сотню лучших стрельцов во главе с воеводой Иваном Басмановым против Хлопка. Его люди оказали сопротивление. Воевода и многие стрельцы погибли. Властям потребовалось время и дополнительные силы, чтобы разбить восставших. Захваченного во время боя вожака казнили в Москве. Однако выступления крестьян против бояр, помещиков, приказных людей не прекращались.