Кокандское ханство и Бухарский эмират, войска которого были разбиты в 1868 г. под Самаркандом, сохранили автономию, но их внешняя политика находилась под полным контролем России.
Дальнейшее проникновение в Среднюю Азию было связано с действиями против Хивинского ханства, чьи отряды совершали постоянные нападения на торговые караваны. В 1869 г. генералом Н. Г. Столетовым был заложен город Красноводск, откуда спустя четыре года началось наступление на Хиву. Хивинский хан вынужден был признать вассальную зависимость от России. Российские власти объявили о ликвидации рабства и работорговли, освободив до 40 тыс. невольников. Приведя, как он выражался, Хиву, Бухару и Коканд «к одному знаменателю», Кауфман на этом не остановился. В 1876 г. Кокандское ханство было упразднено и преобразовано в Ферганскую область.
Российско-британские противоречия. Продвижение России в Средней Азии крайне остро воспринималось правящими кругами Великобритании, которые усматривали в этом угрозу своим индийским владениям. Военный министр Милютин был сторонником наступательных действий, которые могли бы остановить англичан в Закаспии. Он предложил занять Ахалтекинский оазис и крепость Геок-Тепе. Выполнение задачи было возложено на генерала М. Д. Скобелева. В 1881 г. крепость была взята. В том же году в Тегеране была подписана конвенция о границах между Россией и Ираном. Фактически это был союзный договор, направленный против Англии. Иранский шах отказывался от претензий на Мерв, следствием чего стало добровольное присоединение жителей Мервского оазиса к России в 1884 г.
Это событие вызвало обострение русско-английских противоречий, которое привело к вооруженному конфликту. В 1885 г. войска афганского эмира, где ключевые позиции занимали английские офицеры, вышли на левый берег реки Кушка, где находились русские части. Эмир заявил о своих претензиях на туркменские земли. Произошло столкновение, которое закончилось отступлением афганской армии. Россия одержала важную военно-политическую победу. Ее следствием стало подписание ряда соглашений, по которым устанавливалась российско-афганская граница по естественным водным рубежам. События 1885 г. укрепили престиж России в Средней Азии, ослабили там позиции Великобритании и способствовали тому, что в отношениях двух стран наметилась тенденция к смягчению противостояния. Ими спустя десять лет, в 1895 г., было заключено новое русско-английское соглашение, которое разграничивало сферы влияния на Памире. К Бухарскому эмирату, который находился в вассальной зависимости от России, отошли небольшие территории на правом берегу Пянджа. Присоединение Средней Азии к России завершилось.
Дальневосточная политика. Определенное внимание Министерство иностранных дел уделяло Дальнему Востоку. В 1858 г. в Айгуне был подписан договор с Китаем о возвращении России территорий по левому берегу Амура, плавание по которому разрешалось только русским и китайским судам. Создавались предпосылки для урегулирования пограничных вопросов, которые долгие годы оставались нерешенными. В том же году был заключен Тяньцзиньский договор о торговых и дипломатических отношениях между странами. Китайское правительство, опасавшееся колониальной экспансии Англии и Франции, было заинтересовано в добрых отношениях с Россией. В 1860 г. в Пекине по инициативе Н. П. Игнатьева было подписано новое соглашение, которое закрепило за Россией Уссурийский край. После этого началось быстрое освоение Приморья и Приамурья: был основан Владивостокский порт, стали строиться города Благовещенск и Хабаровск, расширилась русско-китайская торговля.
В 1867 г. Россия согласилась на предложение правительства США продать русскую часть Аляски и Алеутские острова. Это был акт доброй воли, вызванный желанием продемонстрировать дружественные отношения к стране, где недавно было отменено рабство. Во время Гражданской войны в Америке российские власти и общественность поддерживали северян и охотно проводили параллели между судьбами двух стран. На Аляске у России не было ни экономических, ни военно-политических интересов, и ее уступка получила общее одобрение.