В качестве «порохового заряда» для взрыва в Москве были избраны московские стрельцы, которые за годы правления Федора оказались жертвами понуждений, поборов и грабежей со стороны стрелецкого начальства, использовавшего федоровское безвременье для собственного обогащения. В ход были пущены слухи, провокации и т. п., возбудившие стрельцов и давшие выход застарелым стрелецким обидам и злобе на их начальство. Оказавшаяся на верху власти Наталья Кирилловна удовлетворяла все поначалу правдивые претензии стрельцов. Расправа и правеж над стрелецкими полковниками отнюдь не успокоили стрелецкие массы. В то же время внезапное возвращение ко двору Нарышкиных и серия пожалований пятерым братьям Натальи Кирилловны озлобили Милославских.
Срочно возвращенный 13 мая из дальней ссылки А. С. Матвеев не успел осмыслить ситуацию, а уже в полдень 15 мая 1682 г. стрелецкие полки ринулись в Кремль, узнав, что якобы «задушили» царя Ивана. Живые и невредимые Иван и Петр, показанные стрельцам, не успокоили последних. Появился список «изменников-бояр», и кровавая расправа стала неминуема. В ней погибли А. С. Матвеев, И. М. Языков, М. Ю. Долгорукий, Ф. П. Салтыков, А. К. Нарышкин и др. 17 мая были убиты И. К. Нарышкин и немец-лекарь Д. фон Гаден. Всех оставшихся в живых Нарышкиных вновь выслали в глухие углы страны. Возбужденные массы «утвердили» на троне двух братьев, сделав слабоумного Ивана первым из них. Фактически же у власти встала царевна Софья Алексеевна.
Буйство стрельцов, возглавляемых Иваном Хованским, и амбиции достигли апогея к 6 июня 1682 г., когда их специальным указом возвели в ранг «надворной» пехоты, а на Красной площади воздвигли «столп», запечатлевший имена всех изменников и врагов трона. С этого момента Софья уже поняла, что может быть игрушкой в руках этой грозной силы, и приступила к решительным, хотя и «мягким», контрмерам против стрельцов.
Важным переломным моментом в стрелецком восстании была виртуозно устроенная Софьей стремительная казнь поднявших на бунт стрелецкие полки отца и сына Хованских. Движение с этого момента резко пошло на убыль. Уже 2 октября патриарх потребовал от стрельцов челобития с повинной. В конце декабря были казнены зачинщики и «пущие возмутители», а вплоть до мая следующего года «подчищали» последние следы окончившегося бунта.
С подавлением волнений стрельцов поднявшая их на бунт царевна Софья правила Россией семь лет. Умная, образованная, своевольная, она не была готова к подлинно государственной деятельности.
Мир с Польшей. Крымские походы. На правление Софьи пришелся важный и крупный успех: заключение «вечного мира» с Польшей в 1686 г. Это было достигнуто путем длительнейших и изнурительных дипломатических усилий, ибо в тугой и сложный узел сплелись интересы и противоречия России и Украины, с одной стороны, Польши — с другой, и Крыма и Турции — с третьей.
По миру с Речью Посполитой 1667 г. Киев был отдан России на 2 года. Практически же Россия владела им вплоть до переговоров 1680 г., и именно Киев был на них камнем преткновения. В итоге в 1686 г. Польша уступила древнейшую русскую столицу, хотя Москва вынуждена была уплатить ей за это гигантскую сумму в 146 тыс. золотых рублей. Так был осуществлен важный шаг в решении многовековой стратегической цели Русского государства, которая исчерпывающе была изложена в 1685 г. гетманом Иваном Самойловичем в одном из посланий в Москву: «А так как вся тамошняя сторона Днепра, Подолия, Волынь, Подгорье, Подляшье и вся Красная Русь всегда к монархии Русской с начала бытия здешних народов принадлежали, то безгрешно бы было свое искони вечное, хотя бы и потихоньку, отыскивать, усматривая способное время».
Далее, Россия обязалась разорвать мир с турецким султаном и крымским ханом и послать войска к Перекопу для защиты польских войск. В 1687 г. Россия должна была направить в Крым все свои войска. Наступили тяжелые переговоры с гетманом И. Самойловичем, который убеждал не разрывать мир с Турцией и Крымом и предупреждал о возможном коварстве Польши (ведь папа римский легко отпустит грех клятвопреступления!).
Первый крымский поход состоялся в мае — июне 1687 г., а второй в феврале — мае 1689 г. Оба они были неудачными и повлекли тяжкие потери. Слишком тяжелы были условия похода в бескрайних, безлюдных, опаленных солнцем степях, о чем в свое время предупреждал Самойлович: «Одним походом всего Крыма не завоевать… на зиму рати надобно оттуда выводить, а если там оставить, то от голоду и от поветрия тамошняго многие помрут и оцынжают». Для завоевания Крыма необходима была и иная армия, и иное снаряжение, и иное ведение войны, а на громадную территорию России едва хватало воинских сил.