Начальные шаги молодого императора, в частности его замечания в адрес земских и дворянских собраний в январской речи 1895 г., показали следование курсу усопшего отца в неуклонной охране самодержавия. Предлагаемые преобразования российской жизни обычно вызывали у него отклик: «Даст Бог, постепенно так и сделаем». Различные уступки делались в безвыходных ситуациях и под давлением других лиц, что влекло по прошествии кризиса стремление минимизировать начатые преобразования и отдалить тех, под влиянием которых они проводились. В проводимой царем политике и принимаемых решениях не чувствовался опыт пребывания у власти. Несоответствие личности правителя огромной страны масштабам и сложности стоящих перед ним проблем, необходимость следовать воле более сильных людей развивали у Николая II недоверие, скрытность, хитрость и упрямство. Это часто затрудняло выработку и реализацию политических мер, деятельность органов верховного управления. Отмеченные черты Николая II объективно предопределили большую роль его окружения. В начале царствования особым влиянием пользовались мать Мария Федоровна и дяди императора, великие князья Владимир, Алексей и Сергей Александровичи, занимавшие важные государственные посты. С начала 1900-х гг. постепенно усиливает свое воздействие на Николая II его жена — императрица Александра Федоровна. Венчание царя с гессенской принцессой Алисой, внучкой английской королевы Виктории, состоялось сразу после кончины Александра III. И современники, и исследователи отмечают властность императрицы, склонность к мистицизму, религиозную экзальтированность и полное неведение русской жизни. Долгое ожидание наследника, его врожденная тяжелая болезнь (гемофилия) способствовали развитию у Александры Федоровны истерии.
На рубеже XIX–XX вв. как высшее законосовещательное учреждение действовал назначаемый императором Государственный совет, рассматривавший новые законы или законодательные предположения своих членов. По-прежнему оставался в бездействии Совет министров, падала роль Комитета министров, но резко возросло при отсутствии ответственного правительства влияние отдельных министров, прежде всего внутренних дел и финансов. В течение всего царствования сохранялась практика учреждения временных Особых совещаний, комиссий и комитетов, которые были эффективным каналом воздействия на монарха клана высших сановников. Вплоть до 1905 г. в выработке внутриполитического курса была необычайно велика роль обер-прокурора Святейшего Синода К. П. Победоносцева. Внушая императору архаичные представления о характере самодержавной власти в России, он стал главным идеологом реакционно-консервативного внутриполитического курса. В царствование Николая II резкое возрастание роли высших сановников происходило в силу несоразмерности масштабов личности императора и его министров, обладавших широтой государственного кругозора, более четким пониманием современных задач государственной политики. Такие министры, как С. Ю. Витте, И. Н. Дурново, В. К. Плеве, П. А. Столыпин, были крупными администраторами, отличались организаторскими способностями. В окружении Николая II не раз появлялись лица, не принадлежавшие к императорской семье или сановной элите, но сыгравшие заметную роль при принятии отдельных решений внутренней и внешней политики (князь В. П. Мещерский, ротмистр А. М. Безобразов, жандармский полковник С. В. Зубатов и др.). Постоянно около императорской четы находились весьма экзальтированные представители из числа официальных служителей православной церкви и лица, поведение которых не укладывалось в традиционные нормы ортодоксальной религии.