Вопросы аграрной политики на рубеже XIX–XX вв. бурно обсуждались на специально созываемых ведомственных совещаниях, особых совещаниях, комиссиях и т. п. В 1896 г. стало работать Совещание с участием губернских предводителей дворянства в рамках Министерства внутренних дел (МВД), в 1899–1901 гг. действовало так называемое Особое совещание И. А. Звегинцева. Его сменила Комиссия центра, возглавляемая государственным контролером B. Н. Коковцовым. В 1902 г. учреждаются Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности под руководством C. Ю. Витте и Редакционная комиссия при МВД во главе с В. К. Плеве. В ходе этих многолетних обсуждений крестьянского вопроса, сопровождавшихся сбором огромного и разнообразного материала о нуждах русской деревни, выдвигались идеи о необходимости перехода в политике государства от опоры на крестьянскую общину к опоре на крестьянина как частного земельного собственника, ликвидации круговой поруки. «Оскудение» исторического центра страны увязывалось с громадными затратами государства на окраинные владения и тяжестью обложения крестьянства коренной России. Участники комиссий и совещаний предлагали понижение, но не отмену выкупных платежей, говорили о необходимости увеличить государственные расходы на подъем сельского хозяйства, повышение образования в крестьянской среде и пропаганду специальных агрономических знаний. Одновременно появились проекты расширения и регулирования переселенческого процесса, развития аренды и купли-продажи земли. Вместе с тем были и проекты сохранения неприкосновенности общины, патриархальных устоев крестьянской семьи, противодействия разделам семей и т. п.
26 февраля 1903 г., в период работы Совещания Витте и Редакционной комиссии, был обнародован Манифест, возникший по инициативе и при участии князя В. П. Мещерского, а затем отредактированный чиновниками МВД под руководством Плеве. В целом документ отражал реакционно-консервативную линию на решение крестьянского вопроса, но содержал и такие положения, которые свидетельствовали о колебаниях правительства. Подтверждая неприкосновенность общинного крестьянского землевладения, сохранение сословного строя и неотчуждаемость надельных земель, царь обещал выработать меры для облегчения выхода крестьян из сельских обществ и отмены круговой поруки.
Вся многолетняя работа учрежденных по царскому повелению комиссий и особых совещаний привела к принятию лишь нескольких частных законодательных актов, отменявших самые устарелые обычаи и правовые нормы. Среди них были законы об отмене телесных наказаний крестьян (1902), круговой поруки (1903), облегчении выхода из общины зажиточных крестьян (1903), упрощении процедуры переселения (1903). Столь разительный контраст с более результативным решением проблем торгово-промышленной сферы свидетельствует о сложности и глубине аграрных противоречий в России, их непосредственной связи с положением господствующего сословия империи и ее верховной власти. Не случайно поиск на рубеже XIX–XX вв. мер к разрешению дворянского и крестьянского вопросов неизбежно выявлял их социально-политический аспект, что приводило к возникновению трений между самодержавием и поместным дворянством по вопросам о методах и целях внутренней политики. Стремясь сохранить свои экономические, социальные, политические привилегии и монархию как охранительницу этих старых устоев российского общества, поместное дворянство начинает подталкивать верховную власть к модернизации, к ликвидации очевидной архаики. Однако это не встретило понимания ни в лице самого Николая II, ни в деятельности приближенного к нему после отставки Витте в 1902 г. В. К. Плеве, что со всей очевидностью показали итоги работы Редакционной комиссии и Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности.
Национальный и конфессиональный вопросы в условиях развития общего социально-политического кризиса приобретают новую остроту. Их взаимодействие и сложное переплетение было обусловлено принципами, что «нет отдельных народов, есть только подданные» и утверждением православия как официальной религии. В начале XX в. экономическое развитие отдельных окраин приводило к росту их буржуазии, заявлявшей о своих претензиях. Шло также формирование национальной интеллигенции, являвшейся питательной средой для сепаратистских и леворадикальных течений. В России начинают возникать национальные политические организации и партии, число которых в конце концов превысило количество русских политических объединений. Развитие национального самосознания сопровождалось ростом изданий национальной периодики. Указанные тенденции были особенно заметны в регионах с сильными традициями национально-освободительного движения и развитыми экономически — Польше, Финляндии, Украине. В индустриальных городских центрах, возникших в Прибалтике и Закавказье (Рига, Ревель, Баку), в силу многонационального состава пролетариата, значительной доли русских кадровых рабочих на первый план выступала общепролетарская борьба за свои права.