И все-таки долготерпению приходил конец, о чем свидетельствует резкий подъем крестьянского движения в 1900–1904 гг. Число выступлений начинает исчисляться не десятками, а сотнями, в несколько раз превосходя уровень начала века. В 1900 г. — 33, 1901 г. — 119, 1902 г. — 358, 1903 г. — 533, 1904 г. — 162 выступления. В крестьянском движении начала 1900-х гг. чаще встречались активные формы борьбы: захват крестьянами помещичьей земли, увоз хлеба из помещичьих амбаров, погромы и поджоги дворянских имений. Это приводило к участившимся фактам применения войск для подавления крестьянских выступлений. В 1900 г. войска вызывались 6 раз, в 1901 г. — 12, а в первой половине 1902 г. — уже 17 раз.
Настоящий взрыв крестьянского движения пришелся на 1902 г., давший трехкратное увеличение выступлений. Причиной этого был страшный неурожай 1901 г. и голод, охвативший 20 губерний с населением в 24 млн человек. Движение началось в марте — апреле в Полтавской и Харьковской губерниях, распространившись на 165 сел с населением более 150 тыс. человек. Восставшие громили помещичьи имения, захватывали хлеб, семена, скот, землю. Всего пострадало 104 экономии. Помещичий скот, зерно, сельскохозяйственный инвентарь крестьяне разделили между собой. Для усмирения восстания властям потребовалось более 10 тыс. солдат и казаков во главе с командующим Киевским военным округом и двумя губернаторами. Движение жестоко подавлялось: проводились массовые порки крестьян, а свыше тысячи из них были преданы суду. Восстание вызвало волнения во многих селах и деревнях Киевской, Черниговской, Новгородской, Пензенской, Орловской, Саратовской губерний, областях Кубани и Кавказа. Особенно значительными они были в Грузии. Общее число крестьянских выступлений по стране в 1903 г. в полтора раза превышало показатели предшествующего года.
Хотя крестьянство оставалось в плену веры в доброго царя, разрыв с этой верой становился вопросом времени. Крестьянские волнения начала 1900-х гг. свидетельствовали о приближении и в России той новой поры, о которой К. П. Победоносцев в своем письме 1898 г. предупреждал Николая II. Тревожась за будущность самодержавия, императорский наставник отмечал: «Мы живем в ином мире сравнительно с тем, что было лет 40–50 назад. Массы народные издавна коснели в бедности, нищете, невежестве и умирали бессознательно». Однако, продолжает Победоносцев, «в последнее время эта бессознательность миновала, умножились средства сообщения, и вопиющая разница между нищетою одних в большинстве и богатством и роскошью других в меньшинстве стала еще разительнее… Душа народная стала возмущаться. Стали подниматься вопросы: для чего мы страдаем, а другие обогащаются нашим трудом, кровью и потом? И к чему служат власти, которые в течение тысячелетий ничего не могли устроить для нашего облегчения? И к чему правительство, которое только гнетет нас своими податями, правителями, судами? И к чему, наконец, государство и всякая власть государственная?» Обеспокоенная размахом крестьянских выступлений, власть использовала не только кнут. В речи перед сельскими старостами и волостными старшинами, собранными в Курске в августе 1902 г., Николай II, порицая крестьян за разгром экономий, обещал им ряд уступок. Вскоре были отменены круговая порука при уплате податей (март 1903 г.), право волостных судов приговаривать крестьян к телесным наказаниям (август 1904 г.). С крестьянства были сняты недоимки по выкупным платежам, земским и мирским сборам, накопившиеся к январю 1904 г.