В канун открытия Государственной думы был отправлен в отставку С. Ю. Витте, оставшийся членом Государственного совета и Комитета финансов. Проведение премьером политики вынужденного лавирования между по-прежнему влиятельными консервативными силами и набиравшими вес либеральными партиями, череда бесконечных маневров то в сторону реформ, то укрепления прежних основ и порядков привели к известному падению его авторитета в оппозиционных кругах общества и крайне раздражали царя. Верхи терпели Витте, пока он не добился заключения крупного заграничного займа, который должен был спасти Россию от очевидного финансового краха. Председателем Совета министров стал Иван Логгинович Горемыкин, известный как один из наиболее твердых приверженцев сохранения прежних устоев самодержавия и в силу этого не намеренный сотрудничать с Государственной думой. Но власть не учла, что радикально настроенные крестьянские депутаты, политические группы, выражавшие их настроения, и даже кадеты, стремившиеся сыграть роль ведущей политический партии, не могли себя вести в Думе послушно, одобряя любые предложения правительства.
В ответном адресе на «тронную речь» кадеты, не без влияния трудовиков, в весьма осторожных выражениях выразили намерение удовлетворить земельную нужду крестьян с помощью обязательного отчуждения частновладельческих, удельных, монастырских и церковных земель. Однако царь не принял депутацию, избранную для вручения адреса. Еще хуже оказались последствия просьбы кадетов сформировать свое, кадетское правительство. В ответ Горемыкин заявил, что пожелания Думы о составе правительства выходят за рамки ее компетенции. Более решительно поступили трудовики, предложившие вотум недоверия правительству, за который высказалось и кадетское большинство Думы. Горемыкин проигнорировал это постановление. В дальнейшем третирование Государственной думы со стороны правительства выражалось в довольно редком направлении в ее адрес основополагающих законопроектов, а поступавшие выглядели как насмешка. Дума всерьез должна была обсуждать законопроекты об учреждении оранжереи при Юрьевском университете в Дерпте, об освещении дома военного министра и т. п.
Тем не менее сама Государственная дума выдвинула законопроекты по наиболее животрепещущему вопросу российской жизни — аграрному. Внесенный кадетами законопроект предусматривал возможность отчуждения лишь части помещичьих земель с выкупом ее по «справедливой оценке». Трудовики, опираясь на волю крестьян, представили проект, в котором предлагалось принудительное отчуждение всех частнособственнических земель, включая и помещичьи, а затем их бесплатное распределение по установленной «трудовой норме». Дума поручила особой комиссии разработать земельный закон на началах принудительного отчуждения. Допустить обсуждение такого законопроекта власть никак не могла. 8 июля последовал Манифест о роспуске I Думы, обвинявшейся в разжигании смуты. Об окончании своих трудов депутаты узнали на следующий день, обнаружив на закрытых дверях Таврического дворца текст Манифеста. Попытка не подчиниться роспуску Думы как незаконному группой депутатов от кадетов, трудовиков и меньшевиков, уехавших в Выборг и принявших воззвание, не имела реальных политических последствий. Впрочем, 167 депутатов, подписавших «Выборгское воззвание», в декабре 1907 г. приговорили к 3 месяцам тюрьмы. Преследования перводумцев своеобразно отразились на ходе избирательной кампании во II Думу в крестьянской среде. Своих кандидатов, считая их «мучениками за народное дело», крестьяне стали укрывать, имена их заранее не оглашать, чтобы они не подверглись арестам или высылке.
Почувствовав ослабление революционного натиска и убедившись на примере I Думы, что кадеты не в состоянии повести за собой крестьянство, власти избирают более решительную тактику. Вместо отправленного в отставку Горемыкина председателем Совета министров в июле 1906 г. назначается Петр Аркадьевич Столыпин, принадлежавший к старинному дворянскому роду и проявивший себя энергичным управленцем в должности гродненского (1902–1903) и саратовского (1903–1905) губернатора, министра внутренних дел с апреля 1906 г. Преданность самодержавию он доказал решительным подавлением весной — летом 1905 г. крестьянских восстаний на территории вверенной ему губернии, чем заслужил монаршую благодарность. Одновременно Столыпину удалось удержать «в узде» черносотенные губернские организации и устраниться от участия в карательных экспедициях осени 1905 г., за что он даже прослыл либералом. Новый премьер избрал курс на раскол общины и модернизацию жизни русской деревни.