II Государственная дума отличалась изменением партийного состава. Кадеты потеряли почти половину своих мест, но увеличилось число депутатов, представлявших октябристов и черносотенцев, а также левые партии. Трудовики, эсеры и энесы получили во II Думе 157 мест вместо прежних 94, социал-демократы — соответственно 65 вместо 18. Полевение Думы означало, что дни ее сочтены. Правительство не могло выйти из кризиса, не прибегая к насилию, а энергия масс, особенно рабочих, была уже на исходе. Забастовочное движение в первой половине 1907 г. отмечено небольшим подъемом в январе и резким всплеском в мае. Открытие II Государственной думы состоялось 20 февраля 1907 г. Председателем был избран известный деятель земского движения и один из основателей кадетской партии Федор Александрович Головин. Кадеты надеялись создать конституционный центр, привлекая фракции народнической ориентации и часть депутатов от октябристов, польского коло и мусульманской группы. Они не допустили голосования о вотуме недоверия правительству и после правительственной декларации высказались за переход к очередным делам. С помощью октябристов и запугивания трудовиков угрозой роспуска Думы кадеты добивались принятия большинства правительственных законопроектов.
Предложенный кадетами новый земельный закон отличался от предыдущего проекта: не все крупные владения подлежали отчуждению; примерно половина расходов по вознаграждению помещиков за отчуждаемую землю возлагалась на крестьян; исчезло признание национализации в виде образования постоянного государственного фонда. Черносотенцы и октябристы выступили против любых предложений о принудительном отчуждении помещичьих земель. Трудовая группа поставила на обсуждение Думы проект «Основных положений земельного закона», воспроизводящий их прежнюю записку. Трудовики и эсеры доказывали принадлежность земель народу и нелепость предложений их покупки теми, чьей собственностью они являются. Они особо подчеркивали, что эти земли — «свои земли», «нами уже десять раз отработаны кровью, потом и деньгами». Критике подвергался принцип неприкосновенности и священности частной собственности на землю. Депутат из Саратовской губернии заявил: «Бог сотворил человека и вручил ему землю, но у нас ее нет, почему это? Я прямо скажу и откровенно: украли у нас ее». Выступивший перед окончанием прений Столыпин ответил на эти требования многомиллионной массы крестьянства, трудом которой обрабатывалось и большинство помещичьих земель, что правительство не позволит «обездолить 130 тыс. владельцев и оторвать их от привычного и полезного для государства труда». Слова премьера привели к выработке всеми левыми фракциями формулы с требованием принудительного отчуждения частновладельческих земель и немедленной отмены столыпинских аграрных законов, утвержденных по ст. 87. Кадеты сорвали обсуждение этой формулы.
Слушания аграрного вопроса показали, что кадетский центр не способен добиться соглашения с левыми фракциями, но распускать Думу в ходе данных дебатов, когда усмирение деревни не закончилось, было рискованно. Власти прибегли к обвинению в «военном заговоре» против государственного строя депутатов РСДРП. Как позднее признавался Ф. А. Головин, «был действительно заговор, но не заговор 55 членов Думы… а заговор Столыпина и К° против народного представительства и основных государственных законов». В ночь на 3 июня 1907 г. был произведен арест социал-демократической фракции, а днем опубликован Манифест о роспуске Думы. Первая российская революция завершилась. Страна вступила в новый период своей истории.