Существенная роль в проведении реформы отводилась Крестьянскому поземельному банку с его правом покупать имения (дано в 1895 г.) и выпускать ценные бумаги на всю сумму сделок (добавлено в 1905 г.). В процессе реформы ситуация на рынке грозила обесценением помещичьей собственности, поэтому Крестьянский банк развернул массовую скупку помещичьих имений. За 1906–1907 гг. он приобрел в 3 раза больше имений, чем за 11 предыдущих лет. При этом банк поднял цены почти на 1/3, что привело к их дальнейшему росту. Всего за 1906–1916 гг. Крестьянский поземельный банк выплатил помещикам за 4,6 млн десятин около 500 млн руб. Взвинчивание банком земельных цен, сопровождавшееся наложением на заемщиков, т. е. крестьян, больших платежей, неминуемо приводило большинство хуторян и отрубников к разорению. В 1906–1915 гг. за неуплату взносов по старым и новым ссудам у заемщиков было отобрано до 570 тыс. десятин земли. Недоимки клиентов Крестьянского поземельного банка постоянно росли, а число новых сокращалось, так как падало доверие крестьян к банку. Надежды устроителей реформы на этот банк как важный рычаг создания в деревне новой социальной опоры монархии рухнули.
Составной частью столыпинской реформы была целенаправленная организация переселенческого движения. Власти поощряли заселение территорий за Уралом, надеясь ослабить искусственный земельный голод в европейской части страны. Правительство стимулировало переселение выдачей небольших пособий, ссуд и льгот по переезду и налогам. Для переселенцев был даже сконструирован особый («столыпинский») вагон. Им предоставлялось право укрепить и свободно продать свой земельный надел. Переселенческий поток возрастал, начиная с 1906 г., и особенно высоким был в 1908–1909 гг., когда на новые места двинулось более 1,3 млн человек, в том числе многие на свой страх и риск. Таких в одной только Томской губернии в 1910 г. скопилось около 700 тыс. Главной трудностью на новых местах было отсутствие необходимых средств для организации хозяйства у подавляющего числа переселенцев, принадлежавших в своем большинстве к деревенской бедноте. Ссуды на обзаведение, по подсчетам экономистов, требовались в сумме не менее 450 руб. даже в ближайших областях Сибири, а практически они не превышали 100 руб. Большинство переселенцев (61,5 %) имело при себе менее этих 100 руб. Если начальная часть ссуды расходовалась на прокормление, а не на хозяйство (что было обычным явлением), то переселенец терял право на получение оставшейся части. Повсеместно переселенцы сталкивались с бесконечными поборами чиновников. Все это нередко приводило к возвращению неудачных новоселов в родные края. Общее число переселенцев за 1906–1916 гг. составило более 3,1 млн человек, процент возвратившихся в первые годы равнялся 9 %, в последующие поднимался до 31 %. Дополнительные сложности возникали у переселенцев из Европейской России, в основном русских и украинцев, направлявшихся в Туркестан, Степной край, Закавказье. Отвод земель, пригодных для земледелия, сопровождался здесь нередко отчуждением их у коренных народов или земельным утеснением местного населения. Организация переселенческого движения проводилась на уровне минимальных государственных затрат и с очевидной попыткой переложить все тяготы освоения новых земель, в том числе финансовые, на крестьянские плечи. При этом недостаток государственных средств был не в реальном их отсутствии, а в продолжавшейся безмерной и многоканальной поддержке дворянского землевладения.