Однако существовали проблемы экономической политики, занявшие в эти годы значительное место в деятельности правительства. Русско-японская война и революция поставили страну на грань финансового краха. Сбора обыкновенных доходов не хватало для удовлетворения необходимых государственных расходов, был поколеблен курс рубля. Для предотвращения катастрофы законом 2 января 1906 г. были значительно повышены ставки промыслового обложения, а в апреле заключили соглашение с французскими банками о займе. Возглавивший Министерство финансов В. Н. Коковцов считал необходимым продолжать увеличение золотого запаса в Государственном банке и не спешить с заключением новых займов, так как это было небезопасно при экономическом и политическом состоянии страны. Поскольку налоговые поступления достигли своего предела, оставалось одно — жесткое регулирование расходов бюджетных ресурсов, что стало стержнем финансовой политики Коковцова. Чрезмерная экономия бюджетных средств и отказ от займов затрудняли прилив капиталов в сельское хозяйство и ограничили финансирование столыпинской аграрной реформы. Промышленность, особенно в условиях начавшегося оживления, так остро не нуждалась в государственном субсидировании. Уже к 1909 г. Коковцову удалось добиться активного сальдо государственного бюджета и окончательно стабилизировать денежное обращение.
Программа правительства Столыпина предусматривала реформы, направленные на модернизацию социально-политической и социокультурной сферы жизни русского общества, регулирование отдельных систем управления. Однако их реализации помешало нарастание среди консервативного большинства страха даже перед минимальными реформами, поскольку в стране сохранялась нестабильность. Во многих губерниях не был отменен режим управления на основе исключительных положений, так как деревня и помещичья усадьба продолжали представлять два враждебных стана. Правые откровенно боялись, что быстрое проведение задуманных реформ спровоцирует выступления масс, как это было после 17 октября.
Подобные опасения сдерживали разработку фабрично-заводского законодательства. Даже уже подготовленные проекты (об упорядочении продолжительности рабочего дня, об условиях найма) правительство не торопилось представлять в Думу. Летом 1908 г. в нее поступили законопроекты о страховании рабочих от несчастных случаев и по болезни, разрабатывавшиеся с января 1905 г. После долгих обсуждений в думских комиссиях в апреле 1911 г. они были вынесены на общее заседание Думы, где подверглись резкой критике. Кадет Н. Н. Щепкин предупреждал консервативно-реакционное большинство о необходимости «пойти на некоторые жертвы», чтобы трудящиеся не пошли «на катаклизмы». Трудовики предлагали осуществлять страхование рабочих государством за счет прогрессивного налога с капиталистов. Свою развернутую программу по государственному страхованию рабочих представили социал-демократы. Наиболее значительные поправки кадетов, тем более трудовиков и социал-демократов, были отвергнуты. Однако Думе пришлось восстановить в правительственной редакции статью, возлагавшую расходы за лечение рабочих на предпринимателей. Законопроекты о страховании только в январе 1912 г. были приняты Думой, а высочайшее их утверждение последовало в июне. Создаваемые страховые товарищества объединяли владельцев определенного района и передавали в их руки мощную организацию со своим штатом служащих, специалистов страхового дела и врачей, которой в одиночку противостоял рабочий.
Обязательное страхование рабочих предусматривало их объединение в больничные кассы, которые осуществляли выдачу пособий заболевшим. Каждая касса объединяла не менее 200 рабочих. Средства больничной кассы, формировавшиеся в основном из денег рабочих (обязательный взнос в размере 1–2 % заработка, штрафной капитал) и отчислений владельца предприятия (2/3 суммы взносов рабочих), находились в руках владельца предприятия, чтобы не допустить их использования как стачечного фонда.