Свидетельством неустойчивости третьеиюньской политической системы являлось развитие конфликтных ситуаций по весьма незначительным поводам. Законопроекты, малозначимые по существу и с точки зрения жизнедеятельности всей страны и ее населения, могли не только вызвать жаркие дебаты в Думе и Государственном совете, но приводили к правительственным или парламентским кризисам. Впервые это случилось весной 1909 г. После одобрения в мае 1908 г. Думой законопроекта об ассигнованиях на расширение штатов Морского министерства он был отвергнут верхней палатой как нарушавший прерогативы монарха. Дума в декабре вторично приняла законопроект, после чего под нажимом Столыпина он был поддержан в марте 1909 г. и Государственным советом. Однако последовавший рескрипт царя с отказом в утверждении закона свел на нет усилия правительства и выявил отсутствие с его стороны должной поддержки Столыпина.
Проекты реформ местного управления предусматривали включение в волость, помимо общинных, и помещичьих земель. Создаваемая мелкая земская единица становилась основой местного управления, а избрание уездных и губернских земств предлагалось на принципах бессословности и имущественного ценза, что увеличило бы в них долю зажиточного крестьянства. Проекты, вызвав неодобрение дворян-помещиков, привели к формированию в Государственном совете открытой антистолыпинской оппозиция во главе с П. Н. Дурново, не позволившей их реализовать. Эта ситуация повторилась и при разработке законодательства о национальных окраинах. Проблема их усмирения и сохранения единства империи под эгидой самодержавия инициировалась черносотенцами, выдвинувшими лозунг «Россия для русских». Одной из первых целей воинствующего национализма стала Финляндия. Столыпин поддержал позицию правооктябристского большинства, потребовав покончить с финляндским сепаратизмом и конституцией. В соответствии с законом об общеимперском законодательстве (1910) из ведения финляндского сейма изымались вопросы о налогах, воинской повинности, суде, охране государственного порядка, уголовном законодательстве и др. В итоге были приняты акты об уравнении прав русских граждан в Финляндии и о сумме, выплачиваемой финляндской казной взамен отбывания ее гражданами воинской повинности, но они, по существу, остались на бумаге.
В связи с введением земства в Витебской, Минской, Могилевской, Волынской, Киевской, Подольской губерниях возник польский вопрос. Появление данного законопроекта стало обходным маневром правительства после неудачи с реформой местного и волостного управления. В отличие от земского Положения 1890 г., проект вводил две национальные курии — польскую и русскую, в которую зачислялось все непольское население. По нему также предусматривалось, что председатель, часть членов управ и земские служащие будут русскими. Проект, одобренный Думой, отвергли антистолыпинские силы в верхней палате, что заставило премьера провести его в чрезвычайноуказном порядке, распустив в марте 1911 г. Думу на 3 дня. Драматично с ноября 1911 г. протекало в Думе рассмотрение законопроекта «О выделении из состава губерний Царства Польского восточных частей Люблинской и Седлецкой губерний с образованием из них особой Холмской губернии», по которому из-под опеки польского дворянства высвобождалось русское население Холмщины. В ходе обсуждения черносотенцы возмущались полонизацией русского края, представители польского коло заявляли о «четвертом разделе» Польши, а украинские депутаты доказывали, что Холмщина — колыбель украинства. Закон был принят Думой в апреле 1912 г., в мае одобрен Государственным советом, а в июне утвержден царем.
Острота национального вопроса проявилась и вне парламента в антисемитских кампаниях, не раз инспирировавшихся в послереволюционный период реакционно-охранительными силами. VII съезд объединенного дворянства открыто требовал «очищать русскую землю от евреев, очищать твердо, неуклонно, шаг за шагом и по выработанному заранее плану». Это повлекло массовое выселение евреев из Киева, Смоленска, Чернигова, Гомеля, Полтавы и других городов в законодательно установленные районы черты оседлости. Правительство предпринимало меры по ограничению приема иудеев в школы и университеты. Символом антисемитской компании стало «дело Бейлиса», по которому в 1911 г. в совершении ритуального убийства мальчика Андрея Ющинского был обвинен Мендель Бейлис, приказчик кирпичного завода, вблизи которого был обнаружен труп. Министром юстиции И. Г. Щегловитовым была принята версия ритуального убийства. Для судебного процесса по делу проводился специальный отбор состава присяжных, однако суд оправдал Бейлиса.