28 августа Столыпин приехал в Киев на торжества по случаю открытия земских учреждений и памятника Александру II. Устроители продемонстрировали пренебрежение к главе правительства — ему пришлось нанимать извозчика, так как для него не нашлось места в экипажах, предоставленных царю и царской семье, приближенным лицам, и не был выделен отдельный казенный экипаж. Охраной высокопоставленных лиц занимался товарищ министра внутренних дел и командир корпуса жандармов П. Г. Курлов, смещения которого добивался Столыпин. Поступившее в киевское охранное отделение сообщение от жителя города Д. Г. Богрова, что на его квартиру прибыл человек с оружием, должным образом не оценили, и вряд ли по недомыслию. Богров сотрудничал с охранкой, выдавая за деньги анархистов. Ему предоставляли пропуска и билеты на все мероприятия, где он буквально по пятам ходил за Столыпиным. 1 сентября в киевской опере в антракте Богров в упор дважды выстрелил в премьера. Несколько дней состояние Столыпина было неопределенным, а после резкого ухудшения 5 сентября он умер. Богров предстал перед Киевским окружным военным судом 9 сентября, а 12-го уже был повешен. Новым председателем Совета министров был назначен Владимир Николаевич Коковцов, сохранивший за собой пост министра финансов. Коковцов происходил из знатной дворянской семьи, в 1896–1902 гг. был товарищем министра финансов С. Ю. Витте, затем — статс-секретарем Государственного совета, а с февраля 1904 г. занимал с небольшим перерывом должность министра финансов.
Просуществовав весь положенный по закону срок, III Государственная дума завершила свою работу 9 июня 1912 г. Выборы в IV Государственную думу, проходившие осенью 1912 г., еще раз подтвердили надежность закона 3 июня 1907 г. В новой Думе по-прежнему сохранялись правооктябристское и октябристско-кадетское большинство. Однако потери октябристской фракции (50 мандатов) были существенны, как и рост почти в 2 раза фракции прогрессистов. Такая ситуация стала результатом общего «полевения» буржуазии и одновременно сдвига части кадетов вправо, которые даже не включили аграрный вопрос в свою избирательную платформу. В течение первой сессии IV Думы правительство не внесло на ее рассмотрение ни одного значимого законопроекта. Пресса постоянно писала о «скуке», царившей в Думе. Кадеты, пытавшиеся оживить думскую деятельность, представили явно непроходные законопроекты — о неприкосновенности личности, о союзах и собраниях, о замене избирательного закона 3 июня 1907 г. и т. д. Правооктябристское большинство не поддержало предложения прогрессистов об изменении земского Положения 1890 г. и левых октябристов о понижении ценза при выборе земских гласных. Все это усиливало законодательный паралич Думы.
В структуре исполнительной власти наблюдалось снижение роли Совета министров с одновременным усилением инициатив и действий самодержца. При этом оба процесса развивались в условиях роста давления на царя и правительство дворцового окружения и так называемых темных сил, группировавшихся вокруг Г. Распутина. Новый премьер В. Н. Коковцов по своему характеру и сугубо чиновничьей карьере был исполнителем, чутко улавливающим настроения монарха. Однако он был слишком связан с торгово-промышленными кругами и уже этим чужд высшим сферам, слишком рационален, чтобы не понимать невозможности исполнения царской воли, когда Николай II требовал от него заставить замолчать прессу, смаковавшую похождения Распутина. Как убежденный монархист, Коковцов и сам не мог спокойно взирать на рост влияния при дворе «старца», настаивая на его отъезде из столицы. Этим он предопределил свою будущую отставку. Выступления премьера в Государственной думе не раз подвергались оскорбительным нападкам со стороны националистических и ультраправых фракций. На него яростно нападала правая печать. 29 января 1914 г. последовала отставка Коковцова. Его преемником стал Горемыкин, уже зарекомендовавший себя противником какого-либо сотрудничества с Думой. Это отражало настроения царского окружения, о чем Коковцов писал впоследствии: «В ближайшем кругу государя понятие правительства, его значение, как-то стушевывалось, и все резче и рельефнее выступал личный характер управления государем…»