Председатель Отдела внешних сношений митрополит Николай (Ярушевич) одним из первых выступил против начатой Хрущёвым в октябре 1958 г. антирелигиозной кампании. Передавалась легенда, что, выйдя как-то на церковный амвон, он поднял газету «Правда», в которой была напечатана статья с нападками на Церковь, и сказал церковному народу – вот видите, газета носит имя «Правда», а в ней – всё ложь. Под нажимом КГБ митрополит Николай был отправлен в отставку («на покой») и в декабре 1961 г. при странных обстоятельствах умер в больнице.
Принятые в июне 1961 г. изменения приходского устава, резко ограничившие права духовенства и мирян, вызвали новые протесты. В 1965 г. архиепископ Калужский Ермоген (Голубев) написал резкое письмо Патриарху Алексию с требованием отменить новый приходской устав. К письму присоединились 4 архиепископа и 3 епископа. Вскоре Ермогена тоже отправили «на покой». В том же 1965 г. с протестами против наступления на Церковь выступили священники Н. Эшлиман и Г. Якунин. Их открытые письма распространялись в самиздате.
В истории хрущёвских гонений на Церковь особое место занимает XXII съезд КПСС. На съезде, проходившем в октябре 1961 г., была рассмотрена и принята новая Программа КПСС, внесены изменения в Устав КПСС. Если XXI съезд выработал экономический план строительства нового общества, то XXII съезд занимался по преимуществу идеологической работой, вырабатывая основные морально-нравственные принципы бесклассового строя. В этих условиях формирование «научного мировоззрения» стало одной из первостепенных задач. Под научным мировоззрением понималась система философских, экономических и социально-политических взглядов. Разумеется, предполагалось, что в такой системе не будет места религиозным «пережиткам» – так как претворяемая в жизнь теория станет зримым примером всемогущества человека, без всякой помощи «свыше» построившего новый коммунистический мир.
Правда, говоря о научно-атеистической пропаганде, новая Программа также не забыла указать на необходимость терпеливого разъяснения верующим несостоятельности религиозных верований, «возникших в прошлом на почве придавленности людей стихийными силами природы и социальным гнетом, из-за незнания истинных причин природных и общественных явлений». Из сказанного следовало, что верующие просто не видят (в силу различных причин) подлинных корней религии, слабо разбираются в естествознании и обществоведении. Получалось, что именно это – главная причина существования религиозных «пережитков». А такую причину можно ликвидировать методами просвещения и агитации.
В новой Программе КПСС нашел место моральный кодекс строителя коммунизма, включавший в себя, среди прочих, такие нравственные принципы, как добросовестный труд (с характерным пояснением «кто не работает, тот не ест»); коллективизм и взаимопомощь; гуманные отношения между людьми (так как «человек человеку – друг, товарищ и брат»); честность, нравственная чистота, скромность; взаимное уважение в семье; непримиримость к несправедливости, тунеядству и стяжательству; нетерпимость к национальной и расовой неприязни и т. п. Намного позднее составители этого кодекса из Института марксизма-ленинизма при ЦК КПСС, смеясь, признавались, что просто списали его с десяти заповедей Моисея и Нагорной проповеди Христа, «подправив где что нужно».
Смысл морального кодекса очевидно прост: доказать, что коммунистическое общество – прежде всего общество нравственное. А так как оно должно быть в основном построено в ближайшее двадцатилетие (т. е. к началу 1980-х гг.), то и на формирование нового атеистического человека отводится короткое время. Преодоление религиозности в СССР стало программной задачей компартии, ибо научный атеизм считался одним из обязательных условий общества будущего. Как только был опубликован проект новой Программы КПСС, журнал «Наука и религия» включился в идеологическую полемику, называя религию тормозом на пути построения гуманного общества. Журнал заранее предрекал полное торжество атеизма, «ибо к этому ведет сама… жизнь». А уже в ноябре 1961 г. руководство журнала, совместно с кафедрой теории атеизма Московского государственного университета и Научно-методическим советом Всесоюзного общества по распространению политических и научных знаний, провело конференцию, обсудившую задачи научно-атеистического воспитания трудящихся.