Стремясь в максимально короткие сроки покончить с религией, что на практике означало и организационный разгром Церкви, атеисты сделали весьма характерный вывод о необходимости усиления научно-атеистической пропаганды по мере приближения коммунистического общества. Это был явный перифраз сталинского положения об усилении классовой борьбы по мере строительства социализма. Тем самым Церковь и ее служители недвусмысленно выставлялись идейными врагами строившегося общества – со всеми вытекавшими отсюда последствиями (хотя речь и не шла о физическом устранении «врагов», – акцент делался на контроле за церковными кадрами).
В хрущёвский период «верховным распорядителем» Русской Церкви оставался регулирующий государственно-церковные отношения Совет по делам РПЦ при Совете Министров СССР, созданный еще в 1943 г. Реальной властью на местах пользовались уполномоченные Совета, с которыми архиереи должны были согласовывать все свои решения, в том числе и назначения священников на приходы. Кроме того, Совет дозволял епископские хиротонии, а уполномоченные – священнические и диаконские рукоположения. Патриарх Алексий (Симанский) в конце своей жизни с горечью говорил: «В начале моего патриаршества из десяти кандидатов в епископы я выбирал девять, а они [советские органы] – одного, теперь они дают девять, а я подбираю одного». Понятно, что руководство КПСС «продвигало» в епископы или убежденных атеистов – сотрудников КГБ, или лиц нравственно неустойчивых, разложившихся, которые будут растлевать и разрушать Церковь, управляя ею.
Стремясь дискредитировать православное духовенство, власти всячески поощряли вероотступничество. Различными мерами в конце 1950-х – начале 1960-х гг. им удалось добиться заявления о разрыве с религией от почти двухсот священнослужителей. Кроме того, за 1958–1964 гг. число приходов Русской Православной Церкви уменьшилось на 5863 (на 1 января 1966 г. РПЦ имела 7523 храма и 16 монастырей).
Впрочем, развалить Церковь изнутри не удалось, не помог и всеобъемлющий кадровый контроль. Одна из причин этого – внешнеполитическая деятельность Русской Православной Церкви, которая коммунистическим правителям была весьма необходима. Коммунистические руководители проявляли заинтересованность в православной критике западных «религиозных антисоветчиков», в бойкоте РПЦ работ Второго Ватиканского собора (чего не получилось), в том, чтобы Русская Церковь стала объединяющим центром всех православных поместных церквей.
Парадокс государственно-церковных отношений в том и заключался, что власти пытались решать две взаимоисключающие проблемы: стремясь окончательно уничтожить (как заявлялось, «идеологическими средствами») религию и Церковь, – с одной стороны, они хотели использовать авторитет РПЦ в своих политических целях, – с другой. Более того, коммунистические руководители тех лет проявляли откровенную заинтересованность в нормализации отношений с крупными религиозными исповеданиями и, прежде всего, с Католической Церковью. Хрущёв, например, вел переписку с Папой Римским Иоанном XXIII.
Выдающийся церковный деятель второй половины XX в. митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим (Ротов) (1929–1978) в начале 1960-х гг. активно использовал эту политико-идеологическую двусмысленность, но и он не сумел остановить воинственный напор антирелигиозной пропаганды. Помощь коммунистическому государству в деле «борьбы за мир» и участие, по воле руководства КПСС, в международном экуменическом движении не спасало Церковь от грубых атеистических нападок, ибо использование Церкви для коммунистической власти было делом тактики, стратегическая же задача ее уничтожения оставалась неизменной.