Сам же московский князь, имея честолюбивые планы утвердить свое самодержавие, совсем не желая походить на литовского Великого князя, подконтрольного Сейму, готовил народ Восточной Руси к принятию новых для русских людей принципов, предлагая льстящую национальному самолюбию сумму идей.
При Иване III Литва начинает рассматриваться московской властью не как другое русское государство, но как иноверная страна, захватившая часть «отчин» потомка Рюрика – московского Великого князя – и держащая их «неправдою». С Литвой, несмотря на то, что ее Великий князь Александр женат на дочери Ивана III Елене, идет почти всё время вялотекущая война, в которой Москва постепенно осиливает Литву. Те русские земли, которые заключают союз с литовским князем, теперь объявляются «изменными», желающими податься в латинство и «под ляхов» (поляков). Это – неправда, но Москва использует её для упрочения и расширения власти над своим народом, особенно над боярством, которое продолжает считать Великого князя Московского только одним из тех государей, которым оно может служить: плохо на Москве – можно перейти в Литву или в Новгород, или в Тверь.
Чтобы изжить такие настроения боярства, Москва начинает утверждать себя как единственное в мире независимое православное царство. Константинополь и Балканы были под властью турок-мусульман, Литва превращалась в католическую страну. Другие русские княжества и земли к середине XV в. стали очевидно слабее всё более разрастающегося княжества Московского. При Иване III начинается поток сочинений, убеждающих в том, что Московское государство – единственный законный наследник Рима и Константинополя, Третий Рим, как наименует его чуть позднее Елеазаровский старец Филофей. Авторы сочинений не останавливаются порой в своих доводах перед прямыми подлогами и обманами. В этих сочинениях видно желание, с одной стороны, оправдать самовольную автокефалию московских митрополитов, а с другой – доказать законность единодержавия Московских Великих князей. «Внимай Господа, ради, яко вся христианская царства снидошася в твое царство, посем чаем царства, ему же несть конца». «Един Православный великий русский царь во всей поднебесной, яко же Ной в ковчезе, спасенный от потопа, правя и окормляя Христову Церковь и утверждая православную веру», – пишет старец Филофей Великому князю. Подобные послания и сказания, утверждающие величие и богоизбранность русского народа и московского князя, охотно переписывались и читались и монахами и мирянами.
При Иване III на Руси вводится та государственная идеология, которая в своем существе сохранялась всю последующую её историю. Русь объявляется осажденной крепостью истинной веры, а русский правитель – единственным хранителем святыни православия. Измена князю Московскому начинает рассматриваться как национальное предательство и святотатство (чего никогда ранее не было) и потому жестоко караться. Новая идеология льстила властолюбию правителя и давала ему в руки мощный рычаг управления обществом, если народ верил идеологическим принципам. Но жизнь самого народа новая идеология никак не улучшала. Напротив, за приятные самообольщения национальной уникальностью, величием, святостью надо было расплачиваться вполне реальными вещами – утратой гражданской свободы, бессилием перед произволом деспота, бесконечными войнами, всё повышающимися податями, культурной самоизоляцией и отставанием в развитии.
В 1472 г. претензия Ивана III на царственное преемство от Константинополя подтверждается династическим браком. При содействии пап Павла II и Сикста IV второй женой Ивана III становится племянница последнего Византийского императора Константина XI – Софья Палеолог. Византийские принцессы нередко бывали женами русских князей, но раньше такие браки не имели идеологических последствий. Теперь же Иван III помещает на государственной печати Московского княжества герб византийских императоров – двуглавого орла и начинает именовать себя Царем, как русские называли до того только императора да ордынского хана. Московская знать замечает, что Великий князь стал держать себя величественно, не как раньше, и все более отдаляется от других князей и бояр.
С самого своего вокняжения Иван III начинает присоединение других русских княжеств к своему, переводя их владетельных правителей в положение московских «служебных» князей. Первым было в 1463 г. присоединено княжество Ярославское. Узнав, что Новгород, боясь потерять свою независимость, ведет переговоры с Литвой о переходе под верховную власть её князя, Иван III предпринимает в 1471 г. первый, а в 1478 г. второй поход на Новгород, «как на поганых басурман», разбивает новгородские войска на реке Шелони и, в конце концов, не просто подчиняет Новгородскую землю своей власти, но полностью искореняет всякую ее независимость и самобытность. Он снимает в Новгороде вечевой колокол, казнит 150 лучших новгородских бояр, смещает новгородского архиепископа Феофила, переселяет 18 тысяч новгородских семей, в том числе всё купечество, в московские города и заселяет Новгород московскими людьми. Литва не оказала, да и не могла оказать в тогдашних обстоятельствах Новгороду существенной помощи. Но напуганная новгородским разорением, она еще ближе примыкает к Польше.