Никогда раньше русские князья не совершали таких планомерных жестоких действий в отношении населения других русских городов, никогда не распоряжались гражданами, как скотом, переселяя их тысячами против собственной воли за сотни верст. Массовые казни, тем более по политическим мотивам, были совершенной новостью на Руси. Русское общество было потрясено. Московский князь, объявив себя верховным защитником православного русского народа, вел себя с ним как ордынский хан со своими подданными. Жестокие репрессии Ивана III против новгородцев практически уничтожили это русское сообщество, единственное сохранившееся в целости от домонгольского времени. Новгород стал обычным московским городом. Его простолюдины, сочувствовавшие Москве и не любившие своего боярства, ничего не приобрели от включения Новгорода в Московское государство, но потеряли и вольность и достаток. Через сто лет Иван IV Грозный довершил уничтожение новгородского общества в страшном опричном погроме 1570 года, когда погибли потомки тех, кто пережил 1478 г.
Пример Новгорода заставил тверское боярство не испытывать судьбу, но во главе с архиепископом Вассианом пойти на поклон в Москву. Последний Тверской Великий князь Михаил Борисович убежал в Литву, а Тверь без единого выстрела была включена в Московское государство в 1485 г. В 1489 г. Москва покоряет вольную Вятскую землю.
В 1480 г. ордынский царь Ахмад пытается привести Московского князя к повиновению и отправляется с войском на Москву. Князь Иван встречает его на границе своих владений – на реке Угре. Он отказывается впредь считать себя ордынским вассалом. Ахмад так и не решился вступить в битву с московскими полками. Впрочем, и москвичи не решились перейти реку. Поздней осенью Ахмад увел свои войска назад в Орду, получив известия о беспорядках. В 1502 г. Золотая Орда прекратила своё существование.
Желая заручиться поддержкой сильного христианского правителя и направить его силы против сарацин, император Священной Римской империи Фридрих III в 1489 г. предложил Ивану III королевскую корону, не требуя ни отречения от православия, ни вассальной присяги. Мотивы отказа Ивана поразили императора. «По милости Бога мы и наши предки владели нашей землей с исконных времен, поставление имеем мы от Бога и не нуждаемся в поставлении ни от кого больше». Иван III мыслит себя уже не князем защитником народа, но властителем земли и народа по Божьему произволению.
Претендуя на роль нового всеправославного Царя, Иван III превращает свою столицу в богатый и представительный город. У Царя есть средства – ограблена вся новгородская и тверская казна, хорошо, на татарский манер, поставлена служба по взиманию податей с населения. Но у князя нет специалистов. 20 мая 1474 г. рухнул уже почти завершенный Успенский собор самодельной московской работы, возводившийся на месте обветшавшего храма, заложенного в 1326 г. Иван III посылает в Венецианскую республику сыскать потребного архитектора, и на Москву едет Аристотель Фьораванти. Собор разбирается до фундаментов, и его возводят заново, причем даже простыми каменщиками были вызваны знающие «немецкую работу» псковичи. Итальянцы и немцы строят князю крепости и соборы, служат в войсках как специалисты по артиллерии и саперному делу, работают врачами и переводчиками. Самоизоляция Руси приводит к культурному упадку – русские уже не могут заменить иноземных специалистов, не могут угнаться за быстро развивающейся ренессансной Европой.
С 1470 г. необычайно легко, сначала в Новгороде, а вскоре и на Москве распространяется ересь жидовствующих. Строго говоря, учение это и ересью назвать затруднительно. Здесь не столько инакомыслие в системе христианской веры, сколько полное ее отвержение: неприятие Нового Завета, непризнание Иисуса Мессией, убеждение, что единственно авторитетен Ветхий Завет. Иудаизм, смешанный с астрологией и обрывками проникших с Запада натурфилософских учений, без труда одержал победу в умах многих образованных русских людей – священников, игуменов, высших чиновников, великокняжеского окружения. Сам Иван III каялся незадолго до смерти: «и яз деи ведал их, ересь их». Митрополиты Московские – Геронтий и Зосима не проявляли ревности в борьбе с духовной заразой. Лишь стараниями новгородского епископа Геннадия и Иосифа Волоцкого при Василии III ересь жидовствующих была искоренена.