И в военном и в политическом отношении решение это было глубоко ошибочным. Европейские войска в XVI в. уже значительно опережали по оснащенности, вооружению и дисциплине московские, которые, как и вся Московия, существенно отстали за предшествующее столетие-полтора. Для ханских войск Казани Москва была передовой страной, для европейских армий московское войско было отсталым азиатским. В политическом же плане нападение Ивана IV на Ливонию тут же привело к формированию коалиции Польши и Швеции, как защитников единоверной им страны (часть Ливонии к тому времени перешла в протестантизм, часть оставалась католической). Великое княжество Литовское, оказавшись под угрозой завоевания Москвой, отказалось от остатков былой независимости и полностью объединилось с Польшей, уравняв одновременно права своих православных дворян с католической шляхтой (Люблинская уния 1569 г.). Земли Киевского княжества, Подолья и Волыни при этом из Литвы были переданы в Польшу.
Западная Русь как государство перестала существовать. Это очень способствовало ополячиванию русского народа, особенно его ведущего слоя. И хотя большая часть жителей Западной Руси оставалась православной по вере и русской по языку, жители Московского царства видели теперь в своих западных соседях не братьев, но врагов и веры и национальности, а русских из Малой Руси, продолжавших служить «ляшскому королю латынскому», к тому же и предателями. Ливонская война завершила откол Западной Руси от Восточной.
Но другим, не менее страшным последствием Ливонской войны, скоро принявшей тяжелый, затяжной и неудачный для Москвы ход, стала опричнина. В совете Адашева и Сильвестра выступить вместе с Литвой против крымского хана, в их реформах русской жизни по литовскому образцу болезненно подозрительный Царь Иван увидел желание знати заменить московское самодержавие выборной монархией литовско-польского типа. Военные неудачи в Ливонии заставляли его подозревать измену. Эти подозрения стали уверенностью, когда в Литву бежал один из самых талантливых воевод Царя – князь Андрей Курбский. В своих посланиях московскому самодержцу князь обвиняет Царя во властном произволе и настаивает на восстановлении в Московском царстве Боярской думы и Соборного народного правления. Отвечая князю, Иван IV объявляет себя сторонником полного, ничем не ограниченного самодержавия. Всех своих граждан он именует уже не смердами, как Василий III, а просто холопами и рабами, в жизни и смерти которых Царь имеет полную власть. Над собой он не признает и церковного авторитета. Это он, Царь, определяет, что православно и что неправославно в его царстве: «Тщуся со усердием люди на истину и на свет наставити, да познают единого истинного Бога, в Троице славимаго, и от Бога данного им Государя». Дело духовенства – осуществлять его повеления. Такого полного абсолютизма Москва еще никогда не знала.
5. Сползание в смуту. 1564—1612
От теории Царь Иван в декабре 1564 г. переходит к практике. Он разделяет Московское царство на земщину, управлявшуюся по-старому, и опричнину, где вводится абсолютное правление. В опричнине ликвидируются боярские вотчины и эти земли передаются новому опричному дворянству, набранному из всех слоев населения от княжат до холопов и от татар до немцев. В стране начинается террор. Уничтожаются целые боярские семьи, с женщинами, детьми, челядью и даже скотом. Разоряются дотла русские города, монастыри, храмы. Опричники буквально до нитки грабят русских граждан и обогащаются в одночасье. В нарушение всех законов войны тысячами убивают военнопленных. Страшные казни и пытки, о которых Русь раньше только слышала из Орды, теперь творятся повсеместно. Достаточно доноса об измене, и оклеветанный погибает со всей родней и домочадцами, а клеветнику переходит его имущество. Из опричнины Иван IV изничтожает земскую часть Московского царства и одновременно разоряет грабежами и деморализует убийствами опричную половину страны. Умело стравливая общественные группы: простонародье на бояр, москвичей – на новгородцев, всех распаляя ненавистью к инородцам и иноверцам; возбуждая в людях самые низменные инстинкты и одновременно нравственно опустошая их бесконечными казнями и пытками, отрывая огромное число людей от родных земель и очагов и перебрасывая их в новые, часто неосвоенные районы страны – царь и его клевреты добиваются полного повиновения. За сто лет только что сложившееся московское самодержавие вырождается в страшную тиранию полубезумного маньяка самовластья. И, что самое страшное, этому кровавому тиранству не находится отпора. Иван III и Василий III подавили, ради утверждения своей неограниченной власти, все источники гражданской независимости и самостояния в Восточной Руси и теперь, когда надо объединяться для сопротивления бесчинствам опричнины, народ пребывает в «безумном молчании».