Русское общество, однако, было совершенно разрушено в предшествовавшие десятилетия: крестьяне разбежались, дворяне, не получая оброков, бедствовали, духовенство культурно деградировало, боярство, пережившее лихолетье, вновь тягалось друг с другом за власть и богатство. Но, главное, нравственные принципы, цена человеческой жизни, уважение к личному достоинству упали в восточнорусском обществе крайне низко. Каждый привык выживать сам, за счет другого, не сообразуя свою жизнь ни с христианскими нравственными нормами, совершенно опороченными в царствование Ивана IV, ни с традиционной моралью, примеров следования которой низшие не видели у высших. Простонародье подражало имморализму знати. Только мощный религиозный подъем, подобный движению, начатому на Руси XIV в. преп. Сергием Радонежским, мог вывести народ из состояния нравственной деградации. Но такого подъёма не было.
Возможно, новый духовный импульс больному великорусскому обществу дало бы перенесение в Москву центра вселенского православия. В 1588 г. патриарх Константинопольский Иеремия II, посетив и Западную и Восточную Русь, неожиданно предложил перемещение своей кафедры с Босфора в Москву. Константинопольская церковь в то время крайне страдала от мусульманских гонений, и греки стремительно теряли высокую религиозную культуру, которой отличались они в прошлые века. Перемещение на Русь центра всемирного православия могло бы помочь собиранию оставшихся культурных греческих сил, воссозданию школы и религиозной жизни. Многие греческие беженцы в Европе, страдая от католического засилья, готовы были бы в таком случае переехать в далекую, но православную Московию. Перенос вселенского патриаршества на Русь восстановил бы также и связь Руси Западной, подчиняющейся патриарху, с Русью Восточной, находившейся с 1448 г. в церковном самовозглавлении. В 1561 г. Константинополь признал автокефалию Московской Церкви, но так она была бы преодолена во Вселенском патриаршестве.
Однако предложение патриарха Иеремии было вежливо отклонено и митрополитом Московским Иовом и Борисом Годуновым. Греческий патриарх, иноязычные архиереи и ученые монахи его свиты, всё это чужеземное православие, сомнительного с точки зрения русского благочестия свойства, казалось тогда на Руси совсем не к месту. Народ уже был научен за 150 лет видеть в греках чужаков, почти еретиков, Московским митрополитам вполне импонировала независимость от заморского патриарха, а царь, легко понукавший своим доморощенным предстоятелем Церкви, боялся и стеснялся поступать так с главой вселенского православия, иностранцем, имеющим связи по всему тогдашнему культурному миру. Иеремию попросили благословить Руси национального патриарха, коим и стал в 1589 г. святитель Иов, и уезжать с миром. Синтеза греческой православной культуры с Восточной Русью вновь не получилось. Духовного подъема деморализованного русского народа, нравственного и культурного его возрождения, которое могли принести с собой греки, не произошло. Греческой Церкви пришлось и дальше страдать в турецкой неволе, а Руси – коснеть в доморощенном невежестве.
В это спокойное время русские люди зализывали раны и наслаждались покоем – не более. Мало кто думал о возрождении отечества. Иностранцы, посещавшие в то время Московию, например Джильс Флетчер, предрекали скорый крах русского общества, не связанного более узами взаимной нравственной ответственности и религиозного долга.
Борис Годунов попытался внешне сплотить распадающееся общество. Он отменил право на переход крестьян от помещика к помещику, обратил свободных слуг, проработавших у хозяина более полугода, в кабальных холопов. Но законы эти плохо соблюдались и вызывали понятное недовольство в простом народе. Из посланных за границу на учебу юношей не вернулся ни один. По стране ходили упорные слухи, что Годунов из неуемного честолюбия, желая расчистить себе путь к престолу, убил царевича Дмитрия Ивановича. После смерти бездетного Федора в январе 1598 г. Борис Годунов действительно согласился на уговоры Собора и взошел на Московский престол, став первым человеком не из Рюриковичей, правившим в Восточной Руси за шестьсот лет.
Царствование его оказалось на редкость несчастливым. С 1601 г. земля в течение трех лет не давала урожая. Начался страшный голод, людоедство, мор. Русское общество, в котором полностью была разрушена гражданская солидарность, не смогло сплоченно противостоять этим бедам. Бояре, чтобы не кормить холопов, прогоняли их со дворов, крестьяне перестали платить подати и оброки царю и дворянам, воины становились грабителями. Размножились разбойные шайки. «Около Москвы начаша ся бытии разбоеве велицыи и человекоубийство на путях и по местам», – писал очевидец.