При Царе Михаиле и его сыне Царе Алексее быстро осваиваются громадные пространства Сибири. Начало покорению Сибири положил поход 1581–1582 гг. небольшого отряда донских казаков под началом Ермака Тимофеевича (погибшего в Сибири в 1584 г.). Тогда, в последние годы царствования Ивана IV, казаки разгромили Сибирское ханство, расположенное по Оби и Иртышу, и принудили местные тюркские и финские племена платить дани не сибирскому хану Кучуму, а Московскому Царю. В 1604 г. казаки закладывают городок на Томи – будущий Томск, в 1632 г. – Якутск. В 1648 г. казак Семён Дежнёв достиг пролива, отделяющего Азию от Америки, который позже получил имя Беринга. В это же время русские проникли в долину Амура и в 1640—1650-х гг. заняли большую часть левобережья этой великой реки. К середине XVII в. русское население Сибири достигало 150 тысяч человек, что вполне соизмеримо с численностью белого населения будущих США в эти годы. При двух первых Романовых Сибирь от Уральских гор до Тихого океана и от полярных льдов до долины Амура становится частью Московского государства.
Политическое и нравственное возрождение Восточной Руси было столь очевидно, что народ Руси Западной впервые за двести лет пожелал быть вместе с ней. Конечно, сказалось и насильственное ополячивание западнорусских дворян, и закрепощение поляками крестьян Малой Руси, но вожди западнорусского восстания 1648 г. стремились к союзу с Московским Царством не только потому, что Польша становилась всё более враждебной русскому и православному строю жизни, но и потому, что Московская Русь более не вызывала опасений. Да, за прошедшие двести лет москвичи очень отстали культурно, очень ожесточились в своей вражде ко всему иноземному, но Цари новой династии Романовых правили не против народа, а вместе с народом, опираясь на всесословный Земский Собор. Всеобщее тягло было более общегражданским учреждением, чем полная личная зависимость крестьян от панов в Польше. Некоторых просвещенных малороссов настораживал воинствующий антикатолицизм первых Романовых. При всей вражде к полякам и католикам русские Западной части Руси привыкли жить с ними бок о бок и видеть в них христиан, пусть и другого закона. Но в горячке национального восстания жители Малой России не усматривали в такой религиозной нетерпимости московского правительства большой беды.
18 января 1654 г. в городе Переславле малорусские казаки единогласно проголосовали за признание над собой суверенитета Московского Царя, правда, не абсолютного. В договоре с Москвой Богдан Хмельницкий добился подтверждения всех тех вольностей и прав, которыми казаки Запорожской Сечи пользовались в Польском государстве. Царь Алексей Михайлович согласился принять в свое подданство жителей Малой Руси и стал титуловаться Царём Великой, Малой и Белой России. Это согласие стоило России возобновления войны с Польшей, опять трудной и долгой, но, в конечном счете, успешной. Всё левобережье Днепра и Киев вошли в Московское государство. После трехсот лет разделения Восточная и Западная Россия вновь соединялись в одно православное, соборно управляемое царство.
Но за три века пребывания в Литовско-Польском государстве западно-русский народ сильно изменился в сравнении с народом восточнорусским. Другим стал говор русского языка, иными – бытовые привычки, гражданское самосознание, тип образованности. Если на восточную часть русского народа неизгладимую печать наложило длившееся четверть тысячелетия пребывание в ордынской неволе, то на западную его половину еще большее влияние оказало трехсотлетнее существование в католической, открытой на Запад Европы, Литве и Польше. Очень большое значение имело и то, что Западная Русь всегда оставалась частью всемирной Православной Церкви, а Русь Восточная с 1448 г. замкнулась в церковной самоизоляции. Царь Алексей Михайлович решил исправить этот недостаток. Формально Русская патриаршая Церковь уже давно была признана всеми Православными Церквями как равночестная сестра. Но фактически строй православного богослужения в Москве и Киеве стал сильно отличаться за века разрыва. Сознавая ошибочность самочинной автокефалии и желая действительно стать всеправославным царем, Алексей Михайлович и его «собинный друг» Патриарх Никон приняли решение выправить богослужебные книги Великой Руси по греческим образцам. В 1666 г. был созван Освященный (т. е. церковный) собор, который однозначно осудил и русское старое благочестие, и его главный памятник – решения Стоглавого собора 1551 г.:
«А собор, иже бысть при благочестивом Великом Государе Царе и Великом князе Иоанне Васильевиче, Всея России Самодержце, от Макария, митрополита Московского, и что писаша о знамении честнаго креста, сиречь о сложении двою перстов и о сугубой аллилуйе и о прочем еже писано нерассудно простотою и невежеством, в книзе Стоглаве; и клятву, юже без рассуждения и неправедно положиша, – мы, православные патриарси… и весь священный собор тую неправедную и безрассудную клятву Макариеву и того собора разрешаем и разрушаем, и той собор не в собор и клятву не в клятву, но ни во что вменяем, яко же и не бысть. Зане той Макарий митрополит и иже с ним мудрствоваша невежеством своим, безрассудно, якоже восхотеша сами собою, несогласяся с греческими и с древними хартейными словенскими книгами, ниже со вселенскими святейшими патриархи о том советоваша и ниже совопросишася с ними».