В то же время литовские князья не желали видеть возглавителем своего православного народа митрополита, поставленного в Москве, и в результате единая русская митрополия разделилась надвое в 1458 г. Константинополь продолжал ставить митрополитов Киевских и всея Руси, а митрополитов Московских ставил собор восточнорусских епископов, поклявшихся в декабре 1459 г. по настоянию митрополита Ионы «быть неотступными от святой Церкви Московской». Именно тогда, при Василии II, Восточная Русь стала замыкаться в отгороженную от всего мира Московию, а ее духовная культура, столь ярко расцветшая в XIV – начале XV в., – деградировать в самоизоляции.
Княжение Василия II оказалось трагическим и неудачным. Почти четверть века продолжалась династическая война великого князя с его дядей Юрием Дмитриевичем и его сыновьями – Василием и Дмитрием. Народ очень страдал от этой княжеской междоусобицы – соперники разоряли города и села один другого и, занятые своей распрей, плохо защищали Русь от татарских набегов. Многие земли Северо-Восточной Руси были выжжены и разорены самими же русскими людьми, другие – татарами. Летописцев поражали жестокости князей друг к другу. Василий II ослепил своего двоюродного брата Василия Юрьевича, когда тот попал к нему в руки. В отместку, захватив великого князя «у Троицы», Дмитрий «вынул ему очи». Василий II стал прозываться «Темным».
Такого на Руси давно не было, но православные князья постепенно перенимали в отношениях между собой и со своими гражданами жестокие обычаи Орды и умирающей Византии. В 1445 г. Василия II взяли в плен татары и освободили за гигантский выкуп – 200 тысяч рублей, собранных со всех его подданных. Чтобы обеспечить сбор выкупа, Василий привел с собой на Русь татарские отряды и, по мнению современников, сам стал больше ордынцем, чем русским. Возмущение им было повсеместным. Авторитет княжеской власти упал в Московии очень низко.
При Василии II процветает ересь стригольников, хотя до XV в. еретические движения на Руси были малоизвестны. Еретики были возмущены церковной коррупцией (симонией), распространившейся в восточнорусских епархиях особенно после провозглашения автокефалии, и не желали иметь с епископами и священниками-мздоимцами общения в таинствах, а потому вообще переставали ходить в храмы. Разумные монахи и миряне, отвергая ересь, тоже были недовольны порядками в Церкви. Они ясно видели, как в умах многих русских людей православие начинает из богообщения превращаться в обрядоверие, имеющее с христианством не много общего, и старались продолжать традицию преп. Сергия на возрождение в первую очередь духовной жизни, а не внешнего благочиния. Монахи, чтобы чувствовать себя свободней и не соблазнять мирян богатствами, отказывались от излишних имуществ, от опеки со стороны княжеской власти, бескорыстно учили мирян «умному деланью», рекомендовали читать Священное Писание и творения отцов Церкви, продолжали переводить с греческого духовные книги.
Духовным центром Руси в середине XV века становится Кирилло-Белозерский монастырь и расположенные вокруг монастырьки и скиты, в которых жили подвижники, получившие название «заволжских старцев». Наиболее известным из них был знаменитый ученый монах Нил (Майков) (1433–1508), игумен скитов на речке Соре, многие годы проведший в Греции на горе Афон. В заволжские скиты со всех концов Руси и даже из Греции и Балкан шли люди в поисках чистой христианской веры, многие состояли с ними в переписке. Здесь, в Ферапонтовом монастыре, великий русский иконописец Дионисий в 1500 г. великолепно расписал Рождественский собор. «Заволжские старцы», подобно Пафнутию Боровскому, осуждали самовольную автокефалию Русской Церкви, указывали на её духовную опасность и призывали восстановить общение со вселенским православием. Их слышали в народе, на Афоне, в Константинополе, но не всегда – при княжеском дворе.
Иван III (1462–1505) успешно смог осуществить то, что не удавалось его отцу Василию II Тёмному. Орда все более слабела из-за внутренних распрей. С ней теперь соперничали независимые татарские ханства – Казанское и Крымское, которые фактически стали вассалами Москвы, в то время как ханы Золотой Орды находились в антимосковской коалиции с Литвой. Хотя большинство населения и значительная часть князей Литвы оставались православными, Великое княжество все более приобретало, сближаясь с Польшей, вид католического государства. Ведущие государственные посты теперь могли занимать только католики. Православные этим были недовольны, и несколько русских княжеств Чернигово-Северской земли перешли от Литвы к Москве.
В Литве в XV в. окончательно устанавливается сеймовая система – все существенные вопросы великие князья решают в согласии с князьями, боярами, дворянами (шляхтой) и городами. Сеймы действуют и в отдельных княжествах и землях Литвы, в том числе и в западнорусских. С 1413 г. Великий князь Литовский является не наследственным государем, но избираемым на Сейме. С конца XIV века Литва вводит Магдебургское городское право, по которому города приобретают независимость от местных князей и самоуправление. Киев, Минск, Луцк, Кременец, Владимир-Волынский, Полоцк, Брест, Новогрудок становятся самоуправляющимися. Литва в XV столетии превращается в государство аристократическое. Крестьянство к 1447 г. оказывается в суровой крепостной зависимости от князей и шляхты, городские вече заменяются советом старшин купеческих гильдий и цехов. Литовско-русская знать, равно католическая и православная, строит удобное государство не для народа, а для себя, и в этом тоже мало гражданской солидарности.
В Северо-Восточной Руси простой народ в это время пользовался гражданскими правами значительно шире, чем в Литве. Крепостного права здесь не было, вече еще собиралось, хотя повсюду, кроме Новгорода и Пскова, не регулярно, большей частью в чрезвычайных обстоятельствах. Русское боярство предпочитало литовский уклад московскому. Простой же народ видел в Московском Великом князе защитника от боярского произвола и гаранта своих прав и свобод и поэтому доверял ему – устав от бесконечной княжеской распри, татарских набегов и ордынских поборов, он решительно склонялся к единению с Москвой. Князья и бояре, даже и московские, были намного осторожней. Они видели, что Иван III «собирает Русь» вовсе не на литовский манер, как федерацию княжеств и земель, а на манер ордынский – как централизованное монархическое государство, и опасались деспотического произвола «православного хана».
Сам же московский князь, имея честолюбивые планы утвердить свое самодержавие, совсем не желая походить на литовского Великого князя, подконтрольного Сейму, готовил народ Восточной Руси к принятию новых для русских людей принципов, предлагая льстящую национальному самолюбию сумму идей.
При Иване III Литва начинает рассматриваться московской властью не как другое русское государство, но как иноверная страна, захватившая часть «отчин» потомка Рюрика – московского Великого князя – и держащая их «неправдою». С Литвой, несмотря на то, что ее Великий князь Александр женат на дочери Ивана III Елене, идет почти всё время вялотекущая война, в которой Москва постепенно осиливает Литву. Те русские земли, которые заключают союз с литовским князем, теперь объявляются «изменными», желающими податься в латинство и «под ляхов» (поляков). Это – неправда, но Москва использует её для упрочения и расширения власти над своим народом, особенно над боярством, которое продолжает считать Великого князя Московского только одним из тех государей, которым оно может служить: плохо на Москве – можно перейти в Литву или в Новгород, или в Тверь.