Если в Москве единодержавие Великого князя укрепилось к началу XVI столетия, то в Западной Руси реальная власть перешла к знати и дворянству (шляхте), осуществлявшей свою волю на сеймах. Постановлениями «привелеев» 1492 и 1506 гг. и Литовского статута 1527 г. Великий князь превращался в пожизненного президента с весьма ограниченными сеймом правами. Полноту прав над крестьянами своих поместий получило шляхетство. Реформа 1557 г. окончательно лишила большую часть крестьян Великого княжества Литовского, как русских, так и литовцев, прав на владение землей. Земля теперь вся принадлежала господам – панам, а крестьяне могли ею только пользоваться, уплачивая владельцам «дань» и неся в их пользу различные «тягла».
И Православная, и Католическая Церкви оставались в Литве намного более свободными от светской власти, чем в Москве. Католическая Церковь в Литве подчинялась папе в Риме, Православная – патриарху в Константинополе, но и Рим, и Константинополь были вне досягаемости князя и сейма. В отличие от духовенства и мирян Московской Руси, православные люди Литвы сохраняли живую и полнокровную связь с центрами духовной культуры Греции и Востока, были намного лучше образованы и имели несравненно более широкий мировоззренческий горизонт, владели греческим языком и латынью. Многие русские люди из Западной Руси, притворившись униатами, получали полное университетское образование в лучших учебных заведениях Западной Европы, а возвращаясь на родину, открывали православные школы по современным западным образцам. Пользуясь условиями Магдебургского права, православные жители западнорусских городов создавали мирянские братства для поддержания храмов, монастырей, школ и противодействия унии и католической пропаганде. На Западной Руси складывался особый тип русско-православного общества, в котором местному самоуправлению, частной инициативе и европейской культуре находилось существенно больше места, чем в обществе Восточной Руси, отсеченном от всего мира никем не признанной автокефалией и претензией московских князей на полноту наследия Рюрика.
Две части Руси к середине XVI в. отличались уже очень значительно: Московская Русь, которую с XIV в. в византийских документах именуют «великой» (т. к. «великой» по греческим представлениям является колониальная периферия «малой» метрополии), превратилась в самодержавное царство со всецело подчиненной царю местной Церковью, и народом, как знатным, так и простым, полностью превращенным в царских слуг и тяглецов, с очень ограниченной свободой гражданской и вовсе без свободы политической. Культурно Московская Русь всё больше уподоблялась Орде, в вассально-даннических отношениях с которой она оставалась четверть тысячелетия. Идеология Третьего Рима делала московитов совершенно нетерпимыми ко всему иноземному, ко всему, что было неправославным по вере и немосковским по подданству.
Литовская Русь («малая») стала фактически аристократической республикой, в которой православные и католики научились сосуществовать сравнительно мирно, где Церковь была отделена от светской власти, а аристократия, купечество и шляхта обладали полнотой гражданских и политических прав. Но права эти вовсе почти не распространялись на простой народ. Малая Русь страдала от глубокого социального раскола. Причем, если более половины знати, купцов и шляхты были католиками и униатами, то крепостное крестьянство и городские бесправные низы Литовского княжества на четыре пятых оставались русскими и православными. Разделение социальное усугублялось разделением религиозным и национальным, и это еще более подрывало стабильность Литовской Руси. Культурно Литовская Русь всё более европеизировалась, и её жители были вполне открыты новым идеям, приходившим с Запада. Однако большая пестрота населения часто приводила к польско-русским конфликтам и еврейским погромам, доходившим порой до ужасающих жестокостей.
Кроме самодержавной «великой» и аристократической «малой» Руси, в XV веке складывается и третья Русь – демократическая. Это – казачья вольница. Русские люди, не желавшие быть данниками панов или московского князя, бросали свои села и уходили за пределы Литовского и Московского государств в Дикое Поле и предгорья Кавказа. Здесь, на Нижнем Днепре, на Дону, Тереке и Яике создаются в XV–XVI столетиях казачьи самоуправляющиеся общества. Впервые летописи упоминают казаков в 1444 г., как союзников Московского князя в войне с татарами. Запорожская Сечь была чисто мужским обществом – жены и дети запорожских казаков жили в селах и городах Малой Руси и под страхом смерти не могли являться на днепровский остров Хортицу, где казачий совет решал все дела войска. Казаки Дона, определенно известные с 1549 г., а также казаки Терские и Яицкие жили семьями в своих станицах. Все дела тут решал казачий круг, на котором выбиралось руководство общин – атаман (в Запорожье – гетман) и его заместители. Казаки считали себя православными русскими людьми, но подчинялись они власти великих князей только с большими оговорками. Принимали к себе всех, кто приходил к ним и признавал казачьи законы и веру православную. Беглецов из Руси казаки назад не выдавали: «С Дона выдачи нет» – формула, известная с конца XVI в. Промышляли казаки охотой, рыбалкой, на Дону и Яике – скотоводством и земледелием, но больше всего – набегами и грабежами «неверных» – крымских татар, турок, черкесов. Свободолюбие, высокая способность к самоорганизации, авантюризм и воинская доблесть отличали казаков до того времени, пока советская власть не уничтожила это своеобразное сообщество в жестоком расказачивании 1920—1930-х гг.
После смерти Василия III при малолетнем Царе Иване создается боярский совет. Вдова Василия, западнорусская княжна Елена поддерживает аристократические принципы в организации власти и в то же время с ордынской жестокостью убивает возможных претендентов на московский трон – дядьев малолетнего Царя – Юрия и Андрея Ивановичей. При избрании Великого князя, как в Литве, убийство ближайших родственников воцаряющегося правителя – дело и ненужное и немыслимое, но в Москве, как ранее и в Орде, оно становится страшной нормой.
Незаконная связь Елены с боярином Иваном Телепневым-Оболенским, начавшаяся еще при жизни князя Василия III, вызывает всеобщее осуждение, но пугливый митрополит Даниил никак не пытается навести нравственный порядок. В 1538 г. бояре изводят ядом саму царицу Елену, и начинается разнузданный грабеж Русской земли русским боярством, группирующимся в две соперничающие клики Шуйских и Бельских. Деспотическое самодержавие Василия III замещается хаосом безвластия. Простой народ видит, как ведут себя «лучшие люди» Русской земли, и проникается к князьям и боярам ненавистью. Многие начинают подражать высокопоставленным грабителям: по Русской земле размножаются шайки разбойников и душегубов, мздоимство свирепствует в судах и гражданском управлении. «Мятежи и нестроения в те времена быша в христианской земле, государю младу сущу, а бояре на мзду уклонишася без возбрания, и много кровопролития промеж собою воздвигоша, и в неправду суд держаще… всяк своим печется, а не государским, не земским», – под 1539 г. повествует Никоновский летописец.
Взяв в свои руки власть в 16 лет (Иван IV венчался на царство 16 января 1547 г.), новый Московский Государь вскоре начинает под влиянием своих просвещенных советников – Алексея Адашева и попа Сильвестра – широкие реформы. Подавив жестокими мерами боярский грабеж народа, Иван IV привносит в государственную систему Московии как элементы литовского, так и традиционного русского порядка, чтобы создать массовую основу для своих преобразований. С одной стороны, он в 1550 г. созывает первый собор русской шляхты и на нем обсуждает целый ряд реформ, в том числе и новый судебный устав взамен малоудачного и не получившего распространения Судебника 1497 г. С другой – в 1554–1555 гг. он восстанавливает широкое местное самоуправление на уровне волостей и земель и даже отзывает своих наместников из ряда провинций, заменяя их выбранными народом «излюбленными» судьями и старостами. Вместо наместнических кормлений вводится прямой налог (оброк), уплачиваемый в государственную казну. Церковный собор 1551 г., руководимый митрополитом Макарием, обсуждает и пытается устранить множество церковных злоупотреблений, накопившихся в Русской Церкви за сто лет автокефалии. Он получает название Стоглавого собора, так как его определения были сгруппированы в ста разделах.