Меж тем Михаил Олелькович уехал в Киев, что вызвало новую смуту в городе. Марфа-посадница с сыновьями выступила на вече. Речь ее была решительной. После этого новгородские послы отправились в Литву к Казимиру с подарками и заключили договор, по которому Новгород называл Казимира своим королем и принимал его наместника. Казимир, в свою очередь, должен был защитить Новгород, «всести на конь» (как пишет летописец) в случае нападения Москвы.
Иван III дождался своего часа. Этот договор был законным основанием для войны. Теперь он мог идти воевать Новгород, придав своему походу характер общенародной борьбы под лозунгом защиты православия и исконных русских границ.
Принимая решение, Иван обставил дело так, словно оно было ему подсказано, а он только выполнил желание большинства. В марте 1471 года он созвал в Москве Совет удельных князей, епископов и бояр и объявил о походе на Новгород, поскольку новгородцы «отпали от православия в латинство».
План похода на Новгород был тщательно разработан. Наступление московских войск должно было идти широким фронтом. К Москве присоединились Тверь, Псков, шел отряд татарского царевича Даньяра, вели рати братья Ивана III и многие князья. 20 июня во главе главного войска двинулся на Торжок сам Иван III.
Новгородцы с трудом собрали два войска. Кроме обороны Новгорода, им надо было еще защищать свои богатства в Заволочье. Основное сражение произошло на реке Шелони. Новгородцы потерпели сокрушительное поражение, хотя их войско в несколько раз превосходило численностью великокняжеское. Казимир IV не удосужился «всести на конь», помощь от литовцев не пришла. Возглавляющий новгородское войско сын Марфы-посадницы Дмитрий Борецкий и его соратники были казнены.
Поражение новгородцев можно легко объяснить: они разучились воевать. Со времен Ивана Калиты этот торговый город откупался от участия в военных действиях. Война — дело профессиональное, а какое войско соберешь из купцов и ремесленников?
Мирные переговоры были подписаны в местечке Коростень. Москва получила огромную контрибуцию, а новгородцы потеряли большую часть своей вольности. Теперь Москва осуществляла в Новгороде верховную судебную власть, получала дань, судную пошлину митрополиту и пр.
В Москве Ивана III встретили колокольным звоном, молебнами и пирами. Первая часть борьбы за присоединение Новгорода закончилась. Но Иван понимал, что главная борьба еще впереди. Поводом к ее продолжению послужили жалобы новгородских «черных людей» на притеснителей-бояр. Разобраться с жалобами Иван поехал в Новгород «миром», но прихватил с собой войско, которое «на всякий случай» взяло вольный город в кольцо. Это было в 1475 году.
Новгород встретил Ивана необычайно торжественно. Московского князя приветствовали духовенство, знать, старосты улиц, бесчисленные толпы народа встретили государя на Городище. Феофил с крестами и иконами, все так и сияло серебром-золотом, ввел Ивана в Святую Софию, где тот поклонился гробам древних князей: Владимира Ярославича и Мстислава Храброго. Потом пошли пиры и подарки. Иван был ласков, милостив, но пришло время судить.
Великокняжеский двор открылся для народа. Целые улицы шли на поклон к московскому князю и молили о защите. «Не люди, хищники», — говорили о посадниках, доносили, как на улицах Славковой и Никитиной посадник отнял товара на тысячу рублей и народу порубил много, рассказывали, как обижали старосты улиц простой народ.
Иван сделал все чин чином. Вызвал обвиняемых на суд, в присутствии архиепископа и бояр выслушал их объяснения и признал, что жалобы справедливы и строгая казнь обидчиков будет возмездием. Тут же обвиняемые были закованы в железа. С жестким криком «Вы хотели предать отечество наше Литве» к ним присоединили еще нескольких знатнейших новгородцев, в том числе сына Марфы-посадницы Федора Борецкого. Удивленный и потрясенный народ молчал. Да, они хотели справедливого суда, но столь жестокая расправа над обидчиками смутила их.
Тщетно Феофил и посадники молили Ивана III смягчить кару. Но государь отвечал: «Нет, вы сами этого хотели». Однако потом умилостивился. Главные и особо Москве неугодные (их было шестеро) были отправлены в Москву в цепях, прочих отпустили на свободу с условием выплатить денежную пеню. Имущество и земли «обидчиков народа» были «списаны на государя».
И опять пошли пиры и праздники. Своим судом Иван завоевал симпатии городских низов. Государь пробыл в Новгороде девять недель и вернулся в Москву с обозами подарков. Московское войско, стоя под стенами города по монастырским подворьям, тоже себя не обидело, брало, что хотело. Жаловаться не смели.