Решительный суд Ивана III пришелся многим новгородцам по нраву. Обиженные из простого люда да и многие из знатных потянулись в Москву.
Через два года Иван предпринял второй военный поход на Новгород. Повод к войне похож на провокацию, состряпанную в Москве. К Ивану III явились новгородцы — чиновник Назарий и дьяк веча Захарий, объявили себя послами архиерея и всех новгородцев и торжественно именовали Ивана государем Новгорода. До этого Иван назывался господином Новгорода. Кто послал этих людей? Не сам ли Иван III замыслил интригу?
Воспользовавшись новым титулом, Иван послал в Новгород доверенного боярина за разъяснением: хотят ли они присягнуть Ивану как полному их господину? Согласны ли отдать московскому князю Ярославов двор — древнее место сбора вече?
Новгородцы возопили, мол, никого не посылали в Москву с подобными предложениями. В городе поднялось волнение. Стали искать мнимых послов и жестоко расправляться с подозреваемыми. Знаменитого боярина изрубили топором тут же на вече по одному подозрению. Много было шуму, криков, наконец послали в Москву грамоту, смысл которой был: господином признаем, государем нет! Чужого суда у нас не будет; дворища Ярославова не отдаем; хотим жить по договору, подписанному в Коростени. «Кто же предлагал тебе быть государем новгородским, тех сам знаешь и казни за обман. А тебе, господин, бьем челом, чтобы ты держал нас в старине по крестному целованию». Как бы не так! Иван как раз не хотел держать Новгород по старине. Новгородцы были ославлены по Москве как мятежники, готовые изменить православию и отечеству.
9 октября 1477 года, поручив Москву сыну Ивану Молодому, Иван III с огромным войском двинулся на Новгород. По мере его приближения к опальному городу в Иванов стан приезжали послы с подарками, «били челом». Прибыл и архиепископ Феофил, винился. Иван всех слушал, подарки принимал, но ни на какие уступки не шел. Иные новгородские бояре переходили на службу к Ивану, зная, что при их «московских настроениях» добра им дома не ждать.
5 декабря московское войско обступило Новгород со всех сторон, устроив ему блокаду. Иван решил взять город измором. Каждые переговоры вынуждали Новгород к новым уступкам. В городе начались болезни и голод.
В конце концов новгородцы сочинили такую грамоту: «Соглашаемся не иметь ни веча, ни посадника, молим только, чтоб государь утолил гнев свой и простил нас искренне, с условием не касаться собственности боярской, не судить нас в Москве и не звать туда на службу». Иван обещал. Новгородцы потребовали присяги и целования креста. Иван ответил: «Государь не присягает». Не присягнули и князья. Это были действительно новые отношения.
И тут последний раз взметнулась новгородская вольница, но все вылилось в беспомощный крик: «Умрем за Святую Софию!» Покричали и разошлись. Условия примирения были приняты.
Все жители Новгорода в течение двух дней целовали крест, присягая новому государю. После этого осада города была снята. Новгородское вече навсегда прекратило свое существование.
Наиболее активных из литовской партии, в том числе Марфу Борецкую с внуком (сыном Федора, которого Иван судил и уморил в Муроме), отправили в оковах в Москву. Все ее огромные богатства перешли в казну государя всея Руси. Дальнейшая судьба Марфы-посадницы точно неизвестна. По одним документам ее убили по дороге в Москву, по другим она постриглась в Новгородском монастыре.
Иван не остановился в Новгороде, только отстоял с братьями литургию в Святой Софии, а на «честной пир» позвал знатных бояр в свой стан. Подарки государю шли потоком. Летописец с завидным тщанием перечисляет, за что была продана новгородская вольность: тут тебе и иконы, обложенные жемчугами, и чары, и мисы, и ендовы — все в драгоценных камнях, упомянуто и страусовое яйцо, окованное серебром в виде кубка, далее сукна, шелка, пояса, убор, кречеты для охоты и деньги, деньги, корабельники, червонцы.
Более шести веков слыл Новгород вечевой республикой, живя под охраной грамоты Ярослава Мудрого. Новгород торговал с Европой и Азией, копил богатства, а теперь в Москву тянулось триста возов с серебром и златом. Замыкал обоз вечевой колокол. Его привезли в Москву и повесили в звоннице Успенского собора.
Жалко Новгород, жалко отобранного у него богатства. И все-таки Иван III был прав. Политика государства далеко не всегда совпадает с желаниями отдельного человека. Иван точно знал, чего хочет: объединить и усилить Русь. Если бы не он овладел Новгородом, это со временем сделала бы Литва. Слишком богат и лаком был этот, в общем-то, беззащитный город. Кричать на вече они умели, а защитить себя не могли.