И тут же в Новгород из Пскова полетели жалобы на Репню-Оболенского от посадских бояр. В самом Пскове было неспокойно, народ на вече заходился от крика, «черные люди» бунтовались против бояр.
Прослышав про смуту, Василий «наложил на свою вотчину Псков опалу»: повелел снять вечевой колокол, упразднить вече, а всю власть в городе передать двум наместникам. Заплакали в Пскове. «Как зеницы у них не выпали вместе со слезами? Как сердце не оторвалось от корня своего?» — пишет летописец. Поплакали — и будет… Помня опыт Новгорода, псковичи пошли на эти условия. Василий III торжественно въехал в Псков и прожил там месяц. Со временем из Пскова было выселено триста богатых семейств, многих из них поселили в Москве в районе Сретенки. На их место в Псков летом 1510 года прибыло триста купцов с семьями из московских городов. Василий поступил с Псковом, копируя отца в его политике с Новгородом, только, как говорится, «труба пониже, дым пожиже».
Вернемся к делам литовским. Осенью 1512 года в Москве стало известно об аресте в Вильно княгини Елены Ивановны. Были слухи, что Сигизмунд посадил ее в темницу, где она вскоре и умерла. Василий III послал в Литву «разметные грамоты» с объявлением войны.
В конце декабря 1512 года Василий с братьями, Михаилом Глинским и огромным войском пошли на Смоленск. Зимнее время было выбрано из опасения нападения крымских татар.
Шесть недель простояли русские войска у Смоленска, но взять его не удалось: не хватило осадной артиллерии. Вторая осада Смоленска состоялась летом того же года и тоже была неудачной. Днем осадные пушки разбивали городские стены, а ночью жители заделывали пробоины.
Смоленск был взят только с третьего раза, в июле 1514 года. Пушки пробили стену, много народу погибло. Чтобы спасти город от полного разрушения, к Василию III вышел сам наместник Сологуб, владыка Василий и весь народ: «Государь князь великий! Не погуби город, но возьми его с тихостью».
Василий III предложил жителям самые мягкие условия сдачи города. Он обещал управлять Смоленском «по старине», не вступаться в дела бояр и монастырей, всех желающих обещал принять в московскую службу и повелел выдать каждому из таковых по два рубля и штуке английского сукна. Всем желающим остаться на службе в Смоленске государь обещал платить жалованье, а тем, кто поедет в Москву, выдать деньги «на подъем». Сологуб отказался служить Москве, и был отпущен в Литву. Там он вскоре был казнен как изменник.
Большую роль во взятии Смоленска сыграл Михаил Глинский, то есть настолько большую, что рассчитывал сделать Смоленск своим княжеством. Летописец приводит такой диалог. «Сегодня я дарю тебе Смоленск. Чем ты меня одаришь?» — сказал Глинский Василию. На это государь ответил: «Я дарю тебе княжество в Литве». Это княжество еще надо было завоевать! Наверное, Глинский обиделся, он был слишком яркой фигурой. Человек, замысливший в свое время получить литовский трон, не мог слишком долго оставаться подручным у московского князя. Именно этим можно объяснить дальнейшее поведение Глинского, который тайно снесся с Сигизмундом. Литовский король с радостью согласился принять опального князя.
Глинский замыслил тайно бежать из русского лагеря, но слуга его донес об измене и указал дорогу, по которой поедет беглец. Ночью Михаил Глинский был схвачен. Василий III велел заковать его в железа и отвезти в Москву. При Глинском были найдены Сигизмундовы грамоты, послужившие уликой.
Дальнейшие сражения с Литвой для Руси закончились неудачей, но Смоленск остался за Московским княжеством. В память этого события в двух верстах от Москвы был построен Новодевичий монастырь. Иконостас его украшала Смоленская Божья Матерь, списанная в 1456 году с древней Одигидрии Смоленского храма, поставленного еще Владимиром Мономахом.
Во время вступления на престол Василий III был женат. По совету окружения матери Софьи Палеолог, уже покойной, он решил взять в жены русскую. Этим Василий III подчеркивал, что в центре его внимания будут внутриполитические дела.