Юрия Глинского нашли в Успенском соборе, там и убили. Затем разграбили палаты Глинских, погубили людей без счету. Бросились в Воробьево, чтобы потребовать Анну Глинскую и второго сына ее, Михаила.
Вид разъяренной толпы привел молодого царя в ужас. Бояре с трудом уговорили толпу разойтись — Глинских не было в Воробьеве. Когда стихли страсти, был учинен розыск, виновников бунта казнили, но память о том, как «черные люди» грозили царю кулаком, осталась у Ивана на всю жизнь.
В эту-то пору и появился рядом с Иваном IV его будущий советник и духовник, замечательный человек, уроженец Новгорода, протопоп кремлевского Благовещенского собора Сильвестр. По свидетельству современника царя, князя Курбского, Сильвестр подошел к Ивану в тот момент, когда царь смотрел с высоты Воробьевых гор на пылающий город. Сильвестр смело обличил недостойное поведение молодого царя, сказал, что пожар сей — наказание Божье, призвал Ивана к покаянию и новой жизни.
Ивана потрясли слова Сильвестра. Глинские были отставлены от правления, казни прекратились. Позднее Сильвестр приблизил к Ивану служивого человека Алексея Адашева, рода не знатного, но достойного. Алексей Адашев служил в Приказной избе у Благовещенского собора, был умен, образован, в делах толков. Эти два человека стали главными советчиками Ивана IV. Тринадцатилетний период их влияния на царя — это время реформ, новых законов, разумной и умеренной политики.
Для осуществления новых проектов вокруг царя образовалась, как сказали бы сейчас, команда, которую современники на польский манер называли «избранной радой». В раду входили люди именитые — князья Курбский, Курляев, Воротынский, Одоевский, Горбатый-Шуйский, а также люди незнатных родов, но толковые, способные к государственной деятельности. Активно сотрудничал с радой и митрополит Макарий. Одним из идеологов новой политики стал писатель Иван Пересветов, который провозглашая, что положение людей на службе должно определяться не знатностью рода, а личными заслугами и пригодностью для работы.
В 1549 году был созван «собор примирения». Выступая перед соборными людьми, восемнадцатилетний царь заявил о необходимости перемен, обличал знатных бояр, притеснявших детей боярских и чинивших служивым людям великие обиды. «Нельзя исправить минувшего зла, — сказал Иван, — могу только спасти вас от подобных притеснений и грабительств. Забудьте, чего уже нет и не будет! Оставьте ненависть, вражду, соединимся все любовью христианскою». Собор примирения был фактически Земским собором, на который собрались «всякого чина люди». На этом же соборе избранная рада заявила о себе и о курсе своей деятельности.
Перечислим главные реформы того времени.
Усовершенствование «Судебника» Ивана III. Новый «Судебник» имел сто одну статью, которые касались самых главных экономических и судебных вопросов государства. По сравнению с «Судебником» Ивана III было сделано много нововведений. Например, были отменены торговые привилегии феодалов, и право сбора тамги (торговой пошлины) было отдано в руки царских чиновников.
Военная реформа. Было создано две формы военной службы: «по отечеству», то есть по происхождению для детей боярских и дворянских, и «по прибору» (по набору) для всех прочих. Служба «по отечеству» начиналась с пятнадцати лет, продолжалась всю жизнь и передавалась по наследству. Служба «по прибору» проходили стрельцы, вооруженные пищалями и холодным оружием — мечами и саблями. Стрелецкое войско составляло охрану царя. Вначале стрельцов было 3000 человек, а в конце века по всей Руси насчитывалось около 25 000. Это было мощное, хорошо обученное войско. Стрельцам давали для кормления общие земли — «дачи». Безземельные получали жалование, которое всегда задерживали, поэтому стрельцам разрешалось прирабатывать ремеслом и торговлей. Во время войны в общее войско вливались донские казаки. К концу XVI века русская армия насчитывала 100 000 человек.
Была организована сторожевая служба на границах государства. Введена новая система общегосударственных налогов. Денег на содержание армии нужно было много. Поэтому появились самые разнообразные налоги, например, «пищальные» — на содержание стрельцов, «полоняничные» — на выкуп пленников и т. д.