После венчания на царство Федор совершил многие акты милосердия: возвратил свободу и землю попавшим при Грозном в опалу, освободил всех военнопленных, пожаловал боярским званием близких ко двору князей (звание боярина не передавалось по наследству).
Борис Годунов через сестру Ирину оказывал сильнейшее влияние на царя, а со смертью в 1586 году Никиты Романовича Юрьева стал правителем при государе.
И по сию пору бытует мнение, что род Годуновых татарского происхождения. Легенда утверждает, что татарский предок Годунова — мурза Чет, в крещении Захарий, приехал из Орды к Ивану Калите на службу и построил Костромской Ипатьевский монастырь. По мнению современных историков, предки Годунова — природные костромичи, младшая ветвь Сабуровых,[23] находящихся в родстве с царями.
Борис Годунов родился в 1551 году, он был на шесть лет старше царя Федора. Отец Бориса был помещиком средней руки и рано умер. Малолетних сирот Бориса и Ирину взял к себе в Москву дядя Дмитрий Иванович. Дядя служил в опричнине, знался с Малютой Скуратовым и стал со временем постельничим у Грозного, то есть стал ведать всем бытом и охраной царя. Борис тоже поступил в опричную службу. Он стал стряпчим по придворной части, поэтому хорошо знал личную жизнь Грозного. Женат Годунов был на дочери Малюты Скуратова.
Во всех пакостях Грозного и своего тестя Борис участия не принимал. Он не был жестоким человеком, при этом был умен, умел ладить с людьми и приноравливаться к любой обстановке. Еще при Грозном он получил высокий чин боярина.
Федор жаловал Бориса подарками, землями и высокими чинами. Годунов стал одним из самых богатых людей в стране. При этом он был непопулярен в народе (кто он такой, чтоб его уважать?) и вызывал крайнее озлобление Мстиславских и Шуйских, считавших, что власть по праву должна принадлежать им.
Годунов боролся с раздорами умно, осторожно, иногда коварно. Князь Мстиславский был при Грозном главой земщины. Теперь Казенный приказ, ведающий царской казной, стал вотчиной Шуйских и Милославских. Руководил Казенным приказом, при поддержке последних, Петр Головин. А ведь кто при деньгах, у того и власть!
Годунов потребовал у Думы провести ревизии казны. Проверка обнаружила огромную недостачу. Боярский суд приговорил казначея Головина к смертной казни. Но Годунову не нужна была слава Ивана Грозного. Петра Головина подвергли унизительной публичной казни и сослали под Казань.
Партия Шуйских уговорила князя Ивана Мстиславского убить Годунова на пиру в его доме. Слабохарактерный Мстиславский вначале отказывался, потом согласился. О сговоре стало известно Годунову. Мстиславский был схвачен и пострижен в Кирилловом монастыре, соратники его пошли в ссылки.
Клан Шуйских нашел себе поддержку в купечестве Москвы, народ был за них. Шуйские объявили открытую войну Годунову. Во главе клана стоял Иван Петрович Шуйский, герой обороны Пскова на Ливонской войне. Борьба с Годуновым шла в двух направлениях: во-первых, мутить народ, подбивая на бунт, вторая линия поведения носила чисто политический характер.
Годунов влиял на Федора через сестру свою Ирину. Ирина была бездетна, а стране, как всегда, нужен был наследник. Почему бы не повторить то, что с таким успехом проделали с Василием III и первой женой его Соломонией Сабуровой? Развести Федора с Ириной — и весь сказ. Ирину в монастырь, а на ее место какую-нибудь из «своих» невест. За развод царской четы стоял и митрополит Дионисий. Вся подготовка велась в строжайшей тайне.
Будь царь Федор «государственным» человеком, он, может быть, и поддался бы напору бояр (дела отечества превыше всего!). Но он был просто порядочным человеком, любил жену и не мог пойти на предательство. Более того, он жизни без нее не мыслил. В свое время Грозный по политическим соображениям настаивал на разводе сына. Федор панически боялся отца, но даже побои не заставили его расстаться с Ириной Годуновой.
В 1586 году митрополит Дионисий за попытку развести царя был лишен сана и сослан в монастырь под Новгород. Тогда Шуйские пошли на мятеж, организовали в Москве беспорядки, подняли торговый люд. В результате шести купцам отрубили головы, многих посадских отправили в Сибирь, а Ивана Петровича Шуйского сослали в Кириллов монастырь. По слухам, он был там отравлен угарным газом.
Теперь Годунов стал при царе Федоре единоличным правителем. Первым крупным успехом Годунова на политическом поприще стало учреждение самостоятельной Московской патриархии. На Руси уже давно выбирали митрополитов. Но хотя Константинопольская патриархия бедствовала под турецкой властью, формально сохранялось ее каноническое верховенство над русской митрополией.