Тревожные вести, поступившие из Москвы в Преображенское, держали Нарышкиных в состоянии постоянного страха. Напряжение достигло высшей точки, когда в ночь на 8 августа 1689 г. Петру донесли, что стрельцы намереваются убить его, для чего Шакловитый собрал в Кремле несколько сот своих вооруженных сообщников. Разбуженный среди ночи Петр бежал из Преображенского в лес, а оттуда в Троице — Сергиев монастырь. Вслед за ним туда прибыли «потешные» полки. Дума пыталась потушить конфликт и сохранить двоевластие, благоприятное для боярского правления. В. В. Голицын хлопотал о примирении детей царя Алексея, но успеха не добился. Софья выехала в Троицу для свидания с братом, но ее не пустили туда. Зато патриарх, бояре, служилые иноземные офицеры, стрелецкие командиры, поспешившие на поклон к Петру, были приняты там с почетом.
Покинутая сторонниками Софья принуждена была выдать Петру Шакловитого. После пытки Шакловитый был казнен, а В. В. Голицын отправлен в ссылку. Софья получила приказ удалиться в Новодевичий монастырь под Москвой. Власть перешла из рук просвещенного правителя В. В. Голицына в руки бояр Нарышкиных.
Внешнеполитические осложнения способствовали падению Софьи и В. Голицына. Кровопролитная война из–за Украины подорвала силы Речи Посполитой и России и изменила ситуацию в Восточной Европе. С претензиями на украинские земли выступила Османская империя. В 1672 г. турки нанесли поражение полякам и захватили цветущую украинскую землю Подолию. Стремясь спасти народ от полного разорения, гетман Правобережной Украины Дорошенко перешел под покровительство турецкого султана. Его резиденцию город Чигирин тотчас заняли русские войска. В 1677–1678 гг. многочисленное турецкое войско дважды штурмовало Чигирин. Русские упорно обороняли город, прикрывавший подступы к украинской столице Киеву. В конце концов Чигирин перешел в руки османов.
Турецкая экспансия угрожала народам Восточной и Южной Европы. В 1683 г. огромная турецкая армия осадила Вену, но была разгромлена под ее стенами польским королем Яном Собесским, под знаменами которого объединились войска из Польши, Австрии, Венеции и германских княжеств. Образовалась антитурецкая Священная лига в составе Австрии, Польши и Венеции. Венецианцы выступили с инициативой привлечения России в антитурецкую лигу.
Угроза расширения экспансии Османской империи положила конец вековой вражде России и Польши. В. В. Голицын смог осуществить поворот русской внешней политики, отвечавшей интересам двух народов. В 1686 г. Россия и Речь Посполитая подписали договор о «вечном мире». Наступление войск антитурецкой лиги привело вскоре же к крупным успехам. Австрийские войска в 1687 г. изгнали турок почти со всей территории Венгрии, а в следующем году также из Белграда. В 1687 г. В. В. Голицын во главе русско–украинского войска предпринял наступление на Крым и достиг Запорожья в 100 км от Крыма. В 1688 г. В. В. Голицын выдержал битву с Крымской ордой и подступил к Перекопу. В конце концов русские не решились идти за Перекоп и отступили, неся большие потери. Крымские походы Голицына не принесли выгод России и ускорили падение правительства Софьи в Москве. Но эти походы сковали силы татар. Крымский хан не мог оказать помощь туркам, терпевшим поражение от Австрии и Венгрии.