Церковь боролась с еврейским влиянием, и митрополит Илларион даже написал в 1050 году специальное полемическое сочинение против иудейской религии - "Слово о законе Моисеевом и о благодати Иисуса Христа". Игумен Печерского монастыря Феодосии поучал христиан жить в мире с друзьями и с врагами, "но со своими врагами, а не с Божьими… Божьи суть враги: жидове, еретицы, держаще кривую веру…" Этот же самый Феодосии "имел следующее обыкновение: многократно ночью вставал и тайно от всех ходил к жидам и спорил с ними о Христе; укорял и досаждал им, называя их отступниками и беззаконниками; желал быть убитым ими за исповедание Христа". Евреи, однако, его не убили, но, очевидно, спорили с ним и защищали свою веру.
Киевский митрополит Иоанн II уже запрещал продажу евреям рабов-христиан, по-видимому, из боязни, что их обратят в иудейство: "Христианина нельзя продавать ни жидовину, ни еретику, а кто продаст жидам - беззаконник". А связь с Византией привела к тому, что на Русь стали проникать постановления соборов, направленные против иноверцев, и в уставе времен князя Ярослава в одиннадцатом веке уже есть закон об отлучении от церкви за сожительство христианина с "бусурманкой или с жидовкой".
И тем не менее положение евреев в Киеве было достаточно прочным. Князь Изяслав перевел рынок вместе с лавками из нижней части города - Подола в верхнюю его часть, где жили евреи, за что они ему уплатили большие деньги. В конце одиннадцатого века число евреев в Киеве увеличилось, несмотря на мор, голод, набеги половцев: очевидно, туда переселились евреи из Центральной Европы, спасаясь от преследований крестоносцев. Великий князь Святополк II хорошо относился к евреям, но после его смерти толпа возмутилась против его жены и приверженцев, громили не только бояр, но разгромили и еврейский квартал - в 1113 году: "Кияне же разграбиша двор Путятин тысячьского, идоша на Жиды и разграбиша". А в 1124 году был в Киеве большой пожар, и летопись отмечает, что выгорел почти весь город "и Жидове погореша".
У В. Татищева есть еще упоминание о том, что, будто бы, Владимир Мономах велел в 1126 году "из вся русския земли всех жидов выслать со всем их имением, и впредь не пущать, а есть ли тайно войдут, вольно их грабить и убивать… С сего времени жидов в Руси нет…" Но этот факт оспаривают другие историки.
Евреи Киевской Руси не были оторваны от своих соплеменников на Западе и на Востоке. Они переписывались друг с другом, из страны в страну ездили купцы-евреи, даже детей своих они посылали учиться из Киева в Европу, в лучшие иешивы того времени. Сохранилось имя рабби Ицхака из Русии, который учился в городе Вормсе, в Германии. Некий Ашер бен Синай из Русии учился в испанском городе Толедо, а рабби Моше из Киева был либо учеником в иешиве знаменитого рабби Яакова Тама, крупнейшего авторитета французского и германского еврейства, либо встречался с ним лично во время своих поездок по Европе. Этот же самый рабби Моше из Киева переписывался с главой иешивы в Багдаде. Известно еще, что некий еврей из Русии, у которого родным языком был славянский, встретился в Салониках со своим родственником. Тот с восторгом описал ему свое путешествие в Эрец-Исраэль, и под впечатлением этого рассказа еврей из Русии тоже решил отправиться туда.
Евреи жили не только в Киеве, но и в Волынской и в Галицкой землях, появлялись они и в северо-восточной Руси. При дворе великого князя Андрея Боголюбского во Владимире в конце двенадцатого века жили два еврея - Ефрем Моизич и Анбал Ясин с Кавказа, ключник великого князя: оба они были участниками заговора, который закончился убийством Андрея Боголюбского.
А потом на Киевскую Русь обрушились монголы. В 1239 году они разрушили Киев, и многие евреи погибли там вместе с другими жителями, а остальные бежали. В Подолии сохранился с 1240 года надгробный памятник некоему Шмуэлю, очевидно, главе общины, и на нем выбита такая надпись: "Гибель следует за гибелью. Велико наше горе. Этот памятник воздвигнут над могилой нашего учителя; мы остались, как стадо без пастыря; гнев Божий постиг нас…"
В середине тринадцатого века Киев был пуст и разорен, стояло в нем каких-нибудь двести домов, и великие князья снова приглашали евреев селиться в Киеве. Сохранилось свидетельство об их присутствии на Руси в летописи за 1288 год. Рассказывая о смерти князя Владимира Васильковича, правившего во Владимире Волынском, летописец отмечает: "И тако плакавшеся над ним всемножество Володимерцев, мужи и жены и дети, Немцы, и Сурожьце, и Новгородци, и Жидове…"