Затем был взят город Люблин - после долгой осады. В праздничный вечер казаки подожгли синагогу, когда в ней было много молящихся, и во время пожара в еврейском квартале убили сотни человек. Произошла эта резня в праздник Суккот, и долгие годы затем этот праздник для люблинских евреев был днем памяти и плача. В городе Быкове в Белоруссии убили триста евреев, затем "огнем и мечом" разорили Пинскую общину и весь Пинский округ. Богдан Хмельницкий снова осадил Львов и потребовал выдать ему евреев. "Евреи, - писал он магистрату, - как враги Христа и всех христиан должны быть выданы нам со всем своим имуществом, с женами и детьми". И опять магистрат города отказался выдать евреев и откупился огромной контрибуцией.
В Витебске евреи вместе с поляками обороняли город от осаждавших его русских войск: копали рвы вокруг крепости, укрепляли стены, ходили в разведку и сражались. "Во время осады, - свидетельствовали польские дворяне, - евреи постоянно отправляли стражу, каждый из них имел вооружение и свое ружье для защиты; они имели у себя собственный порох и, не жалея здоровья, защищались и отражали неприятельские штурмы… Они позволили разбирать их дома и брать из них материалы, необходимые во время осады… и вообще во всем хорошо себя вели и оказывали помощь". Когда город взял московский боярин Шереметьев, казаки ограбили всех евреев и насильно окрестили; часть из них вместе с поляками отправили в ссылку - в Псков, Новгород и Казань, и многие пленные замерзли по дороге.
Когда русское войско взяло Могилев на Днепре, местные жители попросили московского царя выселить из города всех евреев, своих давних конкурентов. На это было получено согласие Алексея Михайловича: "а жидам в Могилеве не быти и жития никакова не имети". Не успели еще выполнить это распоряжение, как к городу подошло польское войско, и Константин Поклонский - православный шляхтич на русской службе - "принудил насильно" евреев "выступить из города для уменьшения многолюдства, вредного во время осады", и обещал дать им проводников в Литву. Но когда они собрались за городом, он выехал к ним со своим войском и перебил всех - мужчин, женщин и детей. Заупокойную молитву в день их гибели читали в синагогах Могилева еще в двадцатом веке.
Война России с Польшей продолжалась до 1667 года, и по Андрусовскому договору левобережная Украина - Малороссия, часть Киевщины вместе с Киевом, а также Смоленская и Чернигово-Северская земли перешли к Москве.
Но полоса бедствий на этом не закончилась. В 1655 году шведы вторглись в Польшу и быстро овладели страной, благодаря полной анархии, которая там царила. Они захватили весь центр государства, Великую и Малую Польшу, Познань, Калиш, Варшаву и Краков. Шведы относились к евреям терпимо и не истребляли их, а еврейские общины выплачивали им чрезвычайные военные налоги, которые те могли бы взять и так, путем реквизиции. Это и поставили евреям в вину, когда в Польше поднялось народное восстание против Швеции, во главе которого встал Стефан Чарнецкий, вождь партизанских отрядов. Летом 1656 года отряды Чарнецкого отвоевывали у шведов город за городом и громили еврейские общины под предлогом того, что евреи сочувствовали или помогали шведам. Были уничтожены общины Бреста, Гнезно, Лешно, Плоцка, Ленчице и Калиша, многие синагоги разрушены, убитые насчитывались тысячами, а свирепствовавшие тогда голод и чума довершили опустошение. Улицы были завалены трупами, некому было их хоронить, и псы пожирали их. В еврейских летописях Стефана Чарнецкого называли "злодеем", "врагом" и "палачом в Великой Польше".
Этот страшный период с 1648 по 1656 год наконец-то закончился, и евреи стали подсчитывать свои жертвы. Количество их исчислялось десятками тысяч человек, и число этих жертв за такой короткий период превысило еврейские жертвы всех крестовых походов и преследований во времена "черной смерти" в Западной Европе. Около семисот общин были разгромлены. В левобережной Украине не осталось ни одного еврея, и казаки запрещали им туда возвращаться. В больших еврейских общинах сохранилось по нескольку семей, а мелкие общины совсем исчезли. Дома стояли разрушенными или пустыми, потому что прежние их обитатели либо бежали, либо были убиты или угнаны в плен татарами. Для выкупа пленных в Стамбуле был создан особый комитет, который собирал деньги в Турции и по городам Европы. Эта катастрофа произвела на европейских евреев ужасающее впечатление. "Такое бедствие не случалось с тех пор, как Израиль лишился своего государства", - писал один итальянский раввин. А Натан Гановер в своем сочинении с благодарностью вспоминал о том, как евреи выкупали из плена своих собратьев и помогали беженцам, попавшим "в Моравию, Австрию, Богемию, Германию, Италию, где их приютили, кормили, поили и одевали".