Второй диспут начался во Львове 17 июля 1759 года, и дамы из высшего польского общества продавали у входа билеты в пользу нуждающихся франкистов. Диспут проходил в кафедральном соборе города Львова в присутствии многих польских сановников. Со стороны правоверных евреев в нем участвовали сорок раввинов и - по утверждению хасидов - сам основатель хасидизма Баал Шем Тов. Франк не владел польским языком, и поэтому ораторами со стороны сектантов были "апостолы" Лейб Крыса и Шломо Шор, а помогали им католические священники, особенно некий Пикульский, автор книги под названием "Злость жидовская". Франкисты представили для обсуждения семь тезисов, среди которых были и такие: все предсказания пророков о Мессии уже исполнились; все обряды иудейства прекращены с момента прихода Мессии; веру в царя-Мессию можно усвоить только путем крещения; Талмуд учит, что христианская кровь нужна для обрядов, и тот, кто верит в Талмуд, должен употреблять эту кровь. Раввины не осмеливались оспаривать основные христианские догмы, опасаясь преследований, и очень хотели, чтобы франкисты как можно скорее оставили еврейство. С этим, по преданию, не соглашался один лишь Баал Шем Тов, который сказал: "Пока пораженный член еще связан с телом, остается хоть некоторая надежда когда-либо излечить его; когда же его отрезали, он уже пропал навсегда".
Страстную речь против обвинения в употреблении христианской крови произнес львовский раввин Хаим Коэн Раппопорт, изобличивший противников в грубом невежестве и в извращении текстов. Среди его потомков сохранилось воспоминание, что перед своим выступлением раввин облачился в белые одежды, словно собирался перейти в мир иной, и что евреи своей победой обязаны "богатой мудрости" их предка, которая вызвала даже "похвалу князей": "не иначе, говорили князья, дух Божий почиет на этом человеке". Суд признал победу франкистов по всем пунктам кроме обвинения в ритуальных убийствах, а этот вопрос передали на дополнительное рассмотрение в церковный суд. Но франкисты сумели отомстить и тут, и их стараниями был возбужден ритуальный процесс в местечке Войславицы, где казнили двух раввинов и двух кагальных старшин. Не случайно один из франкистов сказал раввину Хаиму Раппопорту: "Хаим, ты хотел пить нашу кровь (отлучением от общины), так вот тебе кровь за кровь!"
После диспута священники потребовали, чтобы франкисты немедленно крестились, иначе их всех объявят еретиками. В первой группе крестившихся во Львове были жена Франка и его дети. Сам Франк перешел из магометанства в католичество в Варшаве в присутствии королевской семьи и всего двора; его крестным отцом был сам король Август III, и при крещении он получил имя Иосиф. Всего крестилось около тысячи франкистов, и многие из них поменяли не только имена, но и фамилии. Нахман из Буска стал Петром Якубовским, Шломо Шор получил имя Лука Франциск Воловский, а Лейб Крыса - Ян Доминик Крысинский. Но польское духовенство недоверчиво относилось к новообращенным. За ними придирчиво следили, вскрывали письма Франка к жене, и вскоре стало известно, что Франк окружен неподобающим почетом, а- его последователи продолжают свои обряды по "предписаниям братства" и допускают многоженство. В 1760 году Яакова Франка арестовали, допросили и заключили без срока в крепость при монастыре города Ченстохова - за создание секты и за приписывание себе божественного происхождения. Вместе с ним заключили в крепость и приговорили к тяжелым работам многих его сторонников. В крепости Франк провел тринадцать лет, и его не казнили, возможно, только лишь потому, что его крестным отцом был сам король.
Связь между Франком и его сторонниками не прекращалась, и многие из них даже переселились в Ченстохов, чтобы быть поближе к своему духовному вождю. Жена Франка и несколько приближенных навещали его, и из крепости Франк рассылал воззвания к евреям, чтобы они переходили в католичество: "Слушайте, жесткие сердцем, далекие от спасения, идущие кривыми путями… Горе будет вам, когда проснется великий лев и вспомнит о серне…" На самом же деле Франк имел в виду не католичество, а свою религию под названием "дас", в которой не будет никаких стеснительных законов и к которой можно прийти только через христианство. Тем самым он сулил избавление от "великого презрения и унижения, в котором находятся евреи среди народов".
Когда усилилось в Польше русское влияние, трое представителей Франка отправились в Варшаву к православному архимандриту и сообщили ему, что глава их секты после долгого размышления пришел к выводу, что православная вера - самая истинная, а католики за это заключили его в крепость. По рекомендации архимандрита делегаты поехали в Москву, попали на прием к одному "высокому духовному сановнику" и сообщили, что двадцать тысяч евреев готовы перейти в православие, но для этого надо освободить Франка из тюрьмы и взять всю секту под покровительство России. Об этой миссии узнали раввины и нашли способ разъяснить русскому правительству, что сектанты уже исповедывали прежде четыре религии - иудейство, саббатианство, магометанство и католичество, готовы теперь принять пятую - православие, и что Франк на самом деле объявил себя Богом и "разрешил своим последователям прелюбодеяние". И попытка франкистов не имела успеха.