В семнадцатом веке российские правители неохотно впускали в страну иноземцев - "басурман, а наипаче жидов некрещеных". Их боялись, как возможных шпионов и как проповедников безбожных обычаев. Иноземцы не могли рассчитывать в России на многолетнюю оседлость, их терпели и нередко изгоняли. Иностранные купцы приезжали для торговли в пограничные города, но в Москву их допускали с особого дозволения, а по окончании ярмарки они обязаны были немедленно уехать: местные российские купцы видели в них еще и нежелательных конкурентов. Временами в Москву приезжали послы из других стран с огромной свитой, и вместе с послами появлялись купцы с иностранными товарами. Иностранцев обязывали жить в особых частях города или даже за городом; они должны были носить свои одежды, отличавшиеся от русских одежд, чтобы их легко можно было выделить в толпе; посещать иностранцев местному населению было категорически запрещено. Даже иностранным послам не разрешали свободно передвигаться по Москве, возле их домов ставили особых караульщиков, и выходить на улицу они могли только по уважительной причине и непременно в сопровождении приставленных к ним служителей. Еврей-купец был иностранцем на улицах Москвы и тоже не мог рассчитывать на особое гостеприимство. В 1652 году царь Алексей Михайлович издал особый указ, по которому иностранцам разрешалось проживать в Москве только в пределах слободы Кукуй при реке Яузе - в так называемой Немецкой слободе. Им запрещали оставаться на ночь в Москве, и даже была особая поговорка, при помощи которой иностранцев гоняли на закате, как кур гоняют на насест: "Фрыга, шиш на Кокуй!" - то есть фряг, фрязин, чужеземец пошел в свою слободу Кукуй.
В 1659 году в Немецкой слободе провели облаву, и среди прочего недозволенного элемента, который без разрешения жил в Москве, были схвачены и евреи. Некие Ганка и Рыся - дочери Мееровы, с детьми - заявили, что их взял в плен подполковник Михайло Вестов в городе Мстиславле и привез в Москву. Его брат Самойло Вестов привел из того же города девушку Эстерку, дочь Юдину. Был там еще некий Оска Александров с женой, который "кормился черною работою"; Марко Яковлев с женой Дворкою торговал ветошью; Якубко Израилев, старик, бобыль, второй уже год жил в Москве и пек "на торг хлебы", а Моска Марков торговал мясом. Трое из этих евреев приняли лютеранство, а остальные, пойманные на облаве, решили остаться при своей вере, и их сослали с женами и детьми в Сибирь, на вечное житье. В Москве могли тогда жить только крещеные евреи, но многие из них тайно исповедовали прежнюю свою веру.
В царствование Алексея Михайловича снова была война с Польшей, и многих евреев увели в плен вместе с поляками. Отправляли в Россию мужчин, женщин и детей; в Москве на Ивановской площади вовсю торговали пленниками, и некоторые из них стали крепостными у помещиков. После Андрусовского перемирия 1667 года бывшие пленные поляки, литовцы и евреи, оставшиеся в России, основали в Москве Мещанскую слободу. Это случилось в 1670 году: "по указу великого государя велено за Сретенскими воротами строить мещанам новую слободу". Слово "мещане" - иноземного происхождения, и в те времена оно прилагалось лишь к выходцам из Польши. Первая книга переписи Мещанской слободы упоминает про двух крещеных евреев, что жили там своими дворами: это были Матюшка Григорьев и Андрюшка Лукьянов. Третьим записан в переписи Лучка Григорьев -"еврейской породы", "бездворный подсоседник".
Евреи-выкресты жили тогда не только в Москве. Опальный патриарх Никон, жалуясь царю Алексею Михайловичу на своих врагов, писал в 1671 году среди прочего:"Да у меня же в Воскресенском монастыре были два жида крещеных, и, оставя православную веру, начали они старую жидовскую держать и молодых чернецов совращать. Я, сыскав об этом подлинно, велел жида Демьяна посмирить и сослать в Иверский монастырь, а Демьян другому жиду, Мишке, сказал: "Не пробыть и тебе без беды. Беги в Москву и скажи за собою государево слово"; тот так и сделал… А в это время молодые чернецы, бывшие в жидовской ереси, покрали у меня деньги, платье и тем жидам помогли, да им же помогал архимандрит Чудовский".
По словам иностранного врача Коллинса, который жил при царском дворе, в Москве образовалась небольшая еврейская колония. "В последнее время, - писал этот врач, - к русскому двору пробралось много жидов чрез покровительство одного лекаря жида, который. принял лютеранскую веру". Этот лекарь много раз упоминается в документах под разными именами: Данило Евлевич, Данило Ильич, Данило Жидовинов, Данило Фунгаданов, "Данило, а в крещенье Степан Фунгаданов", "дохтур Стенька Фонгадин", Стефан Фунгаданов, и наконец - "Данило фон Гаден, жид". Это был еврей из Силезии, из города Бреславля; приехав в Москву из Киева в 1657 году, он стал врачом царя Алексея Михайловича и сына его Федора. Гаден принял поочередно лютеранство, католичество и православие, но оставался, скорее всего, тайным евреем, а из Подолии к нему приезжали в Москву члены его семьи - правоверные евреи. Он был популярным врачом при московском дворе; царь одарял его всяческими милостями и даже позволил съездить к матери в Польшу, что редко разрешалось иностранцам. В семидесятых годах семнадцатого века к Гадену переселились его родные, и благодаря этому, как писали тогда, "значительно увеличилось число евреев в Москве".