Методы, которыми пользовались следователи, особенно ярко видны из заявления Шацкина, написанного им 22 октября 1936 года на имя Сталина. Шацкин был арестован по обвинению в принадлежности к объединенному троцкистско-зиновьевскому центру. В заявлении он сообщил, что ему предъявлено тягчайшее обвинение в причастности к террористическому заговору, в чем он неповинен.
«Не оспаривая законности подозрения следствия и понимая, что следствие не может верить на слово, я все же считаю, — писал Шацкин, — что следствие должно тщательно и объективно проверить имеющиеся, по словам следствия, соответствующие показания. Фактически следствие лишило меня элементарных возможностей опровержения ложных показаний. Лейтмотив следствия: «Мы вас заставим признаться в терроре, а опровергать будете на том свете».
Далее Шацкин пишет:
«Вот как допрашивали меня. Главный мой следователь Геднин составил текст моего признания в терроре на четырех страницах (причем включил в него разговоры между мной и Ломинадзе, о которых у него никаких, в том числе и ложных, данных быть не может). В случае отказа подписать это признание мне угрожали: расстрелом без суда или после пятнадцатиминутной формальной процедуры заседания военной коллегии в кабинете следователя, во время которой я должен буду ограничиваться только односложными ответами «да» и «нет», организованным избиением в уголовной камере Бутырской тюрьмы, применением пыток, ссылкой матери и сестры в Колымский край. Два раза мне не давали спать по ночам: «пока не подпишешь». Причем во время одного сплошного двенадцатичасового допроса ночью следователь командовал: «Встать, очки снять! — и, размахивая кулаками перед моим лицом: — Встать! Ручку взять! Подписать!» — и. т. д. Я отнюдь не для того привожу эти факты, чтобы протестовать против них с точки зрения абстрактного гуманизма, а хочу лишь сказать, что такие приемы после нескольких десятков допросов, большая часть которых посвящена ругательствам, человека могут довести до такого состояния, при котором могут возникнуть ложные показания. Важнее, однако, допросов: следователь требует подписания признания именем партии и в интересах партии».
К осени 1936 года фальсификация протоколов допросов стала более откровенной. Была введена система составления парадных протоколов — после ряда допросов в отсутствие арестованного составлялся протокол, печатался на машинке и в таком виде давался арестованному на подпись.
3 марта 1937 года на Пленуме ЦК ВКП(б) Ежов заявил:
...«Я должен прямо сказать, что существовала такая практика: прежде чем протокол давать на подпись обвиняемому, его вначале просматривал следователь, потом передавал начальству повыше, а важные протоколы доходили даже до наркома. Нарком вносил указания, говорил, что надо записывать так, а не эдак, а потом протокол давали подписывать обвиняемому».
Все следователи обязаны были знакомиться с массой признательных показаний о терроре и на этой основе формировать свое «правосознание». Мысль о терроре вколачивалась в сознание всех работников. Систематические внушения об опасности, якобы со всех сторон угрожающей жизни Сталина, вызвали напряженное состояние, которое нарастало с каждым днем. Ежов непосредственно осуществлял контроль за следствием по делу объединенного центра, ходил на допросы и, как говорили тогда, «завинчивал гайки».
Арестованные подвергались длительным ночным допросам. По настоятельному требованию Ежова следствие не должно было вестись в «лайковых перчатках», он заставлял «не церемониться с троцкистами».
По сути, провокационную роль при расследовании дел сыграл Вышинский. На совещаниях, проявляя крайнюю суровость по отношению к следователям, он призывал добиваться прямых показаний от арестованных о терроре. При анализе показаний требовал более острых политических выводов и обобщений, а по существу — фальсификации дел.
Бывший сотрудник НКВД Г. С. Люшков, принимавший активное участие в расследовании дела, бежав в 1938 году за границу, сделал там следующее заявление:
«Я до последнего времени совершал большие преступления перед народом, так как я активно сотрудничал со Сталиным в проведении его политики обмана и терроризма. Я действительно предатель. Но я предатель только по отношению к Сталину... Таковы непосредственные причины моего побега из СССР, но ими только дело не исчерпывается.