В сохранившемся машинописном экземпляре проекта этого письма и в его сигнальном типографском экземпляре имеются многочисленные исправления и добавления, сделанные рукой Сталина.
На второй странице проекта письма предложение «...до конца не были еще вскрьггы все факты подлой контрреволюционной белогвардейской деятельности троцкистско-зиновьевско-каменевской группы» он переделал следующим образом: «...до конца не были еще вскрыты все факты подлой контрреволюционной белогвардейской деятельности зиновьевцев, равно как не была вскрыта роль троцкистов в деле убийства тов. Кирова».
На этой же странице Сталин вписывает новое предложение: «Равным образом считается установленным, что зиновьевцы проводили свою террористическую практику в прямом блоке с Троцким и троцкистами».
На четырнадцатой странице проекта предложение «объединенный центр троцкистско-зиновьевско-каменевской контрреволюционной группы своей основной и главной задачей ставил убийство товарища Сталина» также было изменено и стало выглядеть так: «...объединенный центр троцкистско-зиновьевского контрреволюционного блока своей основной и главной задачей ставил убийство товарищей Сталина, Ворошилова, Кагановича, Кирова, Орджоникидзе, Жданова, Косиора, Постышева».
Указанное письмо предопределило дальнейший ход следствия и судебного процесса, которые велись в направлении закрепления выдвинутых в нем утверждений об организации в 1932 году и существовании до 1936 года объединенного троцкистско-зиновьевского центра и проводившейся им террористической деятельности.
Кроме того, для Вышинского и Ульриха (председателя военной коллегии Верховного суда СССР) это письмо явилось основой для составления обвинительного заключения и приговора суда. Все содержавшиеся в письме утверждения — об объединении троцкистов с зиновьевцами, убийстве Кирова и организации террористических актов против руководителей ВКП(б) и Советского правительства — были перенесены в обвинительное заключение и приговор.
Первый вариант обвинительного заключения Вышинским был составлен сразу же после появления закрытого письма. 7 августа 1936 года, еще задолго до окончания расследования по делу, Вышинский по требованию Сталина представил ему этот вариант с числом обвиняемых в двенадцать человек.
Корректируя его, Сталин зачеркнул в показаниях обвиняемых Зиновьева, Мрачковского и Бакаева оценку положения в партии и стране. В текст обвинительного заключения он внес ряд поправок и изменений. Так, в предложение «...было осуществлено 1 декабря 1934 года по прямому указанию Л. Троцкого и под непосредственным руководством объединенного центра злодейское убийство тов. С. М. Кирова» Сталин вписал: «...по прямому указанию Г. Зиновьева и Л. Троцкого...» На полях шестнадцатой страницы проекта дважды дописал фамилию Лурье.
В соответствии с указанием этот текст обвинительного заключения Вышинский переделал.
Исправлешшй текст обвинительного заключения, в котором значилось уже не двенадцать, а четырнадцать обвиняемых, 10 августа 1936 года вновь был представлен Сталину. Им текст был опять переделан, и в качестве обвиняемых в него были включены Евдокимов и Тер-Ваганян. Оба они стали проходить по делу как активные члены объединенного центра.
Кагановичу, замещавшему Сталина на время его отпуска, неоднократно представлялись на согласование составленные до окончания судебного заседания председателем военной коллегии Верховного суда Ульрихом различные варианты проектов приговора по делу.
После рассмотрения Кагановичем последнего варианта приговора в него были вновь внесены поправки. На третьей странице в число лиц, в отношении которых готовились террористические акты, Каганович внес собственную фамилию, а на седьмой странице дописал фамилию Орджоникидзе.
Вносимые Сталиным и Кагановичем произвольные изменения в тексты обвинительного заключения и приговора свидетельствуют о том, что исход дела и судьбы лиц, привлеченных к уголовной ответственности по нему, были предопределены задолго до суда.
Согласно сфабрикованным обвинениям, основой для создания так называемого объединенного центра послужили показания о получении из-за границы указаний Троцкого о терроре. Однако эти показания никакими документальными доказательствами и другими объективными данными не подтверждались. Более того, в силу их надуманности они противоречивы и неконкретны.