В период следствия по делу параллельного антисоветского троцкистского центра был принят ряд важных решений.
25 сентября 1936 года Сталин, находясь в Сочи, направил Кагановичу, Молотову и другим членам Политбюро ЦК ВКП(б) телеграмму, в которой говорилось:
«...Считаю абсолютно необходимым и срочным делом назначение тов. Ежова на пост Наркомвнудела. Ягода явным образом оказался не на высоте своей задачи в деле разоблачения троцкистско-зиновьевского блока. ОГПУ опоздало в этом деле на 4 года. Об этом говорят все партработники и большинство областных представителей Наркомвнудела.
Замом Ежова в Наркомвнуделе можно оставить Агранова». На следующий день Ежов был назначен наркомом внутренних дел СССР с оставлением его на посту секретаря ЦК и председателя КПК при ЦК ВКП(б).
29 сентября 1936 года Политбюро приняло (опросом) постановление «Об отношении к контрреволюционным троцкистско- зиновьевским элементам», которое было подписано Сталиным:
«Утвердить следующую директиву об отношении к контрреволюционным троцкистско-зиновьевским элементам:
а) До последнего времени ЦК ВКП(б) рассматривал троцкистско-зиновьевских мерзавцев как передовой политический и организационный отряд международной буржуазии. Последние факты говорят, что эти господа скатились еще больше вниз, и их приходится теперь рассматривать как разведчиков, шпионов-диверсантов и вредителей фашистской буржуазии в Европе;
б) В связи с этим необходима расправа с троцкистско-зиновьевскими мерзавцами, охватывающая не только арестованных, следствие по делу которых уже закончено, и не только подследственных вроде Муралова, Пятакова, Белобородова и других, дела которых еще не закончены, но и тех, которые были раньше высланы».
Подписанная Сталиным директива Политбюро о необходимости расправы с троцкистами свидетельствует о том, что перед органами НКВД была поставлена прямая задача: организовать громкий процесс над наиболее видными в прошлом участниками троцкистской оппозиции.
Как видно из архивных документов, Сталину в процессе следствия по данному делу направлялись многие протоколы допросов обвиняемых и лиц, их изобличавших.
Знакомясь с протоколом допроса Сокольникова от 4 октября 1936 года, Сталин на полях той части протокола, где излагался ответ Сокольникова о встречах и разговорах с английским журналистом Тальботом, сделал следующую пометку: «А все же о плане убийства лидеров ВКП сообщил? Понятно, сообщил».
На последней странице протокола, где Сокольников утверждает, что он не знал о связях Тальбота с английской разведкой, Сталин написал: «Сокольников, конечно, давал информацию Тальботу об СССР, о ЦК, о ПБ, о ГПУ, обо всем. Сокольников — следовательно — был информатором (шпионом-разведчиком) английской разведки».
Этот протокол допроса Сокольникова по поручению Сталина 22 октября 1936 года был разослан членам ЦК ВКП(б).
Проверка показала, что следствие по делу велось ускоренными темпами, необъективно, с грубейшими нарушениями законности. Аресты Пятакова, Сокольникова, Радека, Серебрякова, Лившица, Князева, Ратайчака, Пушина, Граше и Норкина были произведены без санкции прокурора.
Как сообщили в своих объяснениях в 1961 году бывшие сотрудники НКВД СССР Газов, Иорш и Воробин, имевшие прямое отношение к следствию по данному делу, руководство НКВД требовало от оперативного состава любыми средствами вскрывать вражескую деятельность троцкистов и других арестованных бывших оппозиционеров и обязывало относиться к ним как к врагам народа. Арестованных уговаривали давать нужные следствию показания, провоцировали, угрожали. Широко практиковались ночные и изнурительные по продолжительности допросы с применением «конвейерной системы» и многочасовых «стоек». Вся система допросов была рассчитана на морально-психологическое и физическое изматывание подследственных.
Об этом свидетельствовал в 1938 году и бывший заместитель наркома внутренних дел СССР Фриновский. Он, в частности, показал, что лица, проводившие следствие по делу параллельного антисоветского троцкистского центра, начинали допросы, как правило, с применения физических мер воздействия, которые продолжались до тех пор, пока подследственные не соглашались давать навязываемые им показания. Часто протоколы допросов и очных ставок составлялись только после признания арестованными своей вины.
Практиковалось оформление одним протоколом многих допросов, а также составление протоколов в отсутствие допрашиваемых. Заранее составленные следователями протоколы допросов обвиняемых «обрабатывались» работниками НКВД, после чего переиечатывались и давались арестованным на подпись. Объяснения обвиняемых не проверялись, серьезные противоречия в показаниях обвиняемых и свидетелей не уточнялись.