Допускались и другие нарушения процессуального кодекса.
Большинство обвиняемых по делу параллельного антисоветского троцкистского центра длительное время категорически отрицали свою виновность. Так, показания с признанием вины Муралов дал лишь через 7 месяцев 17 дней после ареста, Серебряков через 3 месяца 16 дней, Радек — через 2 месяца 18 дней, Турок — через 58 дней, Норкин и Лившиц — через 51 день, Дробнис — через 40 дней, Пятаков и Шестов — через 33 дня.
Однако, используя меры физического и морального воздействия, манипулируя материалами прошедших в 1934—1936 годах судебных процессов, «разоблачавших» троцкистов и их антисоветскую деятельность, органы следствия добились от обвиняемых нужных показаний.
Большинство обвиняемых, давая требуемые от них показания, делали это, по их словам, прежде всего в интересах окончательного разоблачения и разгрома троцкизма. Так, Муралов, отвечая в суде на вопрос Вышинского, почему он на следствии так долго не давал показаний о своей виновности, ответил (цитируется по исправленной стенограмме судебного заседания):
«...Я думал так: что если я дальше останусь троцкистом, тем более что остальные отходили — одни честно и другие бесчестно... во всяком случае, они не являлись знаменем контрреволюции. А я нашелся, герой... Если я останусь дальше так, то я могу быть знаменем контрреволюции. Это меня страшно испугало... И я сказал себе тогда, после чуть ли не восьми месяцев, что да, подчинится мой личный интерес интересам того государства, за которое я боролся в течение двадцати трех лет, за которое я сражался активно в трех революциях, когда десятки раз моя жизнь висела на волоске...
Предположим, меня даже запрут или расстреляют, то мое имя будет служить собирателем и для тех, кто еще есть в контрреволюции, и для тех, кто будет из молодежи воспитываться...
Опасность оставаться на этих позициях, опасность для государства, для партии, для революции, потому что я — не простой рядовой член партии...»
Подобные объяснения давали и другие обвиняемые по этому «делу».
Характерны показания Радека, которые он дал 4 декабря 1936 года:
«Я выбираю путь откровенного признания фактов, которые я отрицал из чувства стыда за совершенные преступления перед партией и страной. Я признаю себя виновным в принадлежности на день моего ареста к действующему параллельному центру троцкистско-зиновьевского блока, созданного в 1932 году по директиве Троцкого и ставившего своей задачей захват власти путем террористической борьбы с руководством ВКП(б) и Советского правительства.
К троцкистско-зиновьевской организации я примкнул в 1932 году».
На одном из допросов в Верхне-Уральской тюрьме, 10 июня 1938 года, осужденный по данному делу на 10 лет тюремного заключения Арнольд заявил:
«...После моего ареста в Анжерке 6.XI 1936 года во время следствия в Новосибирске следователем мне было заявлено: «Нам известно, что вы из себя представляете, и мы располагаем достаточным материалом, чтобы обвинить вас в шпионаже, но сейчас мы тебя обвиняем как участника террористической организации и других показаний не требуем, выбирай, кем хочешь быть: или шпионом, или террористом?» На поставленный передо мной вопрос я ответил, что являюсь участником террористической организации и обязуюсь давать показания».
Уже находясь в тюрьме, Арнольд утверждал, что процесс был политической комедией, никакого участия в подготовке покушения на Молотова он не принимал и вообще все это дело — мыльный пузырь.
Бывшие следователи по важнейшим делам Прокуратуры СССР Шейнин и Рагинский, участвовавшие вместе с Вышинским в допросах обвиняемых, в своих объяснениях в начале 1960-х годов сообщали, что так называемые передопросы обвиняемых Вышинским носили чисто формальный характер, им предъявлялись только протоколы допросов, а с материалами всего дела, как требовалось по закону, их не знакомили. Во время судебного заседания Прокурор СССР Вышинский по собственному усмотрению корректировал заключение экспертизы.
О грубом нарушении социалистической законности со стороны Вышинского свидетельствуют документы и показания очевидцев. Сохранилось, например, свидетельство о встрече Радека с Вышинским при подготовке к процессу. На этой встрече Радек зачитал Вышинскому написанный им проект «Последнего слова подсудимого».
Как рассказывают свидетели, реакция была следующей: