24 мая 1937 года, через два дня после ареста Тухачевского, Политбюро ЦК ВКП(б) вынесло постановление:
«Поставить на голосование членов ЦК ВКП(б) и кандидатов в члены ЦК следующее предложение: ЦК ВКП получил данные, изобличающие члена ЦК ВКП Рудзутака и кандидата ЦК ВКП Тухачевского в участии в антисоветском троцкистско-правозаговорщицком блоке и шпионской работе против СССР в пользу фашистской Германии. В связи с этим Политбюро ЦК ВКП ставит на голосование членов и кандидатов ЦК ВКП предложение об исключении из парши Рудзутака и Тухачевского и передачи их дела в Наркомвнудел».
25—26 мая 1937 года опросом членов ЦК и кандидатов в члены ЦК было оформлено и подписано Сталиным соответствующее постановление.
После ареста Якира и Уборевича решением Политбюро от 30 мая 1937 года, а затем от 30 мая—1 июня 1937 года опросом членов ЦК ВКП (б) и кандидатов в члены ЦК было оформлено и подписано Сталиным постановление:
«Утвердить следующее предложение Политбюро ЦК: ввиду поступивших в ЦК ВКП(б) данных, изобличающих члена ЦК ВКП(б) Якира и кандидата в члены ЦК ВКП(б) Уборевича в участии в военно-фашистском троцкистском правом заговоре и в шпионской деятельности в пользу Германии, Японии, Польши, исключить из рядов ВКП и передать их дела в Наркомвнудел».
30 мая 1937 года Политбюро приняло решение: «Отстранить тт. Гамарника и Аронштама от работы в Наркомате обороны и исключить из состава Военного совета как работников, находящихся в тесной групповой связи с Якиром, исключенным ныне из за участие в военно-фашистском заговоре».
Гамарник в это время был болен и находился у себя на квартире. 31 мая 1931 года заместитель начальника Политуправления РККА А. С. Булин и начальник управделами НКО И. В. Смородинов по приказанию Ворошилова приехали к Гамарнику и объявили ему приказ НКО об увольнении из РККА. Сразу же после их ухода Гамарник застрелился.
На следующий день в «Правде» и других газетах было опубликовано: «Бывший член ЦК ВКП(б) Я. Б. Гамарник, запутавшись в своих связях с антисоветскими элементами и, видимо, боясь разоблачения, 31 мая покончил жизнь самоубийством».
1—4 июня 1937 года в Кремле на расширенном заседании Военного совета при наркоме обороны СССР с участием членов Политбюро обсуждался доклад Ворошилова «О раскрытом органами НКВД контрреволюционном заговоре в РККА». Кроме постоянных членов, на Военном совете присутствовали 116 военных работников, приглашенных с мест и из центрального аппарата Наркомата обороны. Необходимо отметить, что к 1 июня 1937 года двадцать членов Военного совета уже были арестованы как «заговорщики».
Перед началом работы Военного совета все его участники были ознакомлены с показаниями Тухачевского, Якира и других «заговорщиков». Это создало напряженную атмосферу с самого первого дня работы совета.
Широко использовав сфабрикованные следствием ложные показания арестованных, Ворошилов в докладе утверждал (цитируется по стенограмме):
«Органами Наркомвнудела раскрыта в армии долго существовавшая и безнаказанно орудовавшая строго законспирированная контрреволюционная фашистская организация, возглавлявшаяся людьми, которые стояли во главе армии... О том, что эти люди — Тухачевский, Якир, Уборевич и ряд других людей — были между собой близки, это мы знали, это не было секретом. Но от близости, даже от такой групповой близости до контрреволюции очень далеко...
В прошлом году, в мае месяце, у меня на квартире Тухачевский бросил обвинение мне и Буденному в присутствии тт. Сталина, Молотова и многих других в том, что я якобы группирую вокруг себя небольшую кучку людей, с ними веду, направляю всю политику и т. д. Потом на второй день Тухачевский отказался от всего сказанного... Тов. Сталин тогда же сказал, что надо перестать препираться частным образом, нужно устроить заседание ПБ и на заседании подробно разобрать, в чем тут дело. И вот на этом заседании мы разбирали все эти вопросы и опять-таки пришли к прежнему результату».