В своих показаниях они утверждали, что Лозовский, Фефер и другие члены ЕАК занимаются антисоветской националистической деятельностью.
Протоколы допросов Гольдштейна и Гринберга, изобличающие указанных лиц, 10 января и 1 марта 1948 года были направлены министром госбезопасности В. С. Абакумовым в ЦК ВКП(б).
26 марта 1948 года МГБ СССР направило в ЦК ВКП(б) и Совет Министров СССР еще одну записку «О Еврейском антифашистском комитете», в которой указывалось, что руководители ЕАК являются активными националистами и проводят антисоветскую националистическую работу, особенно проявившуюся после поездки Михоэлса и Фефера в 1943 году в США, где они вошли в контакт с лицами, связанными с американской разведкой.
20 ноября 1948 года Политбюро ЦК ВКП(б) приняло постановление, в котором говорилось:
«Утвердить следующее решение Бюро Совета Министров СССР:
Бюро Совета Министров СССР поручает Министерству государственной безопасности СССР немедля распустить «Еврейский антифашистский комитет», так как, как показывают факты, этот комитет является центром антисоветской пропаганды и регулярно поставляет антисоветскую информацию органам иностранной разведки. В соответствии с этим органы печати этого комитета закрыть, дела комитета забрать. Пока никого не арестовывать».
Установлено, что прямую ответственность за незаконные репрессии лиц, привлеченных по «делу Еврейского антифашистского комитета», несет Маленков, который имел непосредственное отношение к следствию и судебному разбирательству 13 января 1949 года он вызвал к себе Лозовского и в процессе длительной беседы, на которой присутствовал председатель КПК при ЦК ВКП(б) Шкирятов, домогался от Лозовского признания в проведении им преступной деятельности.
В этих целях Маленковым было использовано направленное Сталину пять лет назад — 15 февраля 1944 года — за подписью
Михоэлса, Эпштейна, Фефера (членов ЕАК) и отредактированное Лозовским письмо с предложением о создании на территории Крыма Еврейской социалистической республики.
После беседы Маленков и Шкирятов составили на имя Сталина записку с предложением вывести Лозовского из членов ЦК ВКП(б) со следующей формулировкой: «За политически неблагонадежные связи и недостойное члена ЦК поведение».
Решением ЦК ВКП(б) от 18 января 1949 года (опросом) Лозовский был выведен из состава ЦК ВКП(б) и исключен из партии, а 26 января 1949 года арестован.
В январе были арестованы также члены ЕАК Шимелиович, Юзефович, Квитко, Маркиш, Бергельсон, Ватенберг, Ватенберг- Островская, Теумин.
Ранее, в 1948 году, уже были арестованы привлеченные по этому делу Фефер, Зускин и Гофштейн. Используя факт роспуска ЕАК, а также содержащиеся в указанных выше записках политические обвинения и фальсифицированные материалы допросов, Абакумов и его окружение обвинили членов комитета в государственных, контрреволюционных преступлениях.
Установлено, что следствие велось с грубыми нарушениями закона и применением недозволенных методов для получения «признательных показаний». Несмотря на это, на первых допросах Лозовский, Фефер и другие свою вину отрицали. Затем всех, кроме Шимелиовича, вынудили признать себя виновными и дать показания о проводимой членами ЕАК шпионской и антисоветской деятельности.
Назначенный министром госбезопасности СССР С. Д. Игнатьев после ознакомления с материалами следствия в письме от 24 августа 1951 года на имя Маленкова и Берии сообщал, что «почти совершенно отсутствуют документы, подтверждающие показания арестованных о проводившейся ими шпионской и националистической деятельности под прикрытием ЕАК», а также информировал о намечающемся расширении мероприятий по делу.
3 апреля 1952 года Игнатьев направил Сталину обвинительное заключение, копии которого были посланы Маленкову и Берии. В сопроводительном письме высказывалось предложение о мере наказания: расстрел для всех обвиняемых, за исключением Л. С. Штерн.
7 апреля 1952 года дело было направлено в военную коллегию Верховного суда СССР, где рассматривалось с 8 мая по 18 июля 1952 года под председательством председателя военной коллегии А. Л. Чепцова, без участия представителей государственного обвинения и защиты.
Военная коллегия приговорила Лозовского, Фефера и других — всего 13 человек — к расстрелу, а Штерн — к лишению свободы на три с половиной года и к последующей ссылке на пять лет.
Имеются объяснения Чепцова об обстоятельствах, сопутствовавших вынесению этого приговора. Суть их сводилась к тому, что обвинение невиновных людей и подписание им несправедливого приговора было предопределено заранее вышестоящим руководством. Как утверждал Чепцов в объяснении, направленном 15 августа 1957 года члену Президиума ЦК КПСС Г. К. Жукову и в копии — другим членам Президиума ЦК: Хрущеву, Булганину, Суслову, Брежневу, Ворошилову, Швернику и Микояну, еще до начала процесса Игнатьев и его заместитель Рюмин сообщили ему, что по их докладу на Политбюро было принято решение о расстреле всех обвиняемых, кроме Штерн.