Этот манифест "Об уничтожении Тайной розыскной канцелярии, о хранении дел оной в Сенате и о воспрещении произносить «Слово и дело» гласил, что, так как уже нет налицо причин, побудивших Петра I учредить Тайную розыскных дел канцелярию, – «не исправлены ещё в народе нравы», – то в ней нет теперь необходимости. «И мы, – говорилось в манифесте, – следуя нашему человеколюбию и милосердию и прилагая крайнее старание, не только неповинных людей от напрасных арестов, а иногда и самых истязаний защитить, но паче и самым злонравным пресечь пути к произведению в действо их ненависти, лишения и клеветы, а подавать способы их исправлению, повелеваем: Тайной розыскных дел канцелярии не быть…» Однако если бы всё-таки возникли дела по «первому» и «второму» пунктам указа 14 апреля 1730 года, то такие дела должен ведать Сенат, и в последующих пунктах манифеста предусматривалось, как и куда надо подавать доносы по этим пунктам, что делать с доносителями и прочее; при этом делалась оговорка, что виновными по этим пунктам и ложными доносчиками императрица мыслит в дальнейшем только людей «подлых», т. е. солдат, матросов, людей господских, крестьян, бурлаков, фабричных, мастеровых и совсем не чает, чтобы «благородные дворяне, офицеры или кто-либо из знатного купечества нашлись когда-либо в столь мерзких пред Богом и пред светом преступлениях, каковы суть противу двух первых пунктов», а также, чтобы они сделались ложными доносчиками.
Таким образом, могло получиться впечатление, что Екатерина действует в соответствии с тем, о чём она писала, будучи ещё великой княгиней, в самом конце 50-х – начале 60-х годов:
«Не знаю, но мне кажется, что у меня во всю жизнь будет отвращение к назначению чрезвычайной комиссии для суждения виновного, особенно, когда эта комиссия должна оставаться негласною. Зачем не допускать до судов дела, относящиеся до их ведения? Быть истцом и назначать ещё судей – это значит высказывать опасение иметь против себя справедливость и законы. Преступление и производство дела должны быть оглашены, чтобы общество, всегда судящее беспристрастно, могло распознать правоту».
Энгельс, характеризуя политику Екатерины II, считал одной из её существенных черт «удачное сочетание либеральной и легитимистской фразеологии, которой, по мере надобности, Россия дурачит падких до фраз „образованных“ филистеров Западной Европы, их, так называемое, общественное мнение». Так было и в данном конкретном случае.
Несмотря на своё «отвращение» к Чрезвычайной комиссии, в полном противоречии с либеральной фразеологией своих манифестов, «Наказа» и пр., Екатерина такую комиссию создала, и Тайная канцелярия сейчас же возродилась под названием Тайной экспедиции. Никакого специального указа об этом не было, а на основании слов манифеста 19 октября 1762 года, что делами по «первому» и «второму» пунктам должен ведать Сенат, при нём была создана экспедиция, всецело заменившая прежнюю канцелярию. Впрочем, может быть, более правильным будет считать, что начало существования Тайной экспедиции было положено за 17 дней до манифеста 19 октября, так как ещё 2 октября 1762 года на имя генерал-прокурора А.И.Глебова был дан следующий рескрипт: «По делам важным, кои касаются до первых двух пунктов и кои принадлежали до Тайной канцелярии, а вступают из разных мест в Сенат, оные распечатывать и определение чинить по оным с ведома нашего вам общее с тайным советником Н.И.Папиным, и дела кои между тем явятся маловажные, оные сжечь, не делая на всё то сенатских определений».
Одновременно с этим, на основании устного приказа императрицы от 3 октября 1762 года, особая комиссия в составе графа Разумовского, сенатора Вас. Суворова и генерал-поручика Ф.Вадковского начала «секретно, по самой справедливости, ближайшими способами к открытию правды и без розысков» производить следствие по делу Хрущёвых и Гурьевых. Это была чрезвычайная комиссия, действующая негласно: т. е. как раз такая, против которой высказывалась Екатерина II в названной выше записке.
Этими двумя распоряжениями императрицы был определён порядок рассмотрения политических дел, который продержался в течение всего её царствования. Менялись несколько лица, но порядок прохождения и решения этих дел оставался всё тот же.
Первые два года царствования Екатерины II генерал-прокурорскую должность исполнял А.И.Глебов. Он был назначен на эту должность при Петре III 25 декабря 1761 года и уволен с этой должности 3 февраля 1764 года. Своим возвышением он был обязан родственным связям и особен но покровительству графа П.Шувалова, клевретом которого был. «Глебов, – писал о нём князь М.М.Щербатов в своём сочинении „О повреждении нравов в России“, – угодник графу Шувалову, умный по наружности человек, соединяющий в себе все пороки, которые сам он, Пётр Иванович, имел». Щербатов писал, что Шувалов и Глебов присоединили себе людей, которые ни в какой степени не могли претендовать на звание «законодателей и благотворителей своего отечества», сочинили уложение, которое они наполнили «неслыханными жестокостями пыток и наказаний». Императрица Елизавета, уже готовая его подписать, перебирая листы, попала на главу пыток, «ужаснулась тиранству» и велела переделать. «Так чудесным образом избавилась Россия от сего бесчеловечного законодательства». А вот отзыв о Глебове, как о генерале-прокуроре, его позднейшего биографа: "…судебная часть, вверенная его надзору, представляла в себе тогда крайнее расстройство… Императрица неоднократно убеждала словесно и письменно не идти по следам своего предшественника князя Трубецкого… наконец, решилась удалить его от должности генерал-прокурора, назначив на его место князя Вяземского. Доводом для этого послужило дело иркутского следователя П.Крылова, вскрывшего грандиозную картину злоупотреблений и хищений, в которых главное место принадлежало Глебову. Тем не менее потом он был генерал-аншефом и смоленским наместником. И вот в руках такого человека в течение двух лет – последние полтора года, правда, так сказать, под контролем графа Н.И.Панина – было руководство разбором политических дел и вынесение приговоров по ним. Сформирование штата Тайной экспедиции последовало, по-видимому, только 10 декабря 1763 года, когда указом Сенату сенатский секретарь Шешковский был назначен состоять «по некоторым поручениям от нас делам при наших сенаторе тд.с. Панине, генпрокуроре Глебове», с жалованьем 800 рублей в год. «Да при тех же делах, – говорилось в указе, – быть протоколисту Зотову, канцеляристам Зряхову и Волокову и копиисту Казину». С этого времени Степан Иванович Шешковский делается бессменным фактическим главой Тайной экспедиции в течение 30 лет. Известны многочисленные свидетельства современников об истязаниях людей, попавших в руки Шешковского, и его различных приёмах, которыми он добивался «раскаяния» и «сознания» у привлечённых к следствию.