По делу Новикова также привлекли действительного статского советника Николая Трубецкого, отставного бригадира Лопухина и Тургенева. Новикова осудили на 15 лет тюремного заключения в Шлиссельбургской крепости, откуда выпустили досрочно лишь в связи с кончиной Екатерины И в 1796 году.
При императрице запрещено было наказывать битьём дворянина и священника, бить без суда мещанина и простолюдина. В Тайной экспедиции на это не обращали внимания. Да и само дворянство не очень-то указу верило. Московский главнокомандующий граф Брюс требовал увеличения наказаний для простого люда: не пятьдесят ударов плетью назначать, а двести, пятьсот. «Но, – возражали ему, – так до смерти засечь можно!» – «Что ж их жалеть, это наказание вместо смертной казни». Брюса с трудом убедили, что смертная казнь отменена не затем, чтобы её заменили смертельными истязаниями.
Сама Екатерина иногда прибегала к наказанию плетью, только негласно. Жена генерала Марья Кожина однажды прошлась шуткой по адресу императрицы. Та написала Шешковскому: «Кожина каждое воскресенье бывает в публичном маскараде, поезжайте сами и, взяв её оттуда в Тайную экспедицию, слегка телесно накажите и обратно туда же доставьте со всею благопристойностью».
Для Шешковского же, что дворянин, что крестьянин – всё одно. При допросе студента Невзорова он заявил: «Государыня велела тебя бить четвертным поленом, коли не будешь отвечать». – «Нет, не верю, – кричал студент, – не могла так велеть государыня, которая написала наказ комиссии о сочинении Уложения!»
Екатерининский наказ достоин внимания.
В первой главе говорится, что Россия есть европейское государство.
Далее наказ отмечает вред гонений любой веры. Политические преступления, выраженные в словах и письменно, требуют к себе осторожного отношения во избежание предвзятости и недоразумений.
Особое внимание уделяется нравственности, говорится даже об управлении нравами: «Каждый градоначальник обязан наблюдать в подчинённых своих благопристойность нравов, так как каждый хозяин в своих домашних».
Впервые праздных и непорядочных девок начали отправлять на поселение. За содержание непотребного дома и за посещение его назначался штраф, а проституток заключали на полгода в смирительный дом.
В Москве поймали бывшего иеромонаха Симеона, выдававшего себя за архиерея. Сам он был греком. Вина Симеона «такой важности имелась, что он по поимке в Москве в Святейшем правительственном синоде из допросу и взятых у него писем явилось, будучи в Польше, назвался сам архиереем, ходил в мантии и белом клобуке и отправлял в Могилёве и Луцке, и Вильне божественные литургии, посвящая разных в диаконы, и благословил архимандрита и игумена, и сочинял лживограмоты и прочие письма, в которых назывался разно, архиепископом и митрополитом, князем и кавалером, и напоследок, будучи в Риме, учинил присягу о признании папы наместником Христовым свыше святейших патриархов».
В 1793 году Тайная экспедиция была занята розыском по делу отставного поручика Ф.Кречетова, арестованного по доносу Осипа Малевинского. Последний доносил, что Кречетов «сочиняет разные сочинения против царской власти, клонящиеся к соделанию бунта, а нередко говорил и на словах возмутительные речи, касающиеся до порицания особы Её Императорского Величества и нынешнего правления». При обыске у Кречетова нашли неизданные сочинения об учреждении в России школ, типографий, об издании книг, организации «компании путешественников» по России, о преобразовании человеческого общества на основах законности. Особое внимание Тайной экспедиции привлекла записка Кречетова об издании в России «Основного государственного закона», по которому «монархи» должны были быть лишь «блюстителями» и «стражами» этого закона, а в противном случае лишались престола. Среди бумаг был найден и текст печатного объявления об открытии подписки на его сочинения. Заглавие – «Открытие нового издания, души и сердца пользующие, о всех и о вся, и обо всём, или Российский патриот и патриотизм».
Кречетова заключили в Петропавловскую крепость «под крепчайшей стражей» без права писать и встречаться с родными.
Преследованию Тайной экспедиции в 1792 году был подвергнут купец Гавриил Попов за сочинения, в которых он под псевдонимом «Ливитов» писал о равенстве всех людей, осуждал порабощение человека человеком, продажу людей и предупреждал «вельмож» о возможности восстания «ожесточившихся земледельцев», то есть крепостных крестьян. Сочинения Попова признали вредными, и автора сослали в Спасо-Евфимьевский монастырь.