По поручению императрицы Трубецкой иногда выступал и в роли высшего судьи в государстве. Он председательствовал в комиссиях, судивших Б. К. Миниха, А. И. Остермана, М. Г. Головкина и А. П. Бестужева-Рюмина.
Н. Ю. Трубецкой был награжден многими российскими орденами. 5 сентября 1756 произведен в генерал-фельдмаршалы. В 1760 г. он покинул свой прокурорский пост и был назначен президентом военной коллегии, а спустя два года вышел в отставку «с полным пенсионом».
Князь Н. Ю. Трубецкой скончался 16 октября 1767; погребен в Архангельской церкви Чудова монастыря.
О том, в каком положении находились органы прокуратуры, когда их возглавил Н. Ю. Трубецкой, наглядно свидетельствует следующий доклад генерал-прокурора:
В 1740 году апреля 28 дня Ея ж Имп. Вел. имен. указом определен ген. — прокурором из нас всепоследнейших д. т. с. кн. Никита Трубецкой. И понеже ныне в сенатской конторе и во многих коллегиях и в прочих судебных местах и губерниях прокуроров почти никого нет, а в некоторых, малых, хотя и есть, токмо люди уже зело престарелые и к тому неспособные; и для того, дабы ген. — прокурор, имея себе во всех местах добрых и надежных помощников, по званию его подлежащие взыскания и к скорейшему дел произвождению понуждении чинить и во всех местах правосудие наблюдать мог, назнача во все подлежащия места вновь достойных людей, октября 31 дня того ж 1740 г. с показанием, в некоторых местах прежде каких рангов были и ныне необходимо быть подлежит, и в которых местах не были, и в которых ж, буде хотя и определены не будут, впредь до рассмотрения великой нужды не признавается, — представлен был реестр, который ноября 3 дня того ж 1740 г. в правление бывшего герцога Курляндскаго был и апробирован; а потом, в том же 1740-м году декабря 15 числа в правление принцессы Брауншвейг-Люнебургской (происком графов Остермана и Миниха, дабы их в адмиралтейской и военной коллегиях, которые в их ведении тогда состояли, дел видеть было не можно) оная апробация до рассмотрения впредь оставлена; и некоторые потом из оных представленных определены в другие чины, а ген. — прокурор отправлен в Ригу. По возвращении же генерала-прокурора от порученной ему комиссии из Риги, хотя по представлению его сентября 17 дня сего года в Правит. Сенат обер-прокурором действительный камергер Брылкин и определен, однако в прочие места прокуроров по двукратным представлениям и поныне еще не определено.
Князь радел за государственные дела и при необходимости смело опротестовывал решения Правительствующего сената. Генерал-прокурор елизаветинского времени исполнял те же надзорные и контрольные функции, что и его предшественник. От подчиненных ему прокуроров требовал, чтобы они с «наиприлежнейшим трудом крепкое и неослабное смотрение и старание имели» за всеми делами, решения «чинили по указам» и «безволокитно», а на все нарушения и отступления от закона делали вначале устный, а если «не возымеет действие», то и письменный протест.
Однако он утратил то глубокое проникновение в государственные дела, которое имел Ягужинский, стоявший близко к трону. Чтобы располагать необходимыми сведениями о состоянии законности в стране, надо было хорошо отладить работу подчиненных прокуроров, направить ее в нужное русло. С этой целью Трубецкой направил прокурорам несколько обширных инструкций и наставлений.
…С наиприлежнейшим Вашим трудом крепкое и неослабное смотрение и старание иметь;
1. дабы в Пр. Сенат доношения и доклады подаваны были с крепким смотрением о таких делах, кои уже необходимо к решению Пр. Сенату принадлежат, и самой той коллегии решить будет неможно и на что точных указов нет, и во оных все обстоятельства и основательное мнение подписывать так, как указы повелевают; а о непринадлежащем к сенатскому решению, и на что точные указы есть, отнюдь ни о чем не представлять; 2. по интересным, яко то по указам и по присылаемым из губерний и провинций доношениям, и по челобитчиковым делам рассмотрений и решений чинить по указом без всякого продолжения в указанные сроки по регламенту и указом, а особливо челобитчиком волокиты не чинить; и коллегии о том наивсегда предлагать и накрепко смотреть, дабы в решении челобитчиковых дел никому сверх указанного времени продолжения и волокиты отнюдь чинено не было, и колодники б долговременно отнюдь держаны не были, и имеющиеся об них дела без всякого продолжения исследованы и решены были по указом; и в том во всем наиприлежнейше неусыпно по Вашей должности старание иметь. И для такого без упущения дел исправления коллегии надлежащим пристойным образом предлагать, чтоб заседание иметь изволили неотменно во все дни, и приезжать в указанные часы по регламенту; буде ж таковых запущениев умножится, то и после обеда приезжать, как о том прежними указами подтверждено, ибо за неисправление и за несмотрение Ваше всего вышеписанного поступлено будет с Вами по силе инструкции без всякого послабления. И для того и паки чрез сие вам наикрепчайше все вышеписанное в непременное исполнение рекомендуется.