Функции генерал-прокурора по отношению к подчиненным прокурорам закреплялись в пункте третьем указа «О должности генерал-прокурора», в котором говорилось, что он должен «смотреть над всеми прокурорами, дабы в своем звании истинно и ревностно поступали».
Подобно тому, как генерал-прокурор был «оком» государя, все подчиненные ему чины прокурорского надзора были «оком» генерал-прокурора. Прокуроры при коллегиях, надворных судах и других учреждениях, губернские прокуроры были независимы от местных органов, действовали именем генерал-прокурора под его непосредственным наблюдением и покровительством.
Заметив нарушение, прокурор вначале устно предлагал устранить его, а если это не помогало, использовал право принесения протеста, который приостанавливал исполнение того действия или постановления, где прокурор усмотрел нарушение. Генерал-прокурор, получив «доношение» своего подчиненного, как правило, «инстиговал» его, то есть принимал меры к быстрому и правильному рассмотрению. Зачастую по таким «доношениям», с подачи генерал-прокурора, принимались специальные сенатские решения. Вот одно из них:
По доношению Московскаго надворнаго суда прокурора князя Василья Гагарина, которое предложено от генерала лейтенанта и генерала прокурора и кавалера Ягужинскаго: 1) по делу крачего господина Салтыкова людей его Якова Максимова, Василья Герасимова в убийстве двух человек крестьян по приказу человека ж его, который был в селе Кимре приказчиком Михайла Архипова, да попа Михайла Михайлова, которого человек и попа да оговорного человека писаря Дмитрия Сарыгина оный г. Салтыков упрямством своим в тот надворный суд не ставит, в чем держаны были люди его многое время, токмо и за тем держанием оных оговорных не поставил; и за тою непоставкою из означенных убойцев Як. Максимов, сидя за караулом многое время, без розыску и без очных ставок умре; и за таким де укоснением опасно, дабы и оставший убийца за непоставкою тех его оговорных людей без розыску и без очных ставок не умер, что исследовать будет некем…
Вышеозначенного его Салтыкова человека Михайла Архипова, буде он в Санкт-Петербурге, взяв немедленно в Юстиц-коллегию, послать в Московский надворный суд за караулом на ямских подводах на коште его, г. Салтыкова. А буде того человека в Санкт-Петербурге нет, то взять у него, г. Салтыкова, в Юстиц-коллегии сказку, чтоб он того человека поставил в Москве в надворном суде на поверстный срок по указу, объявя ему, буде он на тот срок не поставит, тогда взят и держан будет сам в Сенате.
Как видно из приведенного протокола, Правительствующий сенат полностью согласился с мнением прокурора Московского надворного суда и даже пригрозил карой всесильному вельможе Салтыкову, если он не выполнит его требований.