Каждая тюрьма инквизиции имела специального надсмотрщика, который проявлял по отношению к заключенным слишком много тяжелого для них внимания; каждое упущение, проявленное как тюремными служащими, так и самими жертвами инквизиции и святого трибунала, наказывалось самым жестоким образом. Одна из старух-служанок, жившая в доме такого надсмотрщика, известного своей свирепостью и зверскими наклонностями, вздумала сострадательно относиться к тем пыткам и мучениям, которые доставались на долю заключенных; всеми силами своей нежной души она пыталась утешать их и изыскивала различные способы для доставления им контрабандным путем пищи. Благодаря несчастному стечению обстоятельств, ее поймали с поличным, приговорили к тюремному заключению на один год, затем провели по улицам города в торжественной церемонии, нарядив при этом в позорное желтое платье и наградив в довершение всего двумястами ударами розог.
Среди преступлений, подпадавших ведению инквизиции и наказуемых ею, находилась также и полигамия. Неиспранившиеся, несмотря на данное обещание, полигамисты, подвергались различным исцеляющим покаяниям, как пост, молитвы и т. д. и затем ссылались на галеры на срок от шести до семи лет. Если преступник принадлежал к низшему слою населения или даже к среднему классу, то подвергался жесточайшей порке, конфискации половины принадлежащего ему имущества и возложению на голову во время экзекуции позорной епископской камилавки.
В 1612 году папа Павел V обнародовал буллу, направленную против тех духовников, которые во время исповеди позволяли себе неблагопристойность в отношении своих прихожанок или вовлекали их в непотребство. Подобные обвинения должны были поступать на рассмотрение святой инквизиции и рассматриваться ею самым добросовестным и тщательным образом Эта энциклика папы поставила духовенство в ужасное положение. Когда эдикт был обнародован в церквях Севильи и все прихожане получили угрожающее предостережение, с обязательством в тридцатидневный срок назвать имена тех святых отцов, которые осквернили исповедальное кресло, случилось неожиданное явление: ко дворцу инквизиции с жалобами на своих духовников устремилась такая масса женщин, что двадцать секретарей и столько же инквизиторов не имели возможности справиться с привалившей работой, заключавшейся в составлении со слов просительниц письменного доклада. Срок принесения жалоб был продлен еще три раза на тридцать дней, и, когда инквизиция убедилась в том, что нет никакой возможности наказать огромное количество прелюбодеев, она уничтожила обнародованный эдикт и замяла весь начатый ею же самою процесс. В обычных случаях уличенный в прелюбодеянии духовник, если обвинительница его не оставляет желать ничего лучшего в смысле ее безупречности и правдивости, приговаривался к обыкновенному покаянию постом и молитвой и затем либо отправлялся на галеры, либо заточался навеки в тюремную келию.
Наказания за еретичество, в зависимости от важности совершенного преступления, назначались различные. Если виновный принадлежал к простонародию, то его заставляли носить позорную шапку на голове, язык его фиксировался во рту при помощи железного или деревянного кляпа, его влекли по улицам города, жестоко избивали плетьми и затем сжигали на костре. Если же совершивший такое преступление происходил из знатного рода, то его заточали на известное время в монастырь и обкладывали особым, так называемым "покайным штрафом", доходившим иногда до значительных сумм. Если проступок, например клятвопреступление, признавался не очень тяжелым, то кающийся должен был во время богослужения оставаться в церкви без шляпы, плаща и сапог, туловище его обвивала веревка, в руку ему давали зажженную свечку.
Гадальщики на картах, предсказыватели судеб и астрологи наказывались изгнанием, лишением звания и прав состояния, поркой или, наконец, тюремным заключением, в зависимости от тяжести содеянного преступления.
Евреи были особенно ненавистны инквизиции, к ним придирались безжалостно, их обкладывали денежными штрафами, секли розгами и сажали в тюрьмы.
Лжесвидетели приговаривались к вечному одиночному заключению; в тех же случаях, где ложные показания не имели дурных последствий, виновных подвергали бастонаде, порке плетью и изгнанию или ссылке.