Какими были новые бюрократические учреждения, пришедшие волей Петра I на смену институтам Московской Руси? Вместо громоздкой и запутанной системы приказов, Пётр по шведскому образцу в 1720 году учредил девять коллегий: центральных бюрократических учреждений, ведавших военными, морскими и торгово-промышленными делами. Каждая имела свой регламент, чётко определивший её компетенцию и функции, и возглавлялась президентом коллегии. Пётр особо повелел, чтобы каждый чиновник коллегии при обсуждении вопросов протоколировал и подписывал своё мнение, «ибо сим всякого дурость явлена будет».
Центральным, ключевым органом управления, сменившим Боярскую Думу и руководившим работой всех коллегий и губернаторов, был Сенат, созданный в 1711 году. Если в Думе чины наследовались, то сенаторы назначались царём и были не аристократами, а чиновниками. Сенат должен был обсуждать и подготавливать законы, осуществлять контроль за чиновниками, ведать их назначением, выступать в роли высшей судебной инстанции и управлять страной во время отсутствия императора. Сенат осуществлял связь между различными коллегиями и губерниями. Е.В. Анисимов отмечает: «Постоянный состав сенаторов, элементы коллегиальности, личная присяга, программа работы на длительный период, строгая иерархичность управления, во главе которого был поставлен Сенат, создание канцелярии Сената с большим штатом служащих, контор – специализированных филиалов Сената – всё это подтверждало возрастание значения бюрократических принципов, без которых Пётр не мыслил ни эффективного управления, ни самого самодержавия, как политического режима личной власти». Во главе Сената стоял генерал-прокурор, наделённый широкими полномочиями и подчинённый непосредственно императору.
Важным органом петровской политики был Преображенский приказ, позднее преобразованный в Тайную канцелярии. Её задачей была борьба с политической оппозицией и расправа с недовольными. Н.М. Карамзин в начале XIX века отмечал: «Тайная канцелярия день и ночь работала в Преображенском: пытки и казни служили средством нашего славного преобразования государственного». А в 1718 году Пётр I создал полицию в Санкт-Петербурге.
Император также изменил организацию внешнеполитического ведомства России. На смену эпизодическим посольствам, посылаемым в другие страны, пришли постоянные представительства России.
Важным инструментом государственной политики стала созданная Петром I по французскому образцу система прокуратуры. Прокуроры осуществляли контроль за соблюдением законности во всех центральных и многих местных учреждениях. Параллельно в 1711 году был создан орган тайного надзора – система фискалов. 500 фискалов во главе с генерал-фискалом были призваны тайно наблюдать за чиновниками. Существовали и особые церковные фискалы, именуемые «инквизиторами». Жалованье фискалам не платили: им причиталась половина (позднее – треть) штрафа, наложенного на осуждённых. Таким образом, доносительство сделалось в России важной и доходной профессией. Фискалы (это слово стало в России синонимом «ябеды», «доносчика» и «клеветника») были повсеместно ненавидимы и сами погрязли в коррупции, получая взятки посредством шантажа своих жертв. По словам Е.В. Анисимова: «Важно заметить, что, стремясь достичь своих целей, Пётр освободил фискалов, профессия которых – донос, от ответственности за ложные обвинения, что расширяло для них возможности злоупотребления властью». Кара фискалам полагалась лишь за недонесение на преступника.
В 1708–1719 годах были ликвидированы приказы, ведавшие теми или иными территориями, и созданы губернии. Россия была поделена на восемь губерний, а те на пятьдесят провинций, каждая из которых, в свою очередь, делилась на дистрикты. Каждая губерния должна была содержать и кормить определённый полк (чем устанавливалась тесная связь между воинскими частями и губерниями, а в гражданское управление вводилось военное начало).
Одновременно создавались (по приказу «сверху») «городские магистраты» – органы самоуправления. Как справедливо отмечает Е.В. Анисимов, эта городская реформа носила искусственный и чисто формальный характер: «Но эти магистраты ни по существу, ни по ряду формальных признаков не имели ничего общего с магистратами западноевропейских городов – действительными органами самоуправления. В сущности, в результате городской реформы был создан чисто бюрократический механизм управления, а представители посада, входившие в состав магистратов, рассматривались как чиновники централизованной системы управления городами, и их должности были даже включены в Табель о рангах. Судопроизводство, сбор налогов и наблюдение за порядком в городе – вот и все основные права, предоставленные магистратам».