Переименованная в Шлиссельбург, крепость была исправлена и занята сильным гарнизоном. Первым комендантом Шлиссельбурга был бомбардир поручик Преображенского полка А. Д. Меншиков.
Весною 1703 г. начинается дальнейшее поступательное движение русских войск к морским берегам. Только 60-верстная полоса отделяет теперь армию Петра от заветного моря.
Объектом действий намечена была шведская крепость Ниеншанц. Слабо укрепленная, во главе со старым больным комендантом, полковником Апполовым, эта крепость не могла оказать такого сопротивления, как Нотебург. После 12-часовой артиллерийской канонады подвезенной из Шлиссельбурга нашей артиллерии крепость Ниеншанц 1 мая сдалась.
Со взятием Ниеншанца к русским перешла вся оборонительная линия р. Невы, а вместе с тем Россия приобрела опорный пункт у самого морского берега. Было сделано великое дело. Русский орел пробился сквозь построенные врагом преграды к открытому морю.
Неделю спустя после взятия Ниеншанца царем была одержана и первая победа на море. Это славное дело было результатом искусства и доблести царя.
Не зная о падении Ниеншанца, шведский флот, приблизившись к устью Невы, дал сигнал двумя пушечными выстрелами. Русские ответили также двумя выстрелами.
Когда шведы ввели два корабля в устье Невы, царь решил внезапным нападением овладеть судами. Тридцать лодок с посаженными в них гвардейцами во главе с капитаном бомбардирской роты, разделясь на две флотилии, под покровом ночи приблизились к неприятельским судам. После нескольких дружных залпов гвардейцы бросились на суда врукопашную. Царь первым взобрался на 14-пушечный корабль «Астрель». Оба корабля (другой корабль носил название «Гедан») были взяты так быстро, что лишь восемь лодок успели принять участие в этом лихом деле. Первый выход в море завершился удачей. По единогласному решению генералов бомбардирский капитан Петр Михайлов, герой и вдохновитель этого молодецкого подвига, был награжден орденом святого Андрея Первозванного. Такую же высокую награду получили помощники Петра — Меншиков и Головин.
По взятии Ниеншанца возник вопрос, оставить ли здесь крепость для прикрытия будущего торгового порта или искать другого места, так как Ниеншанц был удален от моря. Собранный для обсуждения столь важного вопроса военный совет решил: «искать другого места». После тщательной рекогносцировки царь остановился на решении возвести крепость на острове Люст-Элант, что в переводе означает «веселый остров». Здесь 16 мая 1703 г., в день Святой Троицы, положено было основание Санкт-Петербургу. Прежде всего заложили Петропавловскую крепость из шести больверков, или бастионов. В крепости одновременно с бастионами положено основание деревянной церкви во имя святых апостолов Петра и Павла. Мало-помалу крепость застраивалась. Подле церкви прорыт был канал для снабжения крепости водой. По сторонам канала построили дома коменданта и плац-майора, цейхгауз, или арсенал, и провиантские магазины. К северу от крепости, за протоком Невы, устроили кронверк. На царском бастионе на высокой мачте взвился крепостной флаг, заменяемый в торжественные дни штандартом — желтым знаменем с русским орлом вверху и символическим изображением четырех морей внизу: Белого и Каспийского — древнего достояния Руси; Азовского и Балтийского, приобретенных трудами и заботами Петра.
С занятием устья Невы главная артерия края перешла в руки Петра. Чтобы упрочить за собою обладание Невой, Петр оттесняет врага на север и на юг от Невы.
На реке Сестре царь одержал победу над Кронгиортом и, отбросив шведов до линии Выборг — Кексгольм, обеспечил защиту своих новых владений со стороны Финляндии. К югу от Невы в течение лета завоеваны крепости Ямы и Копорье. Этим новая столица прикрыта была со стороны Эстляндии. Чтобы прикрыть новую столицу со стороны моря от покушений шведского флота, царь спешно возводит на острове Котлин крепость Кроншлот, а для активной борьбы с вражеским флотом строит на олонецких верфях русский флот.