Озабоченный обороной Севастополя с моря, князь Меншиков в день Альминского сражения приказал генерал-адъютанту Корнилову затопить у входа на рейд несколько кораблей. Желая сразиться на море с врагом, генерал-адъютант Корнилов всячески боролся против затопления. Прервав собранный им совет из флагманов и капитанов, также высказавшихся за потопление судов, — Корнилов произнес: «Готовьтесь к выходу; будет дан сигнал, кому что делать».
Но, настаивая на своем, главнокомандующий предложил Корнилову оставить Севастополь и хотел уже отдать приказ о потоплении кораблей вице-адмиралу Станюковичу. «Остановитесь, — крикнул Корнилов, — это самоубийство то, к чему вы меня принуждаете. Но, чтобы я оставил Севастополь, окружаемый неприятелем — невозможно. Я готов повиноваться вам». 10-го состоялось распоряжение, а утром 11-го на местах затопленных кораблей «Сизополя», «Варны», «Силистрии», «Уриила», «Флоры», «Селафиила» и «Три Святителя» плавали лишь обломки рангоутов.
11 сентября у главнокомандующего созрело решение предоставить оборону Севастополя резервным батальонам, саперам и морякам, а с прочими войсками отойти к Бахчисараю, где занять фланговую позицию на случай движения неприятеля к Севастополю и в то же время обеспечить себе сообщение с Перекопским перешейком, а оттуда и с внутренними губерниями. Командование расположенными в Севастополе войсками князь Меншиков передавал начальнику 14-й пехотной дивизии генерал-лейтенанту Моллеру-второму; оборона северной стороны поручалась генерал-адъютанту Корнилову, а южной — вице-адмиралу Нахимову. Во исполнение распоряжения главнокомандующего войска Севастопольского гарнизона 13 сентября были расположены следующим образом:
а) на северной стороне: в северном укреплении — 6 тысяч человек под начальством капитана 1-го ранга Бартенева; у правого ретраншамента — до 2200 человек капитана 1-го ранга Зарницкого; у левого ретраншамента и в балке северной пристани — 3200 человек вице-адмирала Новосильского; на Константиновской батарее — 800 человек и прислуга на батареях: Константиновской, Карташевского, Волохова, Пестича и № 4;
б) на южной стороне: 5800 нижних чинов и прислуга батарей — легкой № 4 (14-й арт. бриг.), 2-й морской подвижной и 4 орудий резервной бригады 13-й пехотной дивизии.
П. С. Нахимов в Севастополе. С картины И. Прянишникова
В то же время начатые еще со 2 сентября усиленные работы по приведению крепости в оборонительное состояние, производившиеся под руководством недавно прибывшего в Севастополь полковника Тотлебена, шли самым усиленным темпом.
Утомление войск и необходимость наладить эвакуацию больных и раненых, устроить тыл, задержали союзников на берегах Альмы до 11 сентября. В этот день в 7 часов союзники двинулись к р. Кача, после ночлега на которой было предположено атаковать северное укрепление. Однако полученные сведения об устройстве новых батарей на северной стороне и о потоплении кораблей, лишавшем союзников содействия флота, повлияли на изменение плана атаки крепости, и 13 сентября, когда авангард союзников подходил уже к Бельбеку, ими решен был переход на южную сторону. Между тем в ночь с 11-го на 12-е авангард князя Меншикова двинулся к хутору Мекензи, Отаркой и далее к северу от Севастополя, в то время, когда союзники переходили с северной стороны Севастополя на южную.
13 сентября у хутора Мекензи конница союзников столкнулась с частью нашего обоза, следовавшего в хвосте колонны князя Меншикова и захватила 25 повозок. 14-го, оставив авангард генерала Жабокрицкого в Отаркой, князь Меншиков отошел к р. Кача по дороге на Бахчисарай, а союзники, перейдя на южную сторону, заняли: французы — Федюхины высоты, а англичане — Балаклаву, после отчаянного сопротивления последней роте Греческого батальона. Базу свою французы устроили в Камышевой бухте, а англичане — в Балаклаве, которую князь Меншиков считал недоступной для судов большого ранга.
14 сентября в командование союзными войсками вступил генерал Канробер вместо заболевшего холерой, свирепствовавшей в союзной армии, и скоро умершего маршала С. Арно.
Убедившись в переходе союзников на южную сторону, генерал-адъютант Корнилов списал еще 6 тысяч человек с судов и принял на себя, по просьбе генерал-лейтенанта Моллера-второго и вице-адмирала Нахимова, официально должность начальника штаба обороны, а фактически и все руководство ею.
Работы по укреплению южной стороны пошли с удвоенной энергией; гарнизон ее был доведен до 6 тысяч человек при 23 орудиях; гарнизон же северной стороны был соответственно ослаблен и составлял 3,5 тысячи человек. На судах было оставлено 3 тысячи матросов.