Этим обстоятельством тотчас воспользовался Пулат-хан, бросившийся со своими киргизами на беззащитный, по его мнению, вагенбург. Встреченные выстрелами из двух орудий, а потом ружейными залпами бойцов, оставленных для защиты обоза под командой подполковника Травло, киргизы, не выдержав, на время рассеялись.
Во главе первой штурмовой колонны ехал сам Скобелев. Пороховой дым клубился на улицах, вследствие чего колонна из-за плохой видимости совершенно неожиданно очутилась перед завалом, откуда кокандцы осыпали бойцов картечью. С криком «ура» бросились стрелки на завал и, переколов штыками его защитников, взяли орудие, открыв дорогу в крепость.
Андижанцы дрались со страшным ожесточением, пользуясь каждым закрытием и стреляя с крыш домов, из-за деревьев, с мечетей, защищая каждый двор и сад. Это упорное сопротивление еще больше возбудило солдат.
Колонна полковника Аминова также пробивалась с большим трудом, причем под постоянным натиском неприятельской конницы, нападавшей с тылу.
Колонне же Меллер-Закомельского после взятия нескольких завалов, сложенных из арб и брусьев, долго пришлось выбивать андижанцев, занявших отдельно стоявшую большую мечеть.
Около 2 часов дня все три колонны сошлись к ханскому дворцу, а затем, выйдя из города, генерал Троцкий бомбардировал его, чем произвел в нем большие пожары и уничтожил значительную часть его защитников. Все окрестности были освещены заревом пожара, и всю ночь продолжалась бомбардировка, что заставило последние остатки андижанцев обратиться в бегство, особенно после того как на совещании у Абдурахмана-Автобачи взорвалась русская граната, перебив много участников.
Пленные впоследствии рассказывали, что в Андижане были собраны почти все войска ханства, призванные к защите мусульманства против неверных урусов, и что все участники перед боем дали клятву защищать Андижан до последней капли крови, вследствие чего кокандцы дрались с таким воодушевлением и упорством.
Но этот погром не образумил андижанцев, и после ухода русских войск новый мятеж против кокандского хана, руководимый Пулат-ханом, разгорелся со страшной силой. Назначенный начальником Наманганского отдела, генерал Скобелев принужден был подойти к городу, разбив скопища кокандцев под Асаке; сам Пулат-хан успел бежать, а затем снова собрал много сторонников. В это время киргизы, пользуясь смутой, напали на русский Курошинский уезд.
Скобелев, признав необходимым покончить с Пулат-ханом во что бы то ни стало, 24 октября выступил из Намангана по направлению к городу Чусту с тремя ротами, полутора сотнями и четырьмя орудиями. С уходом русских войск уже в самом Намангане началось народное восстание, и жители его при помощи подошедших кипчаков осадили наманганскую крепость со всех сторон. Три дня русские войска отражали приступы неприятеля на еще не вполне приведенную в оборонительное состояние крепость, делая постоянные вылазки.
К счастью, 27 октября возвратился генерал Скобелев, узнавший о начавшемся восстании. Подойдя к Намангану, он бомбардировал мятежный город, жители которого, понеся большой урон (до 3000 убитыми и ранеными), попросили пощады.
Но и этот урок мало подействовал на кипчаков, и они снова вскоре сосредоточились в числе до 20 тысяч человек около города Балыкчи, под начальством Вали-Тюры-хана. Перейдя вброд реку Нарын, генерал Скобелев направился со 2-й ротой 2-го стрелкового батальона и полусотней конных стрелков на штурм балыкчинских завалов; артиллерия открыла огонь, а кавалерию послали в обход города, чтобы преградить отступление неприятелю. Быстро взяв с бою три завала, штурмовая колонна заняла базар, где наткнулась на конных кипчаков, задержанных своим же завалом. Под огнем стрелков в этой тесноте кипчаки падали рядами, запрудив всю улицу. Общая потеря неприятеля составила до 2000 убитыми и ранеными.
Очистив край от шаек смутьянов, Скобелев направился к Маргилану, где снова сосредоточилась масса кипчаков. Желая выместить свое поражение на наших пленных, их вывели в Маргилане на площадь, потребовав принять мусульманство, но так как русские солдаты остались тверды, то их зверски зарезали. Унтер-офицера 2-го стрелкового батальона Фому Данилова подвергли продолжительной мучительной пытке: отрубали пальцы, вырезали ремни из спины и поджаривали на угольях. Несмотря на страшную боль, мученик остался непреклонен и умер, оставив долгую память о своем непоколебимом мужестве даже среди врагов.
В это время Пулат-хан, торжественно въехав в Коканд, начал собирать там новых приверженцев.
Разорив по дороге все кишлаки, брошенные жителями, Скобелев выслал сильный отряд в горы, куда вывезены были мятежниками их семьи. Видя тогда свое безвыходное положение, часть кипчаков выслала депутацию с просьбой о пощаде. Наложив контрибуцию и потребовав выдачи вожаков газавата, Скобелев 4 января вновь подошел к Андижану и, произведя рекогносцировку подступов, решил штурмовать город, для чего были заготовлены штурмовые лестницы, тараны, топоры и зажигательный материал. Перед штурмом два раза предложено было андижанцам сдаться, но из высланных парламентеров первый вернулся без ответа, а второго зарезали и голову его выставили на стене.
Утром 8 января после молебна и залпа из 12 орудий передовой отряд есаула Штакельберга (одна рота и полсотни казаков) взял штурмом пригородный кишлак Екимск, а затем начали бомбардировку Андижана, во время которой выпущено было до 500 снарядов. Ровно в полдень огромные конные массы кипчаков внезапно напали сзади на наш вагенбург, но командовавший им майор Ренау отбил ружейным огнем это нападение. В это же время под рев летевших снарядов колонны полковников барона Меллера-Закомельского и Пищемуки и капитана Ионова двинулись на штурм.
Неприятель, по-видимому, ждал атаки со стороны оврага Андижан-Сая, по которому шли русские войска на штурм три месяца тому назад, и поэтому особенно сильно укрепил в этом месте свою позицию. Заметив свою ошибку, андижанцы стали наскоро строить новые завалы и укрепления, осыпая в то же время русские войска градом пуль. Колонны капитана Ионова были направлены на высоту Гуль-Тюбе, сильно укрепленную, господствовавшую над городом и являвшуюся как бы цитаделью. Беря один завал за другим, лихо поднялись стрелки 1-го батальона на высоту и, переколов ее защитников, утвердили свой значок на ней.
Но сам город приходилось брать с бою, так как каждая сакля, а в особенности медресе и мечети, окруженные высокими стенами и занятые засевшими за ними андижанцами, представляли собой нечто вроде маленьких крепостей. С вечера и всю ночь наши батареи посылали свои снаряды по тем местам, откуда раздавались выстрелы. Масса снарядов, с воем рассекавших воздух и осыпавших дворы, производя пожары, заставила большую часть кипчаков вместе с Абдурахманом искать спасения в бегстве.
9 января улицы города очищались от завалов посланными ротами, а 10 января Андижан уже окончательно был в наших руках, и Скобелев занял ханский дворец, перед которым был отслужен благодарственный молебен. На высоте Гуль-Тюбе устроили редут на 17 орудий и поставили русский гарнизон. На андижанцев наложили контрибуцию.
Но и после занятия Андижана до полного умиротворения края было еще далеко. Рассеявшиеся по всему ханству шайки кипчаков волновали мирное население, нападая в то же время на русские отряды, вследствие чего началась чисто партизанская война.
Решив окончательно очистить ханство от мятежников, Скобелев с отрядом из двух рот, сотни конных стрелков, пяти сотен казаков, четырех орудий и ракетной батареи направился к городу Асаке, около которого сосредоточились до 15 тысяч кипчаков под начальством Абдурахмана-Автобачи, по-видимому, в последний раз решившего вступить в бой с русскими войсками. Обстреляв Асаки и высоты, занятые неприятелем, отряд, переправившись через глубокий овраг, полез на высоты и быстрым натиском выбил неприятеля, а казаки лихой атакой рассеяли 6-тысячную колонну сарбазов, составлявшую резерв. Потерпев полное поражение, Абдурахман-Автобачи 28 января сдался на милость победителей.